Job Description P31827 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:48:51 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 660 % Identity 13% Template d1fepa_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Ligand-gated protein channel Resolution 2.40

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		31	.	.	.	.	.	.	.	.		40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.
Query SS confidence											.
Query Sequence		E	E	M	T	V	Y	A	P	V	.	P	V	P	V	N	G	N	T	H	Y	T	S	E	S	I	E	R	L	P	T	G	N	G	N	I	S	D	L	L	R	T	N	P	A	V	R	M	D	S	T	Q	S	T	S	L	N	Q	G	D	I	R	P	E	K	I	S	I	H	G	A	S	P	Y	Q	N	A	Y	L	I	D
Query Conservation											.
Alig confidence											.																				.																													.	.	.
Template Conservation																															.																													.	.	.
Template Sequence		D	T	I	V	V	T	A	A	E	Q	N	L	Q	A	P	G	V	S	T	I	T	A	D	E	I	R	K	N	P	.	V	A	R	D	V	S	K	I	I	R	T	X	P	G	V	N	L	T	G	N	S	T	S	G	Q	R	G	N	.	.	.	N	R	Q	I	D	I	R	G	X	G	P	E	N	T	L	I	L	I	D
Template Known Secondary structure													T	T	S	T	T												S		.		S	S		T					T	T	S	T	T						S		T	T		T	T	T	T	.	.	.							T	T	S		G	G	G						T
Template Predicted Secondary structure																															.																													.	.	.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40		.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.				.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160		.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.
Query SS confidence																																																					.
Query Sequence		G	I	S	A	T	N	N	L	N	P	A	N	E	S	D	A	S	S	A	T	N	I	S	G	M	S	Q	G	Y	Y	L	D	V	S	L	L	D	N	V	T	L	Y	D	S	F	V	P	V	E	F	G	.	R	F	N	G	G	V	I	D	A	K	I	K	R	F	N	A	D	D	S	K	V	K	L	G	Y	R	T	T
Query Conservation																																																					.
Alig confidence															.	.	.	.																																			.																								.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.
Template Sequence		G	K	P	V	S	S	R	N	S	V	R	Q	G	.	.	.	.	W	R	G	E	R	D	T	R	G	D	T	S	W	V	P	P	E	X	I	E	R	I	E	V	L	R	G	P	A	A	A	R	Y	G	N	G	A	A	G	G	V	V	N	I	I	T	K	K	G	S	G	E	W	H	G	S	W	D	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T					G	G	G	G	S				.	.	.	.	T	T	S				S			S	T	T	S	S		G	G	G									T					T	T		T	T		S	S												S	S							.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100					.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	S	D	W	L	T	S	H	I	D	E	N	N	K	S	A	F	N	Q	G	S	S	G	S	T	Y	Y	S	P	D	F	K	K	N	F	Y	T	L	S	F	N	Q	E	L	A	D	N	F	G	V	T	A	G	L	S	R	R	Q	S	D	I	T	R	A	D	Y	V	S	N	D	G	I	V	A	G	R	A	Q	Y	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Y	F	N	A	P	E	H	K	E	E	G	A	T	K	R	T	N	F	S	L	T	G	P	L	G	D	E	F	S	F	R	L	Y	G	N	L	D	K	T	Q	A	D	A	W	D	I	N	Q	G	H	Q	S	A	R	A	G	T	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	S	T	T	S															S	S	S																	T	T	T	T	T	T	T						G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																							159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	V	I	D	T	A	L	S	K	F	T	W	F	A	S	D	R	F	T	H	D	L	T	L	K	Y	T	G	S	S	R	D	Y	N	T	S	T	F	P	Q	S	D	R	E	M	G	N	K	S	Y	G	L	A	W	D	M	D	T	Q	L	A	W	A	K	L	R	T	T	V	G	W	D	H	I	S	D	Y	T	R	H
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	T	T	L	P	A	G	R	E	G	V	I	N	K	D	I	N	G	V	V	R	W	D	F	A	P	L	Q	S	L	E	L	E	A	G	Y	S	R	Q	G	N	L	Y	A	G	D	T	Q	N	T	N	S	D	S	Y	T	R	S	K	Y	G	D	E	T	N	R	L	Y	R	Q	N	Y	A	L	T	W	N	G	G	W
Template Known Secondary structure		T	T																								T	T																			S					S	S								T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		349	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	H	D	I	W	Y	T	E	L	S	C	T	Y	G	D	I	T	G	R	C	T	R	G	G	L	G	H	I	S	Q	A	V	D	N	Y	T	F	K	T	R	L	D	W	Q	K	F	A	V	G	N	V	S	H	Q	P	Y	F	G	A	E	Y	I	Y	S	D	A	W	T	E	R	H	N	Q	S	E	S	Y	V	I	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	N	G	V	T	T	S	N	W	V	Q	Y	E	H	T	R	N	S	R	I	P	E	G	L	A	G	Q	D	F	V	D	I	D	L	D	D	V	X	L	H	S	E	V	N	L	P	I	D	F	L	V	N	Q	T	L	T	L	G	T	E	W	N	Q	Q	R	X	K	D	L	S	S	N	T	Q	A	D	R	S	P	Y
Template Known Secondary structure		T	T	S																				S																										S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	G	K	K	T	N	H	T	I	Y	H	K	G	K	G	R	L	G	I	D	N	Y	T	L	Y	M	A	D	R	I	S	W	R	N	V	S	L	M	P	G	V	R	Y	D	Y	D	N	Y	L	S	N	H	N	I	S	P	R	F	M	T	E	W	D	I	F	A	N	Q	T	S	M	I	T	A	G	Y	N	R	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	K	A	E	I	F	S	L	F	A	E	N	N	X	E	L	T	D	S	T	I	V	T	P	G	L	R	F	D	H	H	S	I	V	G	N	N	W	S	P	A	L	N	I	S	Q	G	L	.	.	G	D	D	F	T	L	K	X	G	I	A	R	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	S	S	S													T	T	T															.	.	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.
