Job Description P43329 Confidence 99.87% Date Thu Jan 5 12:02:17 GMT 2012 Rank 32 Aligned Residues 349 % Identity 19% Template c2fsgA_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:preprotein translocase seca subunit; PDBTitle: complex seca:atp from escherichia coli Resolution 2.20 Å

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.		.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.
Query SS confidence																																.
Query Sequence		K	L	T	F	T	A	L	Q	Q	R	L	D	S	L	M	L	R	D	R	L	R	F	S	R	R	L	H	G	V	K	.	K	V	K	N	P	D	A	Q	Q	A	I	F	Q	E	M	A	K	E	I	D	Q	A	A	G	K	V	L	L	R	E	A	A	R	P	E	I	T	Y	P	D	N	L	P	V	S	Q	K	K	Q
Query Conservation																																.
Alig confidence																																.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	K	V	V	N	I	I	N	A	X	E	P	E	X	E	K	L	S	D	E	E	L	K	G	K	T	A	E	F	R	A	R	L	E	K	G	E	V	L	E	N	L	I	P	E	A	F	A	V	V	R	E	A	S	K	R	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	X	R	H	F	D	V
Template Known Secondary structure											T							S																		T	T			G	G	G	G																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		22	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.																.	80	.	.	.	.	.	.
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.			.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.				.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.																																									.	.	.
Query SS confidence																									.	.																																									.	.	.
Query Sequence		D	I	L	E	A	I	R	D	H	Q	V	V	I	V	A	G	E	T	G	S	G	K	T	.	.	T	Q	L	P	K	I	C	M	E	L	G	R	G	I	K	G	L	I	G	H	T	Q	P	R	R	L	A	A	R	T	V	A	N	R	I	A	E	E	L	K	.	.	.	T	E	P	G	G	C	I	G	Y	K	V	R
Query Conservation																									.	.																																									.	.	.
Alig confidence																									.	.												.									.	.				.	.	.	.												.	.	.
Template Conservation																																						.									.	.				.	.	.	.
Template Sequence		Q	L	L	G	G	X	V	L	N	E	R	C	I	A	E	X	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	L	P	A	Y	L	N	A	L	T	.	G	K	G	V	H	V	V	T	.	.	V	N	D	.	.	.	.	Y	L	A	Q	R	D	A	E	N	N	R	P	L	F	E	F	L	G	L	T	V	G	I	N	L	P
Template Known Secondary structure									T	T	S	S							T	T	S						T									T	T	.	S	S							.	.	S	S		.	.	.	.																	T	T								T
Template Predicted Secondary structure																																						.									.	.				.	.	.	.
Template SS confidence
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.		.	.	.	.	.	.	.	130			.	.	.					.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		160	.	.					.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.									.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	S	D	.	.	.	.	H	V	S	D	N	T	M	V	K	L	M	T	D	G	I	L	L	A	E	I	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	R	L	L	M	Q	Y	D	T	I	I	I	D	E	A	H	E	R	S	L	N	I	D	F	L	L	G	Y	L	K	E	L	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation					.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	X	P	A	P	A	K	R	E	A	Y	A	A	D	I	T	Y	G	T	N	N	E	Y	G	F	D	Y	L	R	D	N	X	A	F	S	P	E	E	R	V	Q	R	K	L	H	Y	A	L	V	D	E	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I
Template Known Secondary structure		T												S	S																	T	T		S	S	G	G	G												S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.															.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
																	219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.			.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	R	P	D	L	K	I	I	I	T	S	A	T	I	.	.	D	P	E	R	F	S	R	H	F	N	N	A	P	I	I	E	V	S	G	R	T	Y	P	V	E	V	R	Y	R	P	I	V	E	E	A	D	D	T	E	R	D	Q	L	Q	A	I	F	D	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.											.																							.	.	.
Template Conservation																																											.																							.	.	.
Template Sequence		S	G	P	N	Q	T	L	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	L	Y	E	K	L	A	G	X	T	G	T	A	D	T	E	A	F	E	F	S	S	I	Y	K	.	L	D	T	V	V	V	P	T	N	R	P	X	I	R	K	D	L	P	D	L	V	Y	.	.	.	X	T	E	A	E	K	I	Q	A	I	I	E	D
Template Known Secondary structure																		T	T	S	S								S														.									S	S													.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure																																											.																							.	.	.
Template SS confidence
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.		.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.				.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		V	D	E	L	S	Q	E	S	H	G	D	I	L	I	F	M	S	G	E	R	E	I	R	D	T	A	D	A	L	N	K	L	N	L	R	H	T	E	I	L	P	L	Y	A	R	L	S	N	S	E	Q	N	R	V	F	Q	S	H	S	G	R	R	I	V	L	A	T	N	V	A	E	T	S	L	T	V	P	G	I	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence												.																						.	.	.																																													.
Template Conservation												.																						.	.	.
Template Sequence		I	K	E	R	T	A	K	G	Q	P	.	V	L	V	G	T	I	S	I	E	K	S	E	L	V	S	N	E	L	T	K	A	.	.	.	G	I	K	H	N	V	L	N	A	K	F	H	A	N	E	A	A	I	V	A	Q	A	G	Y	P	A	A	V	T	I	A	T	N	X	A	G	R	G	T	D	I	V	L	G	G
Template Known Secondary structure								T	T			.						S	S														T	.	.	.	T								T	T											T	T	T	S	T	T							S			T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure												.																						.	.	.
Template SS confidence
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.		.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.				.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
																																						361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Y	V	I	D	P	G	T	A	R	I	S	R	Y	S	Y	R	T	K	V	Q	R	L	P	I	E	P	I	S	Q	A	S	A	N	Q	R	K	G	R	C	G	R	V	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	W	Q	A	E	V	A	A	L	E	N	P	T	A	E	Q	I	E	K	I	K	A	D	W	Q	V	R	H	D	A	V	L	E	A	G	G	L	H	I	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G
Template Known Secondary structure			S					T	T		S	S			T																				T	T	S						S	S			S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T	S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.
			405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	E	G	I	C	I	R	L	Y	S	E	D	D
Query Conservation		.
Alig confidence		.
Template Conservation
Template Sequence		D	A	G	S	S	R	F	Y	L	S	X	E	D
Template Known Secondary structure												T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.