Job Description P00962 Confidence 99.08% Date Thu Jan 5 10:57:24 GMT 2012 Rank 38 Aligned Residues 250 % Identity 16% Template c2zufA_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:arginyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of pyrococcus horikoshii arginyl-trna2 synthetase complexed with trna(arg) Resolution 2.30 Å

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		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.		.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.						.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.																								.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.																								.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	G	K	H	T	T	V	H	T	R	F	P	.	P	E	P	N	G	Y	L	H	I	G	H	A	K	S	I	C	L	N	F	G	I	A	Q	.	.	.	.	.	D	Y	K	G	Q	C	N	L	R	F	D	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.																								.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.																								.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	I	G	K	G	K	K	V	I	V	E	H	T	S	V	N	P	T	K	P	L	H	M	G	H	A	R	N	A	I	L	G	D	V	M	A	R	I	L	R	F	L	G	Y	E	V	E	V	Q	N	Y	I	D	D	L	G	I	Q	F	A	Q	V	Y	W	G	Y	L	R	L	K	E	E	F	E	R	I	M	N	E	L
Template Known Secondary structure			T	T	T	T												T	T	S			B																				T	T											T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
																													70	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	K	E	D	I	E	Y	V	E	S	I	K	N	D	V	E	W	L	G	F	H	W	S	G	N	V	R	Y	S	S	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation																																																																										.
Template Sequence		R	E	R	G	L	K	D	N	P	I	D	H	A	L	G	L	L	Y	V	E	V	N	R	R	L	E	D	N	P	E	L	E	N	E	I	R	D	I	M	K	K	L	E	S	G	E	L	Y	G	R	K	L	A	E	E	V	V	R	A	Q	M	V	T	T	Y	K	L	G	V	K	Y	D	.	L	L	V	W	E	S	D
Template Known Secondary structure			T	T	T	S		S		T																				T	T															S	S	S																				T	T				S	.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.
Template SS confidence
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.		.	.	.	.	270	.	.
				103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
Predicted Secondary structure		.	.
Query SS confidence		.	.
Query Sequence		.	.	Y	F	D	Q	L	H	A	Y	A	I	E	L	I	N	K	G	L	A	Y	V	D	E	L	T	P	E	Q	I	R	E	Y	R	G	T	L	T	Q	P	G	K	N	S	P	Y	R	D	R	S	V	E	E	N	L	A	L	F	E	K	M	R	A	G	G	F	E	E	G	K	A	C	L	R	A	K	I	D	M	A
Query Conservation		.	.
Alig confidence		.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	V	R	R	K	L	F	E	I	A	L	E	L	L	S	K	N	E	N	F	Y	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	D	G	K	Y	R	G	A	F	V	M	D	L	R	K	L
Template Known Secondary structure					T	T											T	S	T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S	T	T	T	T							T	T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
		181	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.											.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.											.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.			230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Query Sequence		S	P	F	I	V	M	R	D	P	V	L	Y	R	I	K	F	A	E	H	H	Q	T	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	W	C	I	Y	P	M	Y	D	F	T	H	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	S	D	A	L	E	G	I	T	H	S	L	.	.	C	T	L	E	F	Q	D	N	R
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	P	D	M	K	N	P	I	L	V	L	R	R	S	D	G	T	A	T	Y	T	G	K	D	I	A	Y	H	L	W	K	F	G	K	I	D	V	D	L	L	Y	K	E	W	D	S	T	T	W	T	T	A	P	D	G	K	S	M	P	N	K	F	G	N	A	N	I	V	I	N	V	I	G	A	E	Q	K	H	P	Q
Template Known Secondary structure			S	S	S	S									T	T	S		B														T	T		S									S	S	S	S												T	T	S	S				S								G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.				250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.			.	.	.	.	.	.	.	300	.
Predicted Secondary structure													.	.	.																																												.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.																																												.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	L	Y	D	W	V	L	D	N	I	T	.	.	.	I	P	V	H	P	R	Q	Y	E	F	S	R	L	N	L	E	Y	T	V	M	S	K	R	K	L	N	L	L	V	T	D	K	H	V	E	G	W	D	D	P	R	M	P	.	.	T	I	S	G	L	R	R	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation													.	.	.																																												.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	I	K	Y	A	L	Q	L	L	G	F	E	D	A	A	A	N	L	Y	H	L	A	Y	E	H	V	E	R	P	E	G	K	F	S	G	R	K	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	V	G	F	T	V	D	E	V	I	Q	E	A	V	K	R	A	R	E	L	I	E	E	K	N
Template Known Secondary structure											T	T							T											B	T	T	B				T	T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T		B
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.																.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
																302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	T	A	A	S	I	R	E	F	C	K	R	I	G	V	T	K	Q	D	N	T	I	E	M	A	S	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation																													.
Template Sequence		P	A	L	S	D	E	E	K	A	E	V	A	E	K	V	G	I	G	A	I	R	Y	N	L	I	K	Y	.	S	P	D	K	K	I	I	F	R	W	E	D	V
Template Known Secondary structure		T	T	S																							S	S	.		T	T	S						T
Template Predicted Secondary structure																													.
Template SS confidence
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.		.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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