Job Description P43329 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:02:17 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 505 % Identity 15% Template c2va8A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:ski2-type helicase; PDBTitle: dna repair helicase hel308 Resolution 2.30 Å

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		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.			.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.																																																							.	.
Query SS confidence												.																																																							.	.
Query Sequence		S	Q	K	K	Q	D	I	L	E	A	.	I	R	D	H	Q	V	V	I	V	A	G	E	T	G	S	G	K	T	T	Q	L	P	K	I	C	M	E	L	G	R	G	I	K	G	L	I	G	H	T	Q	P	R	R	L	A	A	R	T	V	A	N	R	I	A	.	.	E	E	L	K	T	E	P	G	G	C	I	G	Y
Query Conservation												.																																																							.	.
Alig confidence												.																																																							.	.													.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		N	P	P	Q	T	E	A	V	K	K	G	L	L	E	G	N	R	L	L	L	T	S	P	T	G	S	G	K	T	L	I	A	E	M	G	I	I	S	F	L	L	K	N	G	G	K	A	I	Y	V	T	P	L	R	A	L	T	N	E	K	Y	L	T	F	K	D	W	E	L	I	G	F	K	V	A	M	T	S	G	.
Template Known Secondary structure											T	T	T	T	T	T									T	T	S																	S		S							S													G	G	G	G	G	G	T								S	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		25	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.		.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.
Query SS confidence																																.
Query Sequence		K	V	R	F	S	D	H	V	S	D	N	T	M	V	K	L	M	T	D	G	I	L	L	A	E	I	Q	Q	D	R	.	L	L	M	Q	Y	D	T	I	I	I	D	E	A	H	E	R	S	L	N	I	D	F	L	L	G	Y	L	K	E	L	L	P	R	R	P	D	L	K	I	I	I	T	S	A	T	I	D	P	E
Query Conservation																																.
Alig confidence																																.																.	.
Template Conservation																																																.	.
Template Sequence		D	Y	D	T	D	D	A	W	L	K	N	Y	D	I	I	I	T	T	Y	E	K	L	D	S	L	W	R	H	R	P	E	W	L	N	E	V	N	Y	F	V	L	D	E	L	H	Y	.	.	L	N	D	P	E	R	G	P	V	V	E	S	V	T	I	R	A	K	R	R	N	L	L	A	L	S	A	T	I	S	N	Y
Template Known Secondary structure			S	S	S			G	G	G	G	G		S																		G	G	G	G	G								S	G	G	G	.	.	G	G		T	T	T													T	S							S			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																.	.
Template SS confidence
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.			150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.										.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	F	S	R	H	F	N	N	A	P	I	I	E	V	S	G	R	T	Y	P	V	E	V	R	Y	R	P	I	V	E	E	A	D	D	T	E	R	D	Q	L	Q	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	F	D	A	V	D	E	L	S	Q	E	S	H	G	D	I	L	I	F	M	S	G	E	R	E	I	R	D	T
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	Q	I	A	K	W	L	G	A	E	P	V	A	T	N	W	R	P	V	P	L	I	E	G	V	I	Y	P	E	R	K	K	K	E	Y	N	V	I	F	K	D	N	T	T	K	K	V	H	G	D	D	A	I	I	A	Y	T	L	D	S	L	S	K	N	G	Q	V	L	V	F	R	N	S	R	K	M	A	E	S	T
Template Known Secondary structure									T										S	S											S	S	T	T							T	T	S							S	S	S											T	T	T								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.			.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Query Sequence		A	D	A	L	N	K	L	N	L	R	H	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	L	P	L	Y	A	R	L	S	N	S	E	Q	N	R	V	F	Q	.	.	S	H	S	G	R	R	I	V	L	A	T	N	V	A
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	K	I	A	N	Y	M	N	F	V	S	L	D	E	N	A	L	S	E	I	L	K	Q	L	D	D	I	E	E	G	G	S	D	E	K	E	L	L	K	S	L	I	S	K	G	V	A	Y	H	H	A	G	L	S	K	A	L	R	D	L	I	E	E	G	F	R	Q	R	K	I	K	V	I	V	A	T	P	T	L
Template Known Secondary structure								T	T	T	S	S																T			S	S													T	T	T						T	T	S														T	T		S							G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.				.	.	.	.	.	410	.	.	.						.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.										.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.										.	.	.	.	.
