Job Description P08394 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:01:26 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 830 % Identity 13% Template c1w36F_ PDB info PDB header:recombination Chain: F: PDB Molecule:exodeoxyribonuclease v gamma chain; PDBTitle: recbcd:dna complex Resolution 3.1 Å

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		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.		.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.
Query SS confidence																																.
Query Sequence		T	G	K	T	F	T	I	A	A	L	Y	L	R	L	L	L	G	L	G	G	S	A	A	F	P	R	P	L	T	V	.	E	E	L	L	V	V	T	F	T	E	A	A	T	A	E	L	R	G	R	I	R	S	N	I	H	E	L	R	I	A	C	L	R	E	T	T	D	N	P	L	Y	E	R	L	L	E	E	I	D
Query Conservation																																.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.							.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	N	R	L	D	V	L	E	A	L	M	E	F	I	V	E	R	.	.	.	.	.	.	.	E	R	L	D	D	P	F	E	P	E	M	I	L	V	Q	S	T	G	M	A	Q	W	L	Q	M	T	L	S	Q	K	F	G	I	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S															S	.	.	.	.	.	.	.	S					S	S				B				S	S														T	T	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.								.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	K	A	Q	A	A	Q	W	L	L	L	A	E	R	Q	M	D	E	A	A	V	F	T	I	H	G	F	C	Q	R	M	L	N	L	N	A	F	E	S	G	M	L	F	E	Q	Q	L	I	E	D	E	S	L	L	R	Y	Q	A	C	A	D	F	W	R	R	H	C	Y	P	L	P	R	E	I	A	Q	V	V	F	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.											.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.											.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	I	D	F	P	L	P	A	S	F	I	W	D	M	F	V	R	V	.	.	.	L	P	E	I	P	K	E	S	A	F	.	N	K	Q	S	M	S	W	K	L	M	T	L	L	P	Q	L	L	E	R	E	D	F	T	L	L	R	H	Y	L	T	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B																.	.	.	S	S	S			S	S		T	T	.																		S	S	S	T	T							S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.											.
Template SS confidence
																			59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.				.	.	.	80	.	.	.	.	.	.		.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.
		186	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	W	K	G	P	Q	A	L	L	R	D	I	N	R	Y	L	Q	G	E	A	P	V	I	K	A	P	P	P	D	D	E	T	L	A	S	R	H	A	Q	I	V	A	R	I	D	T	V	K	Q	Q	W	R	D	A	V	G	E	L	D	A	L	I	E	S	S	G	I	D	R	R	K	F	N	R	S	N	Q	A	K	W
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.
Template Sequence		D	S	D	K	R	K	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	S	S	K	A	A	D	L	F	D	Q	Y	L	V	Y	R	P	D	W	L	A	Q	W	E	T	G	H	L	V	E	G	L	G	E	A	Q	A	W	Q	A	.
Template Known Secondary structure		S		S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T	S	S								T	T	T				T	T			T	T						.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.
Template SS confidence
		118	.	120	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	D	K	I	S	A	W	A	E	E	E	T	N	S	Y	Q	L	P	E	S	L	E	K	F	S	Q	R	F	L	E	D	R	T	K	A	G	G	E	T	P	R	H	P	L	F	E	A	I	D	Q	L	L	A	E	P	L	S	I	R	D	L	V	I	T	R	A	L	A	E	I	R	E	T	V	A	R	E	K	R	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	W	K	A	L	V	E	Y	T	H	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																						167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
		346	.			.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.								.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.																																																																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.																																																																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	G	.	.	E	L	G	F	D	D	M	L	S	R	L	D	S	A	L	R	S	E	S	G	E	V	L	A	A	A	I	R	T	R	F	P	V	A	M	I	D	E	F	Q	D	T	D	P	Q	Q	Y	R	I	F	R	R	I	W	H	H	Q	P	E	T	A	L	L	L	.	.	.	.	.	.	.	I	G	D	P	K
Query Conservation				.	.																																																																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.																					.	.	.	.	.																															.									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.																															.
Template Sequence		L	G	Q	P	R	W	H	R	A	N	L	Y	Q	R	F	I	E	T	L	E	S	A	T	T	.	.	.	.	.	C	P	P	G	L	P	S	R	V	F	I	C	G	I	S	A	L	P	P	V	Y	L	Q	A	L	Q	A	L	G	K	.	H	I	E	I	H	L	L	F	T	N	P	C	R	Y	Y	W	G	D	V	G
Template Known Secondary structure		T	T						S													S		T	T	.	.	.	.	.				S			S						S																T	T	.	T	S									S		S	S						S
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.																															.
Template SS confidence
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.						.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.		.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
		417	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.			.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.
Query SS confidence																								.	.
