Job Description P33363 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:06 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 541 % Identity 24% Template c3lk6A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:lipoprotein ybbd; PDBTitle: beta-n-hexosaminidase n318d mutant (ybbd_n318d) from bacillus subtilis Resolution 2.88 Å

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		32	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.													.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.					.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Query Sequence		E	A	R	D	A	F	V	T	E	L	L	K	K	M	T	V	D	E	K	I	G	Q	L	R	L	I	S	V	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	P	K	E	A	I	R	E	M	I	K	D	G	Q	V	G	A	I	F	.	.	.	.	N	T	V	T	R	Q	D	I	R	A	M	Q	D	Q
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	K	R	A	I	D	A	N	Q	I	V	N	R	M	S	L	D	E	K	L	G	Q	M	L	M	P	D	F	R	N	W	Q	K	E	G	E	S	S	P	Q	A	L	T	K	M	N	D	E	V	A	S	L	V	K	K	Y	Q	F	G	G	I	I	L	F	A	E	N	V	K	T	T	K	Q	T	V	Q	L	T	D	D
Template Known Secondary structure													T	T	S								T	T				B		S					T	T		S	S						S															S			B			T	T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		29	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
		96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.							.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	M	E	L	S	R	L	K	I	P	L	F	F	A	Y	D	V	L	H	G	Q	.	.	.	.	.	.	R	T	V	F	P	I	S	L	G	L	A	S	S	F	N	L	D	A	V	K	T	V	G	R	V	S	A	Y	E	A	A	D	D	G	L	N	M	T	W	A	P	M	V	D	V	S	R	D	P	R	W	G	R
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.
Template Sequence		Y	Q	K	.	A	S	P	K	I	P	L	M	L	S	I	D	Q	E	G	G	I	V	T	R	L	G	E	G	T	N	F	P	G	N	M	A	L	G	A	A	R	S	R	I	N	A	Y	Q	T	G	S	I	I	G	K	E	L	S	A	L	G	I	N	T	D	F	S	P	V	V	D	I	N	N	N	P	D	N	P	V
Template Known Secondary structure					.			S	S	S										B	T	T	B				S	S	S				S																													T								B							T	T			S
Template Predicted Secondary structure					.
Template SS confidence
		109	110	.		.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.
			170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.			.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																																											.	.
Query SS confidence		.																																																											.	.
Query Sequence		.	A	S	E	G	F	G	E	D	T	Y	L	T	S	T	M	G	K	T	M	V	E	A	M	Q	G	K	S	P	A	D	R	Y	S	V	M	T	S	V	K	H	F	A	A	Y	G	A	V	E	G	G	K	E	Y	N	T	V	D	M	.	.	S	P	Q	R	L	F	N	D	Y	M	P	P	Y	K	A	G	L	D	A
Query Conservation		.																																																											.	.
Alig confidence		.																											.	.	.	.	.	.																											.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	G	V	R	S	F	S	S	N	R	E	L	T	S	R	L	G	L	Y	T	M	K	G	L	Q	R	Q	.	.	.	.	.	.	D	I	A	S	A	L	K	H	F	P	G	H	G	D	T	D	V	D	S	H	Y	G	L	P	L	V	S	H	G	Q	E	R	L	R	E	V	E	L	Y	P	F	Q	K	A	I	D	A
Template Known Secondary structure		S	G	G	G	S	S		S	S																		T	.	.	.	.	.	.	T									T	T	G	G	G					T	T	T	T														T	T										T
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.							.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	S	G	A	V	M	V	A	L	N	S	L	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	A	T	S	D	S	W	L	L	K	D	V	L	R	D	Q	W	G	F	K	G	I	T	V	S	D	H	G	A	I	K	E	L	I	K	H	G	T	A	A	D	P	E	D	A	V	R	V	A
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.
Template Sequence		G	A	D	M	V	M	T	A	H	V	Q	F	P	A	F	D	D	T	T	Y	K	S	K	L	D	G	S	D	I	L	V	P	A	T	L	S	K	K	V	M	T	G	L	L	R	Q	E	M	G	F	N	G	V	I	V	T	N	A	L	N	M	K	A	I	A	D	H	F	.	.	.	G	Q	E	E	A	V	V	M	A
Template Known Secondary structure		T		S								B		T	T	T								T	T	T		S					B	G	G	G													S				S					S		T	T									.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.
