Job Description P0CB39 Confidence 99.92% Date Thu Jan 5 11:30:09 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 256 % Identity 18% Template c2gsoB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase; PDBTitle: structure of xac nucleotide2 pyrophosphatase/phosphodiesterase in complex with vanadate Resolution 1.30 Å

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		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.		.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure																																																						.																										.	.
Query SS confidence																																																						.																										.	.
Query Sequence		E	P	R	T	L	V	L	V	I	G	E	S	T	Q	R	G	R	M	S	L	Y	G	Y	P	R	E	T	T	P	E	L	D	A	L	H	K	T	D	P	N	L	T	V	F	N	N	V	V	T	S	R	P	.	Y	T	I	E	I	L	Q	Q	A	L	T	F	A	N	E	K	N	P	D	L	Y	L	T	Q	P	.	.
Query Conservation																																																						.																										.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.																.	.	.												.																										.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.																.	.	.
Template Sequence		T	P	H	A	L	L	L	I	S	I	D	G	L	R	A	D	M	L	.	.	.	.	.	D	R	G	I	T	P	N	L	S	H	L	A	R	E	G	.	.	.	V	R	A	R	W	M	A	P	S	Y	P	S	L	T	F	P	N	H	Y	T	L	V	T	G	L	R	P	D	H	H	G	I	V	H	N	S	M	R	D
Template Known Secondary structure												T	T			G	G	G	G	.	.	.	.	.	S	S	S	S											S	.	.	.				S						S	S		S																		S			S	S	S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.																.	.	.
Template SS confidence
		44	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.						.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.				.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
																									312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	M	N	M	M	K	Q	A	G	Y	K	T	F	W	I	T	N	Q	Q	T	M	T	A	R	N	T	M	L	T	V	F	S	R	Q	T	D	K	Q	Y	Y	M	N	Q	Q	R	T	Q	S	A	R	E	Y	D	T	N	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	T	L	G	G	F	W	L	S	K	S	E	A	V	G	D	A	R	W	W	G	G	E	P	V	W	V	G	V	E	N	T	G	Q	H	A	A	T	W	S	W	P	G	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	I	K	G	V	R	P	S	Q	W	R	H	Y	Q	K	G	V	R	L	D	T	R
Template Known Secondary structure		T	T	T					T	T						T		G	G	G			S										T	T						S	S		T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		B	T	T	B			S	B						T	T
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160													.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.			.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.
Query SS confidence												.	.
Query Sequence		L	K	P	F	Q	E	V	L	N	D	.	.	P	A	P	K	K	L	I	I	V	H	L	L	G	T	H	I	K	Y	K	Y	R	Y	P	E	N	Q	G	K	F	D	G	N	T	D	H	V	P	P	G	L	N	A	E	E	L	E	S	Y	N	D	Y	D	N	A	N	L	Y	N	D	H	V	V	A	S	L	I	K	D
Query Conservation												.	.
Alig confidence												.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	D	A	V	R	G	W	L	A	T	D	G	A	Q	R	N	R	L	V	T	L	Y	F	E	H	V	D	E	A	G	H	D	H	G	P	E	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	Q	Y	A	D	A	V	R	A	V	D	A	A	I	G	R	L	L	A	G
Template Known Secondary structure													G	G	G																					T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		447	.	.	450	.			.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
Predicted Secondary structure							.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	K	A	A	N	.	.	P	N	G	F	L	V	Y	F	S	D	H	G	E	E	V	Y	D	T	P	P	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation							.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	Q	R	D	G	T	R	A	R	T	N	I	I	V	V	S	D	H	G	M	A	E	V	A	P	G	H	A	I	S	V	E	D	I	A	P	P	Q	I	A	T	A	I	T	D	G	Q	V	I	G	F	E	P	L	P	G	Q	Q	A	A	A	E	A	S	V	L	G	A	H	D	H	Y	D	C	W	R	K	A	E	L
Template Known Secondary structure						T		G	G	G								S								T	T									S		T	T	T							B	S								T	T										S				T	T						G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
																																							473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	T	Q	G	R	N	E	D	N	P	T	R	H	M	Y	T	I	P	F	L	L	W	T	S	E	K	W	Q	A	T	H	P	R	D	F	S	Q	D	V	D	R	K	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.			.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																.			.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	A	R	W	Q	Y	G	S	H	P	R	I	P	S	L	V	C	Q	M	H	E	G	W	D	A	L	F	P	D	K	L	A	K	R	A	Q	R	G	T	R	G	S	H	G	Y	D	P	A	L	P	S	M	R	A	V	F	L	A	Q	G	P	D	.	L	A	.	.	.	.	.	.	.	Q	G	K	T	L	P	G	F
Template Known Secondary structure			G	G	G			S		S	T	T	S		S							T	T												S				S							S		T	T	S	G	G	G		B						S	T	T	.	B		.	.	.	.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																.			.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.		.	.								.	.	.	.	.	390	.	.
		516	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.			540	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.
Query SS confidence																										.	.
Query Sequence		S	L	A	E	L	I	H	T	W	S	D	L	A	G	L	S	Y	D	G	Y	D	P	T	R	.	.	S	V	V
Query Conservation																										.	.
Alig confidence																					.					.	.
Template Conservation																					.
Template Sequence		D	N	V	D	V	Y	A	L	M	S	R	L	L	G	I	P	A	A	P	.	N	D	G	N	P	A	T	L	L
Template Known Secondary structure			G	G	G									T	T					S	.		S	S		T	T	T	T	G
Template Predicted Secondary structure																					.
Template SS confidence
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.		.	.	.	.	.	.	.	.	420

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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