Query Sequence		Q	A	I	Y	A	F	R	G	A	D	I	F	T	Y	M	K	A	R	S	E	V	H	.	.	A	H	Y	T	L	D	T	N	W	R	S	A	P	G	M	V	N	S	V	N	K	L	F	S	Q	T	D	D	A	F	M	F	R	E	I	P	F	I	P	V	K	S	A	G	K	N	Q	A	L	R	F	V	F	K	G	E
Query Conservation																								.	.
Alig confidence																								.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	P	L	L	A	S	W	G	K	L	G	R	D	Y	I	Y	L	L	S	D	L	E	S	S	Q	E	L	D	A	F	V	D	V	T	P	D	N	L	L	H	N	I	Q	S	D	I	L	E	L	.	.	.	.	.	.	.	E	N	R	A	V	A	G	V	N	I	E	E	F	S	R	S	D	N	K	R	P	L	D	P
Template Known Secondary structure									T											T	T		S	S												S		S												T	.	.	.	.	.	.	.									S								T	T	S					T
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.								.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		495	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560		.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.
Predicted Secondary structure																																																																				.												.	.
Query SS confidence																																																																				.												.	.
Query Sequence		T	Q	P	A	M	K	M	W	L	M	E	G	E	S	C	G	V	G	D	Y	Q	S	T	M	A	Q	V	C	A	A	Q	I	R	D	W	L	Q	A	G	Q	R	G	E	A	L	L	M	N	G	D	D	A	R	P	V	R	A	S	D	I	S	V	L	V	R	S	.	R	Q	E	A	A	Q	V	R	D	A	L	.	.
Query Conservation																																																																				.												.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.												.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	D	S	S	I	T	F	H	V	C	H	.	.	.	.	.	.	.	.	S	P	Q	R	E	V	E	V	L	H	D	R	L	L	A	M	L	E	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	T	L	T	P	R	D	I	I	V	M	V	A	D	I	D	S	Y	S	P	F	I	Q	A	V	F	G	S
Template Known Secondary structure		T			S	S						S	.	.	.	.	.	.	.	.	S																			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T			G	G	G						T	T												T	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380									.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400														.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
				572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620					.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																																																		.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																																																		.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	T	L	L	E	I	P	S	V	Y	L	S	N	R	D	S	V	F	E	T	L	E	A	Q	E	M	L	W	L	L	Q	A	V	M	T	P	E	R	E	N	T	L	R	S	A	L	A	T	S	M	.	.	.	.	M	G	L	N	A	L	D	I	E	T	L	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.																																																		.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.								.																																										.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.
Template Sequence		A	P	A	D	R	Y	L	P	Y	.	A	I	S	D	R	R	A	R	Q	S	H	P	V	L	E	A	F	I	S	L	L	S	L	P	D	S	R	F	V	S	E	D	V	L	A	L	L	D	V	P	V	L	A	A	R	F	D	I	T	E	E	G	L	R	Y	L	R	Q	W	V	N	E	S	G	I	R	W	G	I	D
Template Known Secondary structure			S	S	T	T					.				S			T	T	T	T											T	T	G	G	G												T	T	S							T	T																	T			S		S
Template Predicted Secondary structure											.
Template SS confidence
		429	430	.	.	.	.	.	.	.		.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
																																																						634	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	H	A	W	D	V	V	V	E	E	F	D	G	Y	R	Q	I	W	R	K	R	G	V	M	P	M	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	D	N	V	R	E	L	E	L	P	A	T	G	Q	H	T	W	R	F	G	L	T	R	M	L	L	G	Y	A	M	E	S	A	Q	G	E	W	Q	S	V	L	P	Y	D	E	S	S	G	L	I	A	E	L	V	G	H	L	A	S	L	L	M	Q	L	N	I	W	R	R	G	L	A	Q	E	R	P	L	E	E	W
Template Known Secondary structure								T	T					S	S	S	S													S	S		S	T	T			S	S	S					T	T	S		S	S	T																					S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		508	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
		662	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.					.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.
