Job Description P08394 Confidence 99.89% Date Thu Jan 5 11:01:26 GMT 2012 Rank 19 Aligned Residues 371 % Identity 25% Template c2xzlA_ PDB info PDB header:hydrolase/rna Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent helicase nam7; PDBTitle: upf1-rna complex Resolution 2.40 Å

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		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.								80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	G	E	R	L	I	E	A	S	A	G	T	G	K	T	F	T	I	A	A	L	Y	L	R	L	L	L	G	L	G	G	S	A	A	F	P	R	P	L	T	V	E	E	L	L	V	V	T	F	T	E	A	A	T	A	E	L	R	G	R	I	R	S	N	.	.	.	.	.	.	.	I	H	E	L	R	I	A	C	L
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	P	L	S	L	I	Q	G	P	P	G	T	G	K	T	V	T	S	A	T	I	V	Y	H	L	S	K	I	H	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	I	L	V	C	A	P	S	N	V	A	V	D	H	L	A	A	K	L	R	D	L	G	L	K	V	V	R	L	T	A	K	S	R	E	D	V	E
Template Known Secondary structure			S							S	T	T	S	S																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S														T	T									G	G	G	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.												.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	E	T	T	D	N	P	L	Y	E	R	L	L	E	E	I	D	D	K	A	Q	A	A	Q	W	L	L	L	A	E	R	Q	M	D	E	A	A	V	F	T	I	H	G	F	C	Q	R	M	L	N	L	N	A	F	E	S	G	M	L	F	E	Q	Q	L	I	E	D	E	S	L	L	R	Y	Q	A	C	A	D	F	W
Query Conservation
Alig confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	S	V	S	N	L	A	L	H	N	L	V	G	R	G	A	K	G	E	L	K	N	L	L	K	L	K	D	E	V	G	E	L	S	A	S	D	T	K	R	F	V	K	L	V	R	K	T	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	G	G	G	B							T	T			T													S																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	R	H	C	Y	P	L	P	R	E	I	A	Q	V	V	F	E	T	W	K	G	P	Q	A	L	L	R	D	I	N	R	Y	L	Q	G	E	A	P	V	I	K	A	P	P	P	D	D	E	T	L	A	S	R	H	A	Q	I	V	A	R	I	D	T	V	K	Q	Q	W	R	D	A	V	G	E	L	D	A	L	I	E
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	S	G	I	D	R	R	K	F	N	R	S	N	Q	A	K	W	I	D	K	I	S	A	W	A	E	E	E	T	N	S	Y	Q	L	P	E	S	L	E	K	F	S	Q	R	F	L	E	D	R	T	K	A	G	G	E	T	P	R	H	P	L	F	E	A	I	D	Q	L	L	A	E	P	L	S	I	R	D	L	V	I
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	R	A	L	A	E	I	R	E	T	V	A	R	E	K	R	R	R	G	E	L	G	F	D	D	M	L	S	R	L	D	S	A	L	R	S	E	S	G	E	V	L	A	A	A	I	R	T	R	F	P	V	A	M	I	D	E	F	Q	D	T	D	P	Q	Q	Y	R	I	F	R	R	I	W	H	H	Q	P	E	T	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.						.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.						.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	L	N	K	A	D	V	V	C	C	T	C	V	G	A	G	D	K	R	L	D	T	K	F	R	T	V	L	I	D	E	S	T	Q	A	S	E	P	E	C	.	L	I	P	I	V	.	.	.	K	G	A	K	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T		S						T	T	G	G	G		T	T			S			S					T	T	G	G	G	S						.					T	.	.	.	T	T	B	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.						.	.	.
Template SS confidence
																											542	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.		.	.	.	.	.				.	.	590	.	.
		409	410	.	.	.	.	.	.	.							.	.	420		.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.				.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.				.