Template SS confidence
																			405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.			.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.			.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.
Query SS confidence																																																																											.	.
Query Sequence		Y	G	G	N	I	L	D	M	G	L	R	D	I	R	N	S	W	T	E	S	V	S	G	N	K	T	L	T	R	Y	Q	D	L	K	T	P	Y	N	D	E	L	A	M	G	L	Q	Q	K	I	G	K	N	V	I	A	R	A	N	Y	V	Y	R	E	A	H	D	Q	I	S	K	S	S	R	.	.	T	D	S	A	T
Query Conservation																																																																											.	.
Alig confidence																.	.	.																																.																									.	.
Template Conservation																.	.	.																																.
Template Sequence		Y	K	A	P	S	L	Y	Q	T	N	P	N	Y	I	.	.	.	L	Y	S	K	G	Q	G	C	Y	L	Q	G	N	D	D	L	K	A	E	T	S	I	N	K	E	I	G	L	E	F	K	.	R	D	G	W	L	A	G	V	T	W	F	R	N	D	Y	R	N	K	I	E	A	G	Y	V	A	V	G	Q	N	A	V
Template Known Secondary structure							T	T	T	T		T	T			.	.	.				S										T	T																	.		T	T																				S	S		S		B		T	T
Template Predicted Secondary structure																.	.	.																																.
Template SS confidence
		466	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.				480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510		.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
		587	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	T	T	I	T	E	Y	N	N	D	G	K	T	K	T	H	S	F	S	L	S	F	E	L	A	E	P	L	H	I	R	Q	V	D	I	N	P	Q	I	V	F	S	Y	I	K	S	K	G	N	L	S	L	N	N	G	Y	E	E	S	N	T	G	D	N	Q	V	V	Y	N	G	N	L	V	S	Y	D	S	V	P	V
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	T	D	L	Y	Q	W	D	N	V	P	K	A	V	V	E	G	L	E	G	S	L	N	V	P	V	S	E	T	.	.	.	.	.	V	X	W	T	N	N	I	T	Y	X	L	K	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	T	T	G	D	R
Template Known Secondary structure		S		B																									T	T	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		549	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.						.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.																										.	.	.	.	.	.	.
		667	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	F	N	N	P	L	K	I	S	L	N	M	D	F	T	H	Q	P	S	G	L	V	W	A	N	T	L	A	W	Q	E	A	R	K	A	R	I	I	L	G	K	T	N	A	Q	Y	I	S	E	Y	S	D	Y	K	Q	Y	V	D	E	K	L	D	S	S	L	T	W	D	T	R	L	S	W	T	P	Q	F	L	Q
Query Conservation
Alig confidence																			.																																.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.
Template Conservation																			.																																.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.
Template Sequence		L	S	I	I	P	E	Y	T	L	N	S	T	L	S	W	Q	A	.	R	E	D	L	S	X	Q	T	T	F	T	W	Y	G	K	Q	Q	P	K	K	Y	N	Y	K	G	Q	P	A	V	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	E	T	K	E	I	S	P	Y	S	I	V	G	L	S	A	T	W	D	V	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S				S												.		T	T													B				S	B		T	T	S		B			G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G			B															.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.																																.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.
Template SS confidence
		599	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.		.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.									.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.
		747	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.																770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	Q	N	L	T	I	S	A	D	I	L	N	V	L	D	S	K	T	A	V	D	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	T	G	V	A	T	Y	A	S	G	R	T	F	W	L	D	V	S	M	K	F
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	K	N	V	S	L	T	G	G	V	D	N	L	F	D	K	R	L	W	R	A	G	N	A	Q	T	T	G	D	L	A	G	A	N	Y	I	A	G	A	G	A	Y	T	Y	N	E	P	G	R	T	W	Y	X	S	V	N	T	H	F
Template Known Secondary structure		S	S	S									S	T	T				B				S		S	S					T	T	S	S	S						T	T					B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		666	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.