Query Sequence		R	A	L	M	S	A	R	N	I	A	E	N	L	L	A	T	A	G	G	E	R	R	L	T	D	I	L	H	I	S	E	L	L	Q	E	A	G	T	Q	L	E	.	.	.	.	S	E	H	A	L	V	R	W	L	S	Q	H	I	L	E	P	D	S	N	A	S	S	Q	Q	M	R	L	E	S	D	K	H	L	V	Q
Query Conservation																																											.	.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	P	V	C	R	D	M	L	N	A	F	F	L	P	D	A	E	T	E	A	A	M	T	L	I	E	Q	Q	W	Q	A	I	I	A	E	G	L	G	A	Q	Y	G	D	A	V	P	L	S	L	L	R	D	E	L	A	Q	R	L	D	Q	E	R	I	S	Q	R	F	L	A	.	.	.	.	.	.	.	G	P	V	N
Template Known Secondary structure		T	T														S																							T	T			S																						T	T	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		588	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.								.	.	.	660
		738	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	V	T	I	H	K	S	K	G	L	E	Y	P	L	V	W	L	P	F	I	T	N	F	R	V	Q	E	Q	A	F	Y	H	D	R	H	S	F	E	A	V	L	D	L	N	A	A	P	E	S	V	D	L	A	E	A	E	R	L	A	E	D	L	R	L	L	Y	V	A	L	T	R	S	V	W	H	C	S	L	G	V
Query Conservation
Alig confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	C	T	L	M	P	M	R	S	I	P	F	K	V	V	C	L	L	G	M	N	D	G	V	Y	P	R	Q	L	A	P	L	G	F	D	L	M	S	Q	K	P	K	R	G	D	R	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	R	D	D	D	R	Y	L	F	L	E	A	L	I	S	A	Q	Q	K	L	Y	I	S	Y
Template Known Secondary structure							T	T														B	T	T	T	S	S							S	S						S			T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		661	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.										.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.
		818	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.															.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	P	L	V	R	R	R	G	D	K	K	G	D	T	D	V	H	Q	S	A	L	G	R	L	L	Q	K	G	E	P	Q	D	A	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	T	C	I	E	A	L	C	D	D	D	I	A	W	Q	T	A	Q	T	G	D	N	Q	P	W	Q	V	N	D	V
Query Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	G	R	S	I	Q	D	N	S	E	R	F	P	S	V	L	V	Q	E	L	I	D	Y	I	G	Q	S	H	Y	L	P	G	D	E	A	L	N	C	D	E	S	E	A	R	V	K	A	H	L	T	C	L	H	T	R	M	P	F	D	P	Q	N	Y	Q	P	G	E	R	Q	S	Y	A	R	E	W	L	P	A	A	S
Template Known Secondary structure				B		S	S	S			B			B													T	T				S	S		S	S	S																			S	S	T	T	S	G	G	G	S	S	S	S	T	T			S		G	G	G					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		732	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.
		884	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	T	A	E	L	N	A	K	T	L	Q	R	L	P	G	D	N	W	R	V	T	S	Y	S	G	L	Q	Q	R	G	H	G	I	A	Q	D	L	M	P	R	L	D	V	D	A	A	G	V	A	S	V	V	E	E	P	T	L	T	P	H	Q	F	P	R	G	A	S	P	G	T	F	L	H	S	L	F	E	D	L	D
Query Conservation
Alig confidence																																														.	.																																		.
Template Conservation																																														.	.																																		.
Template Sequence		Q	A	G	K	A	H	S	E	F	V	Q	P	L	P	F	T	L	P	E	T	V	P	L	E	T	L	Q	R	F	W	A	H	P	V	R	A	F	F	Q	M	R	L	Q	V	.	.	N	F	R	T	E	D	S	E	I	P	D	T	E	P	F	I	L	E	G	L	S	R	Y	Q	I	N	Q	Q	L	L	N	A	L	.
Template Known Secondary structure		T								S										S											S	S	S									T	S			.	.					S						S	S			S																			.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.																																		.
Template SS confidence
		812	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.			.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.
		964	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.						.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.
Query Sequence		F	T	Q	P	V	D	P	N	W	V	R	E	K	L	E	L	G	G	F	E	.	.	.	.	.	S	Q	W	E	P	V	L	T	E	W	I	T	A	V	L	Q	A	P	L	N	E	T	G	V	S	L	S	Q	L	S	A	R	N	K	Q	V	E	M	E	F	Y	L	P	I	S	E	P	L	I	A	S	Q	L	D	T
Query Conservation																						.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	E	Q	D	D	A	E	R	L	F	R	R	F	R	A	A	G	D	L	P	Y	G	A	F	G	E	I	F	W	E	T	Q	C	Q	E	M	Q	Q	L	A	D	R	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	C	R	Q	P	G	Q	S	M	E	I	D	L	A	C	N	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T														T		S		S																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T														T	T		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		889	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.											.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950
		1039	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	R	Q	F	D	P	L	S	A	G	C	P	P	L	E	F	M	Q	V	R	G	M	L	K	G	F	I	D	L	V	F	R	H	E	G	R	Y	Y	L	L	D	Y	K	S	N	W	L	G	E	D	S	S	A	Y	T	Q	Q	A	M	A	A	A	M	Q	A	H	R	Y	D	L	Q	Y	Q	L	Y	T	L	A	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	I	T	G	W	L	P	Q	V	Q	P	D	G	.	.	.	.	L	L	R	W	R	P	S	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	V	A	Q	G	M	Q	L	W	L	E	H	L	V	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S	S		.	.	.	.						S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																								951	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.					.	.	.	.	.	.	970	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.
		1119
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		C
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		988