Query Sequence		L	L	L	I	G	D	P	K	Q	.	.	.	.	.	.	A	I	Y	.	A	F	R	G	A	D	I	F	T	Y	M	K	A	R	S	E	V	H	A	H	Y	T	L	D	T	N	W	R	S	A	P	G	M	V	N	S	V	N	K	L	F	S	Q	T	D	D	A	F	M	F	R	E	I	P	F	I	P	V	K	S	A
Query Conservation											.	.	.	.	.	.				.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.				.																																												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	I	L	V	G	D	H	Q	Q	L	G	P	V	I	L	E	R	K	A	A	D	A	G	L	K	Q	S	L	F	E	R	L	I	S	L	G	H	V	P	I	R	L	E	V	Q	Y	R	M	N	P	Y	L	S	E	F	P	S	N	M	F	Y	E	.	.	.	.	.	.	.	G	S	L	Q	N	G	V	T	I	E	Q
Template Known Secondary structure								T	T	S													T	T	T	T										T	T											S	S													S	T	.	.	.	.	.	.	.	T					S	S		T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.								.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.				.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.
Query Sequence		G	K	N	Q	A	L	R	F	V	F	K	G	E	T	Q	P	A	M	K	M	W	L	M	E	G	E	S	C	G	V	G	D	.	.	.	Y	Q	S	T	M	A	Q	V	C	A	A	Q	I	R	D	W	L	Q	A	G	Q	R	G	E	A	L	L	M	N	G	D	D	A	R	P	V	R	A	S	D	I	S	V	L	V
Query Conservation																																		.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	T	V	P	N	S	K	F	P	W	P	I	R	G	I	P	M	M	F	W	A	N	Y	G	R	E	E	I	S	A	N	G	T	S	F	L	N	R	I	E	A	M	N	C	E	R	I	I	T	K	L	F	R	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	K	P	E	Q	I	G	V	I	T
Template Known Secondary structure		T			T	T						S	S	T	T																T	T	S	S	S																				T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		666	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720																.	.	.	.	.	.	.	.	.	730
		559	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	S	R	Q	E	A	A	Q	V	R	D	A	L	T	L	L	E	I	P	S	V	Y	L	S	N	R	D	S	V	F	E	T	L	E	A	Q	E	M	L	W	L	L	Q	A	V	M	T	P	E	R	E	N	T	L	R	S	A	L	A	T	S	M	M	G	L	N	A	L	D	I	E	T	L	N	N	D	E	H	A	W
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	Y	E	G	Q	R	A	Y	I	L	Q	Y	M	Q	M	N	G	S	L	D	K	D	L	Y	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S																	S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		731	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.
		639	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	V	V	V	E	E	F	D	G	Y	R	Q	I	W	R	K	R	G	V	M	P	M	L	R	A	L	M	S	A	R	N	I	A	E	N	L	L	A	T	A	G	G	E	R	R	L	T	D	I	L	H	I	S	E	L	L	Q	E	A	G	T	Q	L	E	S	E	H	A	L	V	R	W	L	S	Q	H	I	L	E	P
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		719	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	S	N	A	S	S	Q	Q	M	R	L	E	S	D	K	H	L	V	Q	I	V	T	I	H	K	S	K	G	L	E	Y	P	L	V	W	L	P	F	I	T	N	F	R	V	Q	E	Q	A	F	Y	H	D	R	H	S	F	E	A	V	L	D	L	N	A	A	P	E	S	V	D	L	A	E	A	E	R	L	A	E	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	E	V	A	S	V	D	A	F	Q	G	R	E	K	D	Y	I	I	L	S	C	V	R	A	N	E	Q	Q	A	I	G	F	L	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S									T	T															T	T				G	G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		756	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.
		799	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	R	L	L	Y	V	A	L	T	R	S	V	W	H	C	S	L	G	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		P	R	R	L	N	V	G	L	T	R	A	K	Y	G	L	V	I	L	G
Template Known Secondary structure										S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		792	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810