Job Description P37650 Confidence 99.55% Date Wed Jan 25 15:20:52 GMT 2012 Rank 19 Aligned Residues 592 % Identity 12% Template c1xi4D_ PDB info PDB header:endocytosis/exocytosis Chain: D: PDB Molecule:clathrin heavy chain; PDBTitle: clathrin d6 coat Resolution 7.90 Å

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		35	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.				60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.
Query Sequence		V	R	L	G	E	A	T	H	R	E	D	L	V	Q	Q	S	L	Y	R	L	E	L	I	D	P	.	.	.	N	N	P	D	V	V	A	A	R	F	R	S	L	L	R	Q	G	D	I	D	G	A	Q	K	Q	L	D	R	L	S	Q	L	A	P	S	S	N	A	Y	K	S	S	R	T	T	M	L	L	S	T	P	D
Query Conservation																											.	.	.
Alig confidence																											.	.	.																	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	K	A	F	M	T	A	D	L	P	N	E	L	I	E	L	L	E	K	I	V	L	D	N	S	V	F	S	E	H	R	N	L	Q	N	L	L	I	L	T	A	I	K	A	.	D	R	T	R	V	M	E	Y	I	N	R	L	D	N	Y	D	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T					T	T	T		T	T	S									T	T		S	S	S	S																		.														S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		992	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.		.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	R	Q	A	L	Q	Q	A	R	L	Q	A	T	T	G	H	A	E	E	A	V	A	S	Y	N	K	L	F	N	G	A	P	P	E	G	D	I	A	V	E	Y	W	S	T	V	A	K	I	P	A	R	R	G	E	A	I	N	Q	L	K	R	I	N	A	D	A	P	G	N	T	G	L	Q	N	N	L	A	L	L	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	D	I	A	N	I	A	I	S	N	E	L	F	E	E	A	F	A	I	F	R	K	F	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	N	T	S	A	V	Q	V	L	I	E	H	I	G	N	L	D	R	A	Y	E	F	A	E	.	.	.	.	.	R	C	N	E	P	A	V	W	S	Q	L	A	K	A	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.										T												T	.	.	.	.	.	.	.	.	T												S													.	.	.	.	.	T		S		T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
							1054	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.									.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100						.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.
		192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	S	S	D	R	R	D	E	G	F	A	V	L	E	Q	M	A	K	S	N	A	G	R	E	G	A	S	K	I	W	Y	G	Q	I	K	D	M	P	V	S	D	A	S	V	S	A	L	K	K	Y	L	S	I	F	S	D	G	D	S	V	A	A	A	Q	S	Q	L	A	E	Q	Q	K	Q	L	A	D	P	A	F	R
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.
Template Sequence		L	Q	K	G	M	V	K	E	A	I	D	S	Y	I	K	A	.	.	.	.	.	D	D	P	S	S	Y	M	E	V	V	Q	A	A	N	T	S	G	N	W	E	E	L	V	K	Y	L	Q	M	A	R	K	K	A	R	E	S	Y	V	E	T	E	L	I	F	A	L	A	K	T	N	R	L	A	E	L	E	E	F	I
Template Known Secondary structure						S	T	T	T							T	S	.	.	.	.	.							T									T	T													T	T	T				T	T											S	S	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1116	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.						.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190
		272								.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	.	.	.	.	.	.	.	R	A	Q	G	L	A	A	V	D	S	G	M	A	G	K	A	I	P	E	L	Q	Q	A	V	R	A	N	P	K	D	S	E	A	L	G	A	L	G	Q	A	Y	S	Q	K	G	D	R	A	N	A	V	A	N	L	E	K	A	L	A	L	D	P	H	S	S	N	N	D	K	W	N	S
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	G	P	N	N	A	H	I	Q	Q	V	G	D	R	C	Y	D	E	K	M	Y	D	A	A	K	L	L	Y	N	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	S	N	F	G	R	L	A	S	T	L	V	H	L	G	E	Y	Q	A	A	V	D	G	A	R	K	A	N	S	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S				S													T											T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	T												T	T												T	T	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1191	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.									.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	L	K	V	N	R	Y	W	L	A	I	Q	Q	G	D	A	A	L	K	A	N	N	P	D	R	A	E	R	L	F	Q	Q	A	R	N	V	D	N	T	D	S	Y	A	V	L	G	L	G	D	V	A	M	A	R	K	D	Y	P	A	A	E	R	Y	Y	Q	Q	T	L	R	M	D	S	G	N	T	N	A	V	R	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	T	W	K	E	V	C	F	A	C	V	D	G	K	E	F	R	L	A	Q	M	C	G	L	H	I	.	.	.	.	V	V	H	A	D	E	L	E	E	L	I	N	Y	Y	Q	D	R	G	Y	F	E	E	L	I	T	M	L	E	A	A	L	G	L	E	R	A	H	M	G	M	F	T	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	T											T	T								T		S			.	.	.	.										S	S	S					T	T										T	T	T	T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.