Query Sequence		E	T	S	L	T	V	P	G	I	K	Y	V	I	D	P	G	T	A	R	I	S	R	Y	S	Y	R	T	K	V	Q	R	L	P	I	E	P	I	S	Q	A	S	A	N	Q	R	K	G	R	C	G	R	V	S	.	.	.	E	G	I	C	I	R	L	Y	S	.	.	.	.	.	E	D	D	F	L	S	R	P	E	F
Query Conservation																																																							.	.	.										.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.										.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	A	G	V	N	L	P	A	R	T	V	I	I	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	P	I	M	E	Y	K	Q	M	S	G	R	A	G	R	P	G	F	D	Q	I	G	E	S	I	V	V	V	R	D	K	E	D	V	D	R	V	F	K	K	Y	V	L	S
Template Known Secondary structure		G	G	S	S				B	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T	B			T	T	T		S									S		G	G	G								T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
		424	.	.	.	.	.	430	.						.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.									.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	D	P	E	I	L	R	T	.	.	.	.	.	N	L	A	S	V	I	L	Q	M	T	A	L	G	L	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	I	A	A	F	P	F	V	E	A	P	D	K	R	N	I	Q	D	G	V	R	L	L	E	E	L	G	A	I	T	T	D	E	Q	A	S	A	Y	K	L	T	P	L	G
Query Conservation										.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Template Conservation																																																																								.	.
Template Sequence		D	V	E	P	I	E	S	K	L	G	S	E	R	A	F	Y	T	F	L	L	G	I	L	S	A	E	G	N	L	S	E	K	Q	L	E	N	F	A	Y	E	S	L	L	A	K	Q	L	V	D	V	Y	F	D	R	A	I	R	W	L	L	E	H	S	F	I	K	E	E	G	N	.	.	T	F	A	L	T	N	F	G
Template Known Secondary structure									S			S																	S											T	T	S	S	S																			T	T	S					S	S	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.
Template SS confidence
		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.			.	.	.	.	.	490	.	.
		491	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.				.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Q	L	S	Q	L	P	V	D	P	R	L	A	R	M	V	L	E	A	Q	K	.	.	.	H	G	C	V	R	E	A	M	I	I	T	S	A	L	S	I	Q	D	P	R	E	R	P	M	D	K	Q	Q	A	S	D	E	K	H	R	R	F	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	S	D	F	L	A	F	V
Query Conservation																							.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	R	V	A	D	L	Y	I	N	P	F	T	A	D	I	I	R	K	G	L	E	G	H	K	A	S	C	E	L	A	Y	L	H	L	L	A	F	T	P	D	G	P	L	V	S	V	G	R	N	E	E	E	E	L	I	E	L	L	E	D	L	D	C	E	L	L	I	E	E	P	Y	E	E	D	E	Y	S	L	Y	I
Template Known Secondary structure								T																S															S	T	T	S																		T	T		S	S			S	S				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.					.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.
Query Sequence		N	L	W	N	Y	L	G	E	Q	Q	K	A	L	S	S	N	A	F	R	R	L	C	R	T	D	Y	L	N	Y	.	.	.	.	L	R	V	R	E	W	Q	D	I	Y	T	Q	L	R	Q	V	V	K	E	L	G	I
Query Conservation																															.	.	.	.
Alig confidence																															.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	A	L	K	V	A	L	I	M	K	D	W	M	D	E	V	D	E	D	T	I	L	S	K	Y	N	I	G	S	G	D	L	R	N	M	V	E	T	M	D	W	L	T	Y	S	A	Y	H	L	S	R	E	L	K	L
Template Known Secondary structure															T	T											T																											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		573	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.