Job Description P43329 Confidence 98.63% Date Thu Jan 5 12:02:17 GMT 2012 Rank 131 Aligned Residues 363 % Identity 21% Template c2vdaA_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:translocase subunit seca; PDBTitle: solution structure of the seca-signal peptide complex Resolution UNK

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.								.	.	.	30	.	.	.	.	.		.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.										.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.										.
Query Sequence		M	T	E	Q	Q	K	L	T	F	T	A	L	Q	Q	R	L	D	S	L	M	L	R	D	R	L	R	.	.	.	.	.	.	.	F	S	R	R	L	H	G	V	K	.	K	V	K	N	P	D	A	Q	Q	A	I	F	Q	E	M	A	K	E	I	D	Q	A	A	G	K	V	L	L	R	E	A	A	R	P	E	I	T
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.										.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.										.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	G	S	R	N	D	R	T	L	R	R	M	R	K	V	V	N	I	I	N	A	M	E	P	E	M	E	K	L	S	D	E	E	L	K	G	K	T	A	E	F	R	A	R	L	E	K	G	E	V	L	E	N	L	I	P	E	A	F	A	V	V	R	E	A	S	K	R	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S		T	T																						T	T	S																			T																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
		73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.				.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.
Query Sequence		Y	P	D	N	L	P	V	S	Q	K	K	Q	D	I	L	E	A	I	R	D	H	Q	V	V	I	V	A	G	E	T	G	S	G	K	T	T	Q	L	P	K	I	C	M	E	L	G	R	G	I	K	G	L	I	G	H	T	Q	P	R	R	L	A	A	R	T	V	A	N	R	I	A	E	E	L	K	.	.	.	T	E
Query Conservation																																																																													.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.												.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	F	G	M	R	H	F	D	V	Q	L	L	G	G	M	V	L	N	E	R	C	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	L	P	A	Y	L	N	A	L	T	G	K	G	V	H	V	V	T	V	N	D	.	.	.	.	.	Y	L	A	Q	R	D	A	E	N	N	R	P	L	F	E	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	T															T	T	S	S							T	T	S		S													T	T	S	S							S	S		.	.	.	.	.										S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.
Template SS confidence
						79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.						.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.					.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.					.	180	.	.	.					.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.																	.	.	.	.						.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.																	.	.	.	.						.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	G	G	C	I	G	Y	K	V	R	F	S	D	.	.	.	.	H	V	S	D	N	T	M	V	K	L	M	T	D	G	I	L	.	.	.	.	L	A	E	I	Q	.	.	.	.	Q	D	R	L	L	M	Q	Y	D	T	I	I	I	D	E	A	H	E	R	S	L	N	I	D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.	.	.	.																	.	.	.	.						.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.																	.	.	.	.						.	.	.	.																		.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																	.	.
Template Sequence		L	G	L	T	V	G	I	N	L	P	G	M	P	A	P	A	K	R	E	A	Y	A	A	D	I	T	Y	G	T	N	N	E	Y	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	F	S	P	E	E	R	V	Q	R	K	L	H	Y	A	L	V	D	E	V	D	.	.	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G
Template Known Secondary structure			T								T	T											T	S	S																		T		S	S	G	G	G							S					S				.	.			T	T	G	G	G	G		B			B
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.
Template SS confidence
		150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.			.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
																																																																																209	210
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	A	E	D	S	S	E	M	Y	K	R	V	N	K	I	I	P	H	L	I	R	Q	E	K	E	D	S	E	T	F	Q	G	E	G	H	F	S	V	D	E	K	S	R	Q	V	N	L	T	E	R	G	L	V	L	I	E	E	L	L	V	K	E	G	I	M	D	E	G	E	S	L	Y	S	P	A	N	I	M	L	M
Template Known Secondary structure					S			G	G	G					T	T	G	G	G	S	B	T	T	B	S	S			S	S		T	T			S		S	S					T	T							S	S	S	S	G	G	G	T	S	S	S	S	S	S	S		S	S			T	T	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
		211	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.																																																																		.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	Y	L	K	E	L	L	P	R	R	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	I
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	H	V	T	A	A	L	R	A	H	A	L	F	T	R	D	V	D	Y	I	V	K	D	G	E	V	I	I	V	D	E	H	T	G	R	T	M	Q	G	R	R	W	S	D	G	L	H	Q	A	V	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	N	Q	T	L	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	L	Y	E	K	L
Template Known Secondary structure									T	T	T	T	S	S		B	T	T	T					T	T							T	T	T					S	S				T	T	T									T	T										S	B			B	S					T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
		226	.	.	.	230	.	.			.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.
Query SS confidence									.	.
Query Sequence		I	I	T	S	A	T	I	.	.	D	P	E	R	F	S	R	H	F	N	N	A	P	I	I	E	V	S	G	R	T	Y	P	V	E	V	R	Y	R	P	I	V	E	E	A	D	D	T	E	R	D	Q	L	Q	A	I	F	D	A	V	D	E	L	S	Q	E	S	H	G	D	I	L	I	F	M	S	G	E	R	E	I
Query Conservation									.	.
Alig confidence									.	.											.									.														.	.																								.
Template Conservation																					.									.														.	.																								.
Template Sequence		A	G	M	T	G	T	A	D	T	E	A	F	E	F	S	S	I	Y	K	.	L	D	T	V	V	V	P	T	.	N	R	P	M	I	R	K	D	L	P	D	L	V	.	.	Y	M	T	E	A	E	K	I	Q	A	I	I	E	D	I	K	E	R	T	A	K	G	Q	.	P	V	L	V	G	T	I	S	I	E	K	S
Template Known Secondary structure							T	T		G	G	G	G	G					T		.									.	S	S												.	.		S	S																			T		.							S
Template Predicted Secondary structure																					.									.														.	.																								.
Template SS confidence
		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.		.	.	.	410	.	.	.	.		.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.			.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450		.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	D	T	A	D	A	L	N	K	L	N	L	R	H	T	E	I	L	P	L	Y	A	R	L	S	N	S	E	Q	N	R	V	F	Q	S	H	S	G	R	R	I	V	L	A	T	N	V	A	E	T	S	L	T	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.
Template Sequence		E	L	V	S	N	E	L	T	K	A	G	I	K	H	N	V	.	.	.	L	N	A	K	F	H	A	N	E	A	A	I	V	A	Q	A	G	Y	P	A	A	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	V	L	G	G	S	W	Q	A	E	V	A	A	L	E	N	P	T	A	E	Q	I	E	K	I	K	A
Template Known Secondary structure												T						.	.	.			T	T										T	T	T	T	S	T	T							S			S	S						T	T								T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.
Template SS confidence
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.				.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.
															359	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	K	Y	V	I	D	P	G	T	A	R	I	S	R	Y	S	Y	R	T	K	V	Q	R	L	P	I	E	P	I	S	Q	A	S	A	N	Q	R	K	G	R	C	G	R	V	S	E	G	I	C	I	R	L	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	W	Q	V	R	H	D	A	V	L	E	A	G	G	L	.	H	I	I	G	T	E	R	H	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	A	G	S	S	R	F	Y
Template Known Secondary structure														T	S		.					S	S			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S									T	T	S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.		.	.	.	.	.	560	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.