Template SS confidence
										1252	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.					.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		425	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	N	I	Y	R	Q	Q	S	P	E	K	A	E	A	F	I	A	S	L	S	A	S	Q	R	R	S	I	D	D	I	E	R	S	L	Q	N	D	R	L	A	Q	Q	A	E	A	L	E	N	Q	G	K	W	A	Q	A	A	A	L	Q	R	Q	R	L	A	L	D	P	G	S	V	W	I	T	Y	R	L	S	Q	D
Query Conservation
Alig confidence																											.																																						.	.	.	.
Template Conservation																											.																																						.	.	.	.
Template Sequence		L	A	I	L	Y	S	K	F	K	P	Q	K	M	R	E	H	L	E	L	F	W	S	R	V	N	.	I	P	K	V	L	R	A	A	E	Q	A	H	L	W	A	E	L	V	F	L	Y	D	K	Y	E	E	Y	D	N	A	I	I	T	M	M	N	H	.	.	.	.	P	T	D	A	W	K	E	G	Q	F	K	D	I
Template Known Secondary structure											G	G	G					T	T	S	S	G	G	G	S		.	S											T												T	T												S	.	.	.	.							T	T
Template Predicted Secondary structure																											.																																						.	.	.	.
Template SS confidence
		1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.		.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.					.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.
		505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.											.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	W	Q	A	G	Q	R	S	Q	A	D	T	L	M	R	N	L	A	Q	Q	K	S	N	D	P	E	Q	V	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	L	Y	L	S	G	H	D	Q	D	R	A	A	L	A	H	I	N	S	L	P	R	A	Q	W	N	S	N	I	Q	E	L	V	N	R	L	Q	S	D
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	T	K	V	A	N	V	E	L	Y	Y	R	A	I	Q	F	Y	L	E	F	K	P	L	L	L	N	D	L	L	M	V	L	S	P	R	L	D	H	T	R	A	V	N	Y	F	S	K	V	K	Q	L	P	L	V	K	P	Y	L	R	S	V	Q	N	H	N	N	K	S	V	N	E	S	L	N	N	L	F	I	T	E
Template Known Secondary structure						S	S	T													T		S	T	T								T	S	S	S													T	S		T	T	T	S								G	G	G																T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1395	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.
		575	.	.	.	.	580	.	.			.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.							.	.	.	.	.	630	.	.	.			.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.																																											.	.	.	.	.	.										.	.
Query SS confidence										.	.																																											.	.	.	.	.	.										.	.
Query Sequence		Q	V	L	E	T	A	N	R	.	.	L	R	E	S	G	K	E	A	E	A	E	A	M	L	R	Q	Q	P	P	S	T	R	I	D	L	T	L	A	D	W	A	Q	Q	R	R	D	Y	T	A	A	R	A	.	.	.	.	.	.	A	Y	Q	N	V	L	T	R	E	.	.	P	A	N	A	D	A	I	L	G	L	T
Query Conservation										.	.																																											.	.	.	.	.	.										.	.
Alig confidence										.	.																																											.	.	.	.	.	.										.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	D	Y	Q	A	L	R	T	S	I	D	A	Y	D	N	F	D	N	I	S	L	A	Q	R	L	E	K	H	E	L	I	E	F	R	R	I	A	A	Y	L	F	K	G	N	N	R	W	K	Q	S	V	E	L	C	K	K	D	S	L	Y	K	D	A	M	Q	Y	A	S	E	S	K	D	T	E	L	A	E	E	L	L
Template Known Secondary structure		T															S											T		S	S												T	T	S	S												T														S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1475	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.
		645	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.										.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	V	D	I	A	A	G	D	K	A	A	A	R	S	Q	L	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	A	T	D	N	A	S	L	N	T	Q	R	R	V	A	L	A	Q	A	Q	L	G	D	T	A	A	A	Q	R	T	F	N	K	L	I	P	Q	A	K	S
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	W	F	L	Q	E	E	K	R	E	C	F	G	A	C	L	F	T	C	Y	D	L	L	R	P	D	V	V	L	E	T	A	W	R	H	N	I	M	D	F	A	M	P	Y	F	I	Q	V	M	K	E	Y	L	T	K	V	D	K	L	D	A	S	E	S	L	R	K	E
Template Known Secondary structure							T	T													S			S			S								T	S		T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1555	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.