Job Description P00962 Confidence 99.50% Date Thu Jan 5 10:57:24 GMT 2012 Rank 29 Aligned Residues 268 % Identity 19% Template d1ivsa4 SCOP info Adenine nucleotide alpha hydrolase-like Nucleotidylyl transferase Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain Resolution 2.90

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		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.		.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.						.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.
Predicted Secondary structure															.																									.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.																									.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	G	K	H	T	T	V	H	T	R	F	P	.	P	E	P	N	G	Y	L	H	I	G	H	A	K	S	I	C	L	N	F	G	I	A	Q	D	.	.	.	.	.	Y	K	G	Q	C	N	L	R	F	D	D	T	N	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.																									.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.																									.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	K	S	G	K	P	P	F	V	I	F	M	P	P	P	N	V	T	G	S	L	H	M	G	H	A	L	D	N	S	L	Q	D	A	L	I	R	Y	K	R	M	R	G	F	E	A	V	W	L	P	G	T	D	H	A	G	I	A	T	Q	V	V	V	E	R	L	L	L	K	E	G	K	T	R	H	D	L	G	R	E
Template Known Secondary structure		T	T			S											B	S	S	S																						T	T	T	S									B			T													T	T	T			G	G	G	S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		29	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
									73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.				.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	K	E	D	I	E	Y	V	E	S	I	K	N	D	V	E	W	L	G	F	H	W	S	.	.	.	G	N	V	R	Y	S	S	D	Y	F	D	Q	L	H	A	Y	A	I	E	L	I	N	K	G	L	A	Y	V	D	E	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	F	L	E	R	V	W	Q	W	K	E	E	S	G	G	T	I	L	K	Q	L	K	R	L	G	A	S	A	D	W	S	R	E	A	F	T	M	D	E	K	R	S	R	A	V	R	Y	A	F	S	R	Y	Y	H	E	G	L	A	Y	R	A	P	R	L	V	N	W	C	P	R	C	E	T	T	L	S	D	L	E	V
Template Known Secondary structure																									T	T					G	G	G				T	T	S																T	T	S	S												T	T	T	T					G	G	G	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		109	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
																											127	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	Q	I	R	E	Y	R	G	T	L	T	Q	P	G	K	N	S	P	Y	R	D	R	S	V	E	E	N	L	A	L	F	E	K	M	R	A	G	G	F	E	E	G	K	A	C	L	R	A	K	I	D	M	A	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	T	C	S	R	C	G	T	P	I	E	Y	A	I	F	P	Q	W	W	L	R	M	R	P	L	A	E	E	V	L	K	G	L	R	R	G	D	I	A	F	V	P	E	R	W	K	K	.	.	.	.	.	V	N	M	D	W	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				B	T	T	T		S																												T					S	S	S	T				.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.						.	.	.	.	240	.	.
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	F	I	V	M	R	D	P	V	L	Y	R	I	K	F	A	E	H	H	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	N	K	W	C	I	Y	P	M	Y	D	F	T
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	N	V	K	D	W	N	I	S	R	Q	L	W	W	G	H	Q	I	P	A	W	Y	C	E	D	C	Q	A	V	N	V	P	R	P	E	R	Y	L	E	D	P	T	S	C	E	A	C	G	S	P	R	L	K	R	D	E	D	V	F	D	T	W	F	S	S	A	L	W	P	L	S	T	L	G	W	P	E	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	T											S	S	S									T	T	T								G	G	G	T	T					S		T	T	T			S																T	S		T	T	T	T	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.		.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.			.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure																					.																					.	.
Query SS confidence																					.																					.	.
Query Sequence		H	C	I	S	D	A	L	E	G	I	T	H	S	L	C	T	L	E	F	.	Q	D	N	R	R	L	Y	D	W	V	L	D	N	I	T	I	P	V	H	P	.	.	R	Q	Y	E	F	S	R	L	N	L	E	Y	T	V	M	S	K	R	K	L	N	L	L	V	T	D	K	H	V	E	G	W	D	D	P	R	M	P
Query Conservation																					.																					.	.
Alig confidence																					.																					.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	E	D	L	K	A	F	Y	P	G	D	V	L	V	T	G	Y	D	I	L	F	L	W	V	S	R	M	E	V	S	G	Y	H	F	M	G	E	R	P	F	K	T	V	L	L	H	G	L	V	L	D	E	K	G	Q	K	M	S	K	S	K	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	I
Template Known Secondary structure			S					S		S	B	S						G	G	G	T	T	T	T												S	S	S		S	B	S											T	T	S	S	B		B	T	T	T	T	B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.																.	.
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	I	S	G	L	R	R	R	G	Y	T	A	A	S	I	R	E	F	C	K	R	I	G	V	T	K	Q	D	N	T	I	E	M	A	S	L	E	S	C	I	R
Query Conservation
Alig confidence										.
Template Conservation										.
Template Sequence		D	P	L	E	M	V	E	R	.	Y	G	A	D	A	L	R	F	A	L	I	Y	L	A	T	G	G	Q	D	I	R	L	D	L	R	W	L	E	M	A	R	N
Template Known Secondary structure										.																T	T
Template Predicted Secondary structure										.
Template SS confidence
		538	.	540	.	.	.	.	.		.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions