Job Description P43329 Confidence 99.82% Date Thu Jan 5 12:02:17 GMT 2012 Rank 40 Aligned Residues 319 % Identity 19% Template c3tmiA_ PDB info PDB header:hydrolase/rna Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase ddx58; PDBTitle: structural basis for rna recognition and activation of rig-i Resolution 2.90 Å

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		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.					.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.
Query Sequence		Q	K	K	Q	D	I	L	E	A	I	R	D	H	Q	V	V	I	V	A	G	E	T	G	S	G	K	T	T	Q	L	P	K	I	C	M	E	L	.	.	.	.	G	R	G	I	K	G	L	I	G	H	T	Q	P	R	R	L	A	A	R	T	V	A	N	R	I	A	E	E	L	K	T	E	P	G	G	C	I	G	Y
Query Conservation																																							.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	Y	Q	L	E	L	A	L	P	A	M	K	G	K	N	T	I	I	C	A	P	T	G	C	G	K	T	F	V	S	L	L	I	C	E	H	H	L	K	K	F	P	Q	G	Q	K	G	K	V	V	F	F	A	N	Q	I	P	V	Y	E	Q	Q	K	S	V	F	S	K	Y	F	E	R	H	G	Y	R	V	T	G	I
Template Known Secondary structure							T	T					T	T									T	T	S																T	S		T	T										S	S																T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		157	.	.	160	.	.	.	.	.						.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.			.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220						.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.																							.	.																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.																							.	.																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		K	V	R	F	S	D	H	V	S	.	.	.	.	.	D	N	T	M	V	K	L	M	T	D	G	I	L	L	A	E	I	Q	Q	D	R	L	.	.	L	M	Q	Y	D	T	I	I	I	D	E	A	H	E	R	S	L	N	I	D	F	L	L	G	Y	L	K	E	L	L	P	R	R	.	.	.	.	.	P	D	L	K
Query Conservation											.	.	.	.	.																							.	.																																		.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.																							.	.																																		.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	G	A	T	A	E	N	V	P	V	E	Q	I	V	E	N	N	D	I	I	I	L	T	P	Q	I	L	V	N	N	L	K	K	G	T	I	P	S	L	S	I	F	T	L	M	I	F	D	E	C	H	N	T	S	K	Q	H	P	Y	N	M	I	M	F	N	Y	L	D	Q	K	L	G	G	S	S	G	P	L	P	Q
Template Known Secondary structure			T	T	T		S	S	S								T		S															T	T	S	S			G	G	G		S						T	G	G	G	S	S	S	S	S													T	T	S	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
		225	.	.	.	.	230	.	.	.														.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.								.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	I	I	T	S	A	T	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	R	F	S	R	H	F	N	N	A	P	I	I	E	V	S	G	R	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	P	V	E	V	R	Y	R	P	I	V	E	E	A	D	D	T	E	R	D	Q	L	Q	A	I	F	D	A	V	D	E
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	I	G	L	T	A	S	V	G	V	G	D	A	K	N	T	D	E	A	L	D	Y	I	C	K	L	C	A	S	L	D	A	S	V	I	A	T	V	K	H	N	L	E	E	L	E	Q	V	V	Y	K	P	Q	K	F	F	R	K	V	E	S	R	I	S	D	K	F	K	Y	I	I	A	Q	L	M	R	D	T	E	S
Template Known Secondary structure							S					T	T		S	S															T	T		S							S							T	T	S														S			T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
		285	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	S	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	A	K	R	I	C	K	D	L	E	N	F	G	T	Q	K	Y	E	Q	W	I	V	T	V	Q	K	A	C	M	V	D	K	D	E	E	S	R	I	C	K	A	L	F	L	Y	T	S	H	L	R	K	Y	N	D	A	L	I	I	S	E	H	A	R	M	K	D	A	L	D	Y	L	K	D	F	F	S	N	V	R	A
Template Known Secondary structure								S							S													G	G	G				S	S		T																										S																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		485	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.
																																																		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	S	H	G	D	I	L	I	F	M	S	G	E	R	E	I	R	D	T	A	D	A	L	N	K	L	N	L	R	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	F	D	E	I	E	Q	D	L	T	Q	R	F	E	E	K	L	Q	E	L	E	S	V	S	R	D	P	S	N	E	N	P	K	L	E	D	L	C	F	I	L	Q	E	E	Y	H	L	N	P	E	T	I	T	I	L	F	V	K	T	R	A	L	V	D	A	L	K	N	W	I	E	G	N	P	K	L	S	F	L
Template Known Secondary structure		T											T	T	S	S	S							S	S	S	S		S	S				T	T																T	T								S														S	S	T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		577	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.
								317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.		.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																							.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																							.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	H	T	E	I	L	P	L	Y	A	R	L	S	N	S	E	Q	N	R	V	F	Q	S	.	H	S	G	R	R	I	V	L	A	T	N	V	A	E	T	S	L	T	V	P	G	I	K	Y	V	I	D	P	G	T	A	R	I	S	R	Y	S	Y	R	T	K	V	Q	R	L	P	I	E	P	I	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																							.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																							.																											.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	P	G	I	L	T	G	R	G	K	T	N	Q	N	T	G	M	T	L	P	A	Q	K	C	I	L	D	A	F	K	A	D	H	N	I	L	I	A	T	S	V	A	D	E	G	I	D	I	A	Q	C	N	L	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Y	E	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	G	N
Template Known Secondary structure									S				S	S	S														T	S					S										S								S				.	.	.	.	.	.	.	.			S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		657	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.									.	.	.	.											.	.	.
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	A	S	A	N	Q	R	K	G	R	C	G	R	V	S	E	G	I	C	I	R	L	Y	S	E	D	D	F	L
Query Conservation
Alig confidence																	.
Template Conservation																	.
Template Sequence		V	I	K	M	I	Q	T	R	G	R	G	R	A	R	G	.	S	K	C	F	L	L	T	S	N	A	G	V	I
Template Known Secondary structure									T	T	S	S		S	S		.								S	S	S
Template Predicted Secondary structure																	.
Template SS confidence
		721	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.		.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.