Job Description P00962 Confidence 99.13% Date Thu Jan 5 10:57:24 GMT 2012 Rank 37 Aligned Residues 234 % Identity 18% Template c1f7uA_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:arginyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of the arginyl-trna synthetase complexed with the2 trna(arg) and l-arg Resolution 2.20 Å

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		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.		.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.			.	.	.	60	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.																								.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.																								.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	G	K	H	T	T	V	H	T	R	F	P	.	P	E	P	N	G	Y	L	H	I	G	H	A	K	S	I	C	L	N	F	G	I	A	Q	.	.	D	Y	K	G	Q	C	N	L	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.																								.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.																								.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	L	V	E	N	K	K	V	I	I	E	F	S	S	P	N	I	A	K	P	F	H	A	G	H	L	R	S	T	I	I	G	G	F	L	A	N	L	Y	E	K	L	G	W	E	V	I	R	M	N	Y	L	G	D	W	G	K	Q	F	G	L	L	A	V	G	F	E	R	Y	G	N	E	E	A	L	V	K	D	P	I
Template Known Secondary structure				S	S												B	T	T	S			B	G	G	G																	T	T										B			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		138	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
																																								67	.	.	70	.							.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	T	N	P	.	.	.	.	.	.	V	K	E	D	I	E	Y	V	E	S	I	K	N	D	V	E	W	L	G	F	H	W	S	G	N	V	R	Y	S	S	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation																																																																										.
Template Sequence		H	H	L	F	D	V	Y	V	R	I	N	K	D	I	E	E	E	G	D	S	I	P	L	E	Q	S	T	N	G	K	A	R	E	Y	F	K	R	M	E	D	G	D	E	E	A	L	K	I	W	K	R	F	R	E	F	S	I	E	K	Y	I	D	T	Y	A	R	L	N	I	K	Y	D	.	V	Y	S	G	E	S	Q
Template Known Secondary structure																		S	T	T	S	S						S	S													T																										T	T				S	.					G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																										.
Template SS confidence
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.		290	.	.	.	.	.	.
			103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	Y	F	D	Q	L	H	A	Y	A	I	E	L	I	N	K	G	L	A	Y	V	D	E	L	T	P	E	Q	I	R	E	Y	R	G	T	L	T	Q	P	G	K	N	S	P	Y	R	D	R	S	V	E	E	N	L	A	L	F	E	K	M	R	A	G	G	F	E	E	G	K	A	C	L	R	A	K	I	D	M	A	S
Query Conservation		.
Alig confidence		.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Template Sequence		V	S	K	E	S	M	L	K	A	I	D	L	F	K	E	K	G	L	T	H	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	G	A	V	L	I	.	.	.	.	D	L	T	K
Template Known Secondary structure																	T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T					.	.	.	.		G	G	G
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	320	.	.	.	.					.	.	.	.
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.		.	.	.	.	.	.	230			.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.			.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.								.	.																							.	.
Query SS confidence																																												.								.	.																							.	.
Query Sequence		P	F	I	V	M	R	D	P	V	L	Y	R	I	K	F	A	E	H	H	Q	T	G	N	K	W	C	I	Y	P	M	Y	D	F	T	H	C	I	S	D	A	L	E	.	G	I	T	H	S	L	C	.	.	T	L	E	F	Q	D	N	R	R	L	Y	D	W	V	L	D	N	I	T	I	P	V	.	.	H	P	R	Q
Query Conservation																																												.								.	.																							.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.								.	.																							.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	N	K	K	L	G	K	A	I	V	Q	K	S	D	G	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Y	L	T	R	D	V	G	A	A	M	D	R	Y	E	K	Y	H	F	D	K	M	I	Y	V	I	A	S	Q	Q	D	L	H	A	A	Q	F	F	E	I	L	K	Q	M	G	F	E	W	A	K	D	L	Q	H
Template Known Secondary structure		T		T	T	T								T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.																				S								G	G	G														T	T		G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.										.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		257	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.																												.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	E	F	S	R	L	N	L	E	Y	T	V	M	S	K	R	K	L	N	L	L	V	T	D	K	H	V	E	G	W	D	D	P	R	M	P	T	I	S	G	L	R	R	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	T	A	A	S	I	R	E
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template Conservation									.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.
Template Sequence		V	N	F	G	M	V	Q	.	.	.	.	G	M	S	T	R	K	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	F	L	D	N	I	L	E	E	T	K	E	K	M	H	E	V	M	K	K	N	E	N	K	Y	A	Q	I	E	H	P	E	E	V	A	D	L	V	G	I	S	A	V	M	.
Template Known Secondary structure									.	.	.	.	S			G	G	G	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B																		T						T	T		S																.
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.
Template SS confidence
		400	.	.	.	.	.	.					.	.	.	410	.	.	.	.																.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	C	K	R	I	G	V	T	K	Q	D	N	T	I	E	M	A	S	L	E	S	C	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	Q	D	M	Q	G	K	R	I	N	N	Y	E	F	K	W	E	R	M	L	S	F	E
Template Known Secondary structure						S	S		T	T														S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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