Template SS confidence
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.				330	.	.	.	.	.	.	.	.
		311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.													.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	K	S	G	I	N	M	S	M	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Y	Y	S	K	Y	L	P	G	L	I	K	S	G	K	V	T	M	A	E	L	D	D	A	A	R	H	V	L	N	V	K	Y	D	M	G	L	F	N	D	P	Y	S	H	L	G	P	K	E	S	D	P	V	D	T	N	A
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	A	G	V	D	I	A	L	M	P	A	S	V	T	S	L	K	E	E	Q	K	F	A	R	V	I	Q	A	L	K	E	A	V	K	N	G	D	I	P	E	Q	Q	I	N	N	S	V	E	R	I	I	S	L	K	I	K	R	G	M	Y	P	A	R	N	S	D	S	T	K	E	K	I	A	K	A	K	K	I	V
Template Known Secondary structure					T		S	B					S				S	S	T	T	T																T	T	S	S																			T	T	T	T	T	T															T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.			.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.
Query SS confidence																																.	.
Query Sequence		E	S	R	L	H	R	K	E	A	R	E	V	A	R	E	S	L	V	L	L	K	N	R	L	E	T	L	P	L	K	.	.	K	S	A	T	I	A	V	V	G	P	L	A	D	S	K	R	D	V	M	G	S	W	S	A	A	G	V	A	D	Q	S	V	T	V	L	T	G	I	K	N	A	V	G	E	N	G	K	V
Query Conservation																																.	.
Alig confidence																																.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	S	K	Q	H	L	K	A	E	K	K	L	A	E	K	A	V	T	V	L	K	N	E	Q	H	T	L	P	F	K	P	K	K	G	S	R	I	L	I	V	A	P	Y	E	E	Q	T	A	S	I	E	Q	T	I	H	D	L	I	K	R	K	K	I	K	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T																						G	G	G			S					T	T								S	S																	T	T	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.								.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Y	A	K	G	A	N	V	T	S	D	K	G	I	I	D	F	L	N	Q	Y	E	E	A	V	K	V	D	P	R	S	P	Q	E	M	I	D	E	A	V	Q	T	A	K	Q	S	D	V	V	V	A	.	.	.	.	.	.	.	V	V	G	E	A	Q	G	M	A	H	E	A	S	S	R	T	D	I	T	I	P	Q
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	L	S	K	M	N	F	A	S	Q	V	F	K	T	E	H	E	K	Q	V	K	E	A	D	Y	I	I	T	G	S	Y	V	V	K	N	D	P	V	V	N	D	G	V	I	D	D	T	I	S	D	S	S	K	W	A	T	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T															S									S	S							T	T				S	S				G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																								484	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
		530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.		.	.	.	.	.	.	.								.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure																																												.								.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.								.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	Q	R	D	L	I	A	A	L	K	A	T	G	K	P	L	V	L	V	L	M	N	G	R	P	L	A	L	V	K	E	D	Q	Q	A	D	A	I	L	E	T	W	.	F	A	G	T	E	G	G	.	.	.	.	.	.	.	N	A	I	A	D	V	L	F	G	D	Y	N	P	S	G	K	L	P	M	S	F	P	R
Query Conservation																																												.								.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.										.											.								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.										.
Template Sequence		F	P	R	A	V	M	K	A	A	L	Q	H	N	K	P	F	V	L	M	S	L	.	R	N	P	Y	D	A	A	N	F	.	E	E	A	K	A	L	I	A	V	Y	G	F	K	G	Y	A	N	G	R	Y	L	Q	P	N	I	P	A	G	V	M	A	I	F	G	Q	A	K	P	K	G	T	L	P	V	D	I	P	S
Template Known Secondary structure													T	T									.	S		G	G	G	G	G	G		.	T	T		S						S							T	T			S		S										T	T		S							S	S
Template Predicted Secondary structure																							.										.
Template SS confidence
		542	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.		.	.	.	.	.	.	.	570	.		.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		602	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	V	G	Q	I	P	V	Y	Y	S	H	L	N	T	G	R	P	Y	N	A	D	K	P	N	K	Y	T	S	R	Y	F	D	E	A	N	G	A	L	Y	P	F	G	Y	G	L	S	Y	T	T	F
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	T	K	P	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	Y	P	L	G	Y	G	L	N	I	K	T	G
Template Known Secondary structure		S	S	S	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T			B		T	T	T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		620	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.