Job Description P37650 Confidence 99.64% Date Wed Jan 25 15:20:52 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 376 % Identity 12% Template c2uy1A_ PDB info PDB header:rna-binding protein Chain: A: PDB Molecule:cleavage stimulation factor 77; PDBTitle: crystal structure of cstf-77 Resolution 2.0 Å

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		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	D	S	E	A	L	G	A	L	G	Q	A	Y	S	Q	K	G	D	R	A	N	A	V	A	N	L	E	K	A	L	A	L	D	P	H	S	S	N	N	D	K	W	N	S	L	L	K	V	N	R	Y	W	L	A	I	Q	Q	G	D	A	A	L	K	A	N	N	P	D	R	A	E	R	L	F	Q	Q	A	R	N	V
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	S	P	S	A	I	M	E	H	A	R	R	L	Y	M	S	K	D	Y	R	S	L	E	S	L	F	G	R	C	L	K	K	S	Y	N	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	W	M	L	Y	I	E	Y	V	R	K	V	S	K	L	Y	E	V	Y	E	F	T	L	G	Q	F	E	N
Template Known Secondary structure																	T	T													S	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T											S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.																.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390					.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.
Query Sequence		D	N	T	D	S	Y	A	V	L	G	.	.	.	.	L	G	D	V	A	M	A	R	K	D	Y	P	A	A	E	R	Y	Y	Q	Q	T	L	R	M	D	S	G	N	T	N	A	V	R	G	L	A	N	I	Y	R	Q	Q	S	P	E	K	A	E	A	F	I	A	S	L	S	A	S	Q	R	R	S	I	D	D	I	E
Query Conservation												.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	W	D	S	Y	G	L	Y	K	E	Y	I	E	E	E	G	K	I	E	D	E	Q	T	R	I	E	K	I	R	N	G	Y	M	R	A	L	Q	T	P	M	G	S	L	S	E	L	W	K	D	F	E	N	F	E	L	E	L	N	K	I	T	G	K	K	I	V	G	D	T	L	P	I	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T												T	S	S		S	S																	T	S			T	T																															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.									.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	S	L	Q	N	D	R	L	A	Q	Q	A	E	A	L	E	N	Q	G	K	W	A	Q	A	A	A	L	Q	R	Q	R	L	A	L	D	P	G	S	V	W	.	.	.	.	.	.	.	.	I	T	Y	R	L	S	Q	D	L	W	Q	A	G	Q	R	S	Q	A	D	T	L	M	R	N	L	A	Q	Q	K	S	N	D
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Q	S	S	F	Q	R	Y	Q	Q	I	Q	P	L	I	R	G	W	S	V	K	N	A	A	R	L	I	D	L	E	M	E	N	G	M	K	L	G	G	R	P	H	E	S	R	M	H	F	I	H	N	Y	I	L	D	S	F	Y	Y	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T		S													T		T	T																						T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																						153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
		529	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	Q	V	Y	A	Y	G	L	Y	L	S	G	H	D	Q	D	R	A	A	L	A	H	I	N	S	L	P	R	A	Q	W	N	S	N	I	Q	E	L	V	N	R	L	Q	S	D	Q	V	L	E	T	A	N	R	L	R	E	S	G	K	E	A	E	A	E	A	M	L	R	Q	Q	P	P	S	T	R	I	D	L	T
Query Conservation
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	E	V	Y	F	F	Y	S	E	Y	L	I	G	I	G	Q	K	E	K	A	K	K	V	V	E	R	G	I	E	M	S	D	G	M	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	L	Y	Y	G	L	V	M	D	E	E	A	V	Y	G	D	L	K	R	K	Y	S	F	S	K	E	L	D	L	L	R	I	N
Template Known Secondary structure															T	T																		S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T		T										T
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.												.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
		609	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	D	W	A	Q	Q	R	R	D	Y	T	A	A	R	A	A	Y	Q	N	V	L	T	R	E	P	A	N	A	D	A	I	L	G	L	T	E	V	D	I	A	A	G	D	K	A	A	A	R	S	Q	L	A	K	L	P	A	T	D	N	A	S	L	N	T	Q	R	R	V	A	L	A	Q	A	Q	L	G	D	T	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		H	L	N	Y	V	L	K	K	R	G	L	E	L	F	R	K	L	F	I	E	L	G	N	E	G	V	G	P	H	V	F	I	Y	C	A	F	I	E	Y	Y	A	T	G	S	R	A	T	P	Y	N	I	F	S	S	G	L	L	K	H	P	D	S	T	L	L	K	E	E	F	F	L	F	L	L	R	I	G	D	E	E
Template Known Secondary structure																							T	T	S																					S															T	T																T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
		689	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	Q	R	T	F	N	K	L	I	P	Q	A	K	S	Q	P	P	S	M	E	S	A	M	V	L	R	D	G	A	K	F	E	A	Q	A	G	D	P	T	Q	A	L	E	T	Y	K	D	A	M	V	A
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	A	R	A	L	F	K	R	L	E	K	T	S	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	W	D	S	M	I	E	Y	E	F	M	V	G	S	M	E	L	F	R	E	L	V	D	Q	K	M	D	A
Template Known Secondary structure										S			B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.											.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.