Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 38 Aligned Residues 414 % Identity 17% Template c3amkA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:os06g0726400 protein; PDBTitle: structure of the starch branching enzyme i (bei) from oryza sativa l Resolution 1.90 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10			.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.		.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.																		.
Query SS confidence												.	.																		.
Query Sequence		M	R	N	P	T	L	L	Q	C	F	.	.	H	W	Y	Y	P	E	G	G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	.	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y
Query Conservation												.	.																		.
Alig confidence												.	.																		.																									.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	D	A	P	R	I	Y	E	A	H	V	G	M	S	G	E	E	P	E	V	S	T	Y	R	E	F	A	D	N	V	L	P	R	I	R	A	N	N	Y	N	T	V	Q	L	M	A	I	M	E	H	S	Y	Y	A	.	S	F	G	Y	H	V	T	N	F	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	S	S	R	S
Template Known Secondary structure			S	S								S	T	T		S	S	S	S	S											T							T	T								S					S		G	G	.	G	T	T		S		S				.	.	.	.	.	.	.	.	.				G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																								.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.		.	.	.	.	.	.	.	.	240	.										.	.	.	.	.	.
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F
Query Conservation
Alig confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	T	P	E	D	L	K	Y	L	V	D	K	A	H	S	L	G	L	R	V	L	M	D	V	V	H	S	H	A	S	N	N	V	T	D	G	L	N	G	Y	D	V	G	Q	N	T	H	E	S	Y	F	H	T	G	D	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																	T	T										S						T	T	T	S	G	G	G	G		S	S			G	G	G	S	S	B			G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	H	K	L	W	D	S	R	L	F	N	Y	A	N	W	E	V	L	R	F	L	L	S	N	L	R	Y	W	M	D	E	F	M	F	D	G	F	R	F	D	G	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	T	T				B		T	T	S																					S					T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																								305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
		238	.	240																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	H	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation																																																.
Template Sequence		T	S	M	L	Y	H	H	H	G	I	N	K	G	F	T	G	N	Y	K	E	Y	F	S	L	D	T	D	V	D	A	I	V	Y	M	M	L	A	N	H	L	M	H	K	L	L	P	.	E	A	T	I	V	A	E	D	V	S	G	M	P	V	L	C	R	P	V	D	E	G	G	V	G	F	D	F	R	L	A	M	A
Template Known Secondary structure						B	T	T	T	T	T	T					S						S	S	T	T	B																				T	.	T								S	S			T	T	T	T	S		G	G	G	T	S				S					T	T
Template Predicted Secondary structure																																																.
Template SS confidence
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.		.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.			.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure																		.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Q	M	K	F	H	E	A	S	R	M	G	R	D	Y	D	.	.	M	T	Q	I	F	T	G	T	L	V	E	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	W	F	K	P	L	A
Query Conservation																		.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	P	D	R	W	I	D	Y	L	K	N	K	E	D	R	K	W	S	M	S	E	I	V	Q	T	L	T	N	R	R	Y	T	E	K	C	I	A	Y	A	E	S	H	D	D	K	T	I	A	F	L	L	M	D	K	E	M	Y	T	G	M	S	D	L	Q	P	A	S	P	T	I	N	R	G	I	A	L	Q	K	M	I
Template Known Secondary structure															G	G	G													S		T	T	S				B		S														G	G	G					T	B	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		426	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.									.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.										.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.				.	.	410	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Query Sequence		Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	H	Y	E	D	V	G	G	D	G	Q	T	Y	P	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	.	.	.	G	V	Q	T
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	F	I	T	M	A	L	G	G	D	G	Y	L	N	F	M	G	N	E	F	G	H	P	E	W	I	D	F	P	R	E	G	N	N	W	S	Y	D	K	C	R	R	Q	W	S	L	V	D	T	D	H	L	R	Y	K	Y	M	N	A	F	D	Q	A	M	N	A	L	E	E	E	F	S	F	L	S	S	S	K	Q	I
Template Known Secondary structure											S	S					T	T	G	G	G	T			S							G	G	G	T	S			T	T	S	S									T	T	B	S																				G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		511	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590
		412	.	.	.	.	.	.			.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.		.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure									.	.																											.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.																											.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	F	F	D	H	P	N	.	.	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D	G	E	.	K	T	I	H	L	G	E	N	Y	G	N	K	T	W	R	D	F	L	G	N	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	E	R	V	V	T
Query Conservation									.	.																											.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.							.	.	.	.	.	.															.												.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.																											.
Template Sequence		V	S	D	M	N	E	K	D	K	V	I	V	F	E	R	.	.	.	.	.	.	G	D	L	V	F	V	F	N	F	H	P	N	K	T	Y	K	G	Y	K	V	G	C	D	L	P	G	.	K	Y	R	V	A	L	D	S	D	A	L	V	F	G	G	H	G	R	V	G	H	D	V	D	H	F	T	S	P	E	G	M
Template Known Secondary structure							T	T	T	T							.	.	.	.	.	.	T	T									S	S											S	S		S	.								T	T	S	G	G	G	T					S		S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.																											.
Template SS confidence
		591	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.							.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.		.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	N	G	E	A	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V	I	E	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	R	P	N	S	F	K	V	L	S	P	P	R	T	C	V	A	Y	Y	R	V	D
Template Known Secondary structure				S									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		673	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.