Job Description P77400 Confidence 97.62% Date Thu Jan 5 12:28:55 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 410 % Identity 15% Template d2a65a1 SCOP info SNF-like SNF-like SNF-like Resolution 1.65

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.		.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.		.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.			.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.																							.																			.	.
Query SS confidence																							.																							.																			.	.
Query Sequence		G	L	W	N	V	V	S	I	G	I	G	A	M	V	G	A	G	I	F	A	L	.	L	G	Q	A	A	L	L	M	E	A	S	T	W	V	A	F	A	F	G	G	I	V	.	A	M	F	S	G	Y	A	Y	A	R	L	G	A	S	Y	P	S	N	.	.	G	G	I	I	D	F	F	R	R	G	L	G	N	G	V
Query Conservation																							.																							.																			.	.
Alig confidence																							.																							.																			.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	R	L	G	L	I	L	A	M	A	G	N	A	V	G	L	G	N	F	L	R	F	P	V	Q	A	A	E	N	G	G	G	A	F	M	I	P	Y	I	I	A	F	L	L	V	G	I	P	L	M	W	I	E	W	A	M	G	R	Y	G	G	A	Q	G	H	G	T	T	P	A	I	F	Y	L	L	W	R	N	R	F
Template Known Secondary structure															S	S					T									T	T	T														T																	T	T	T			S									S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.				.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	130
Predicted Secondary structure																								.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	S	L	A	L	S	L	L	Y	L	L	T	L	A	V	S	I	A	M	V	A	R	.	.	.	A	F	G	A	Y	A	V	Q	F	L	H	E	G	S	Q	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	L
Query Conservation																								.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	I	L	G	V	F	G	L	W	I	P	L	V	V	A	I	Y	Y	V	Y	I	E	S	W	T	L	G	F	A	I	K	F	L	V	G	L	V	P	E	P	P	P	T	D	P	D	S	I	L	R	P	F	K	E	F	L	Y	S	Y	I	G	V	P	K	G	D	E	P	I	L	K	P	S	L	F	A	Y	I	V
Template Known Secondary structure							T																														T																										T			S	S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		131	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.									.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	L	L	Y	A	L	G	I	I	A	V	M	T	L	F	N	S	L	S	N	H	A	V	G	R	L	E	V	I	L	V	G	I	K	M	M	I	L	L	L	L	I	I	A	G	V	W	S	L	Q	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	H	I	S	V	S	A	P	P	S	S	G	A	F	F	S	C	I	G	I	T
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	L	I	T	M	F	I	N	V	S	I	L	I	R	G	I	S	K	G	I	E	R	F	A	K	I	A	M	P	T	L	F	I	L	A	V	F	L	V	I	R	V	F	L	L	E	T	P	N	G	T	A	A	D	G	L	N	F	L	W	T	P	D	F	E	K	L	K	D	P	G	V	W	I	A	A	V	G	Q	I
Template Known Secondary structure														T	T		T	T	T	T																								T	T				T	T												S			T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		203	.	.	.	.		.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.								240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.			270	.	.
Predicted Secondary structure							.																																	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Query SS confidence							.																																	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Query Sequence		F	L	A	Y	A	.	G	F	G	M	M	A	N	A	A	D	K	V	K	D	P	Q	V	I	M	P	R	A	F	L	V	A	I	G	V	T	T	L	.	.	.	.	.	.	.	L	Y	I	S	L	A	L	V	L	L	S	D	V	S	A	L	E	L	E	K	Y	A	D	T	A	V	A	Q	A	A	.	.	S	P	L
Query Conservation							.																																	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Alig confidence							.																																	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	F	T	L	S	L	G	F	G	A	I	I	T	Y	A	S	Y	V	R	K	D	Q	D	I	V	L	S	G	L	T	A	A	T	L	N	E	K	A	E	V	I	L	G	G	S	I	S	I	P	A	A	V	A	F	F	G	V	A	N	A	V	A	I	A	K	A	G	A	F	N	L	G	F	I	T	L	P	A	I	F
Template Known Secondary structure						T	T	T	S	S							T	T	S		T	T	S																			T	T																										S	S					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	H	V	G	Y	V	I	V	V	I	G	A	L	L	A	T	A	S	A	I	N	A	N	L	F	A	V	F	N	I	M	D	N	M	G	S	E	R	E	L	P	K	L	M	N	K	S	L	W	R	Q	S	T	W	G	N	I	I	V	V	V	L	I	M	L	M	T	A	A	L	N	L	G	S	L	A	S	V	A
Query Conservation
Alig confidence																																									.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.
Template Sequence		S	Q	T	A	G	G	T	F	L	G	F	L	W	F	F	L	L	F	F	A	G	L	T	S	S	I	A	I	M	Q	P	M	I	A	F	L	E	D	E	.	.	.	.	.	L	K	L	S	R	K	H	A	V	L	W	T	A	A	I	V	F	F	S	A	H	L	V	M	F	L	N	K	S	L	D	E	M	D	F	W
Template Known Secondary structure		T	T	S	T	T																																		T	.	.	.	.	.	S																									B	T	T
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.
Template SS confidence
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370						.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.									.	370	.	.	.								.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400												.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	A	T	F	L	I	C	Y	L	A	V	F	V	V	A	I	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	R	H	D	.	.	.	.	.	.	.	I	H	A	S	L	P	I	L	I	V	G	T	L	V	M	L	L	V	I	V	G	F	I	Y	S	L	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	G	S	R	A
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	T	I	G	V	V	F	F	G	L	T	E	L	I	I	F	F	W	I	F	G	A	D	K	A	W	E	E	I	N	R	G	G	I	I	K	V	P	R	I	Y	Y	Y	V	M	R	Y	I	T	P	A	F	L	A	V	L	L	V	V	W	A	R	E	Y	I	P	K	I	M	E	E	T	H	W	T	V	W	I	T
Template Known Secondary structure		T	T	T																T	T	S											T	T		S	S				T								T																	T							S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.
		407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	W	I	I	G	S	L	L	L	S	L	I	V	A	M	V	M	K	R	N	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	F	Y	I	I	G	L	F	L	F	L	T	F	L	V	F	L	A	E	R	R	R
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		487	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.