Job Description P33235 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:51:35 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 343 % Identity 19% Template c3a69A_ PDB info PDB header:motor protein Chain: A: PDB Molecule:flagellar hook protein flge; PDBTitle: atomic model of the bacterial flagellar hook based on2 docking an x-ray derived structure and terminal two alpha-3 helices into an 7.1 angstrom resolution cryoem map Resolution 7.10 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.					.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.
Query Sequence		L	I	N	N	A	M	S	G	L	N	A	A	Q	A	A	L	N	T	A	S	N	N	I	S	S	.	.	.	.	Y	N	V	A	G	Y	T	R	Q	T	T	I	M	A	Q	A	N	S	T	L	G	A	G	G	W	V	G	N	G	V	Y	V	S	G	V	Q	R	E	Y	D	A	F	I	T	N	Q	L	R	A	A	Q
Query Conservation																											.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	F	S	Q	A	V	S	G	L	N	A	A	A	T	N	L	D	V	I	G	N	N	I	A	G	L	D	V	A	I	S	Q	N	G	F	F	R	L	V	D	S	N	G	S	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																																S	S	S								T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	Q	S	S	G	L	T	A	R	Y	E	Q	M	S	K	I	D	N	M	L	S	T	S	T	S	S	L	A	T	Q	M	Q	D	F	F	T	S	L	Q	T	L	V	S	N	A	E	D	P	A	A	R	Q	A	L	I	G	K	S	E	G	L	V	N	Q	F	K	T	T	D	Q	Y	L	R	D	Q	D	K	Q	V	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Y	S	R	N	G	Q	F	K	L	D	E	N	R	N	L	V	N	M	Q	G	M	Q	L	T	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S								T	T	S					T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
													92	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	I	G	A	S	V	D	Q	I	N	N	Y	A	K	Q	I	A	S	L	N	D	Q	I	S	R	L	T	G	V	G	A	G	A	S	P	N	N	L	L	D	Q	R	D	Q	L	V	S	E	L	N	Q	I	V	G	V	E	V	S	V	Q	D	G	G	T	Y	N	I	T	M	A	N	G	Y	S	L	V	Q	G	S
Query Conservation
Alig confidence																															.	.
Template Conservation																															.	.
Template Sequence		A	T	G	T	P	P	T	I	Q	Q	G	A	N	P	A	P	I	T	I	P	N	T	L	M	A	A	K	S	T	.	.	T	T	A	S	M	Q	I	N	L	N	S	T	D	P	V	P	S	K	T	P	F	S	V	S	D	A	D	S	Y	N	K	K	G	T	V	T	V	Y	D	S	Q	G	N	A	H	D	M	N	V
Template Known Secondary structure			B	T	T	T	T	B			T	T																B			.	.											T	T					S	S		S			T	T		T	T	S		S										T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.
Template SS confidence
		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.			.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	A	R	Q	L	A	A	V	P	S	S	A	D	P	S	R	T	T	V	A	Y	V	D	G	T	A	G	N	I	E	I	P	E	K	L	L	N	T	G	S	L	G	G	I	L	T	F	R	S	Q	D	L	D	Q	T	R	N	T	L	G	Q	L	A	L	A	F	A	E	A	F	N	T	Q	H	K	A	G	F	D	A
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	F	V	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		198	.	200	.
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	G	D	A	G	E	D	F	F	A	I	G	K	P	A	V	L	Q	N	T	K	N	K	G	D	V	A	I	G	A	T	V	T	D	A	S	A	V	L	A	T	D	Y	K	I	S	F	D	N	N	Q	W	Q	V	T	R	L	A	S	N	T	T	F	T	V	T	P	D	A	N	G	K	V	A	F	D	G	L	E	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	K	D	N	E	W	A	V	Y	T	H	D	S	S	D	P	A	A	T	A	P	T	T	A	S	T	T	L	K	F	N	E	N	G	I	L	E	S	G	G	T	V	N	I	T	T	G	T	I	N	G	A	T	A	A	T	F	S	L	S	F	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T									T	T		T	T						S		S							T	T	S	B														B	T	T	B										T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																				202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	F	T	G	T	P	A	V	N	D	S	F	T	L	K	P	V	S	D	A	I	V	N	M	D	V	L	I	T	D	E	A	K	I	A	M	A	S	E	E	D	A	G	D	S	D	N	R	N	G	Q	A	L	L	D	L	Q	S	N	S	K	T	V	G	G	A	K	S	F	N	D	A	Y	A	S	L	V	S	D	I
Query Conservation
Alig confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	S	M	Q	Q	N	T	G	A	N	N	I	V	A	T	N	Q	N	G	Y	K	P	G	D	L	V	S	Y	Q	I	N	N	D	G	T	V	V	G	N	Y	S	N	E	Q	E	Q	V	L	G	Q	I	V	L	A	N	F	A	N	N	E	G	L	A	S	Q	G	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	W	A
Template Known Secondary structure		T					S	S											S		B												T	T								T	T	S														S		G	G	G	S				S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.										.	.	.
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	K	T	A	T	L	K	T	S	S	A	T	Q	G	N	V	V	T	Q	L	S	N	Q	Q	Q	S	I	S	G	V	N	L	D	E	E	Y	G	N	L	Q	R	F	Q	Q	Y	Y	L	A	N	A	Q	V	L	Q	T	A	N	A	I	F	D	A	L	I	N	I	R
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	T	Q	A	S	G	V	A	L	L	G	T	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	N	F	G	K	L	T	N	L	S	K	E	L	V	N	M	I	V	A	Q	R	N	Y	Q	S	N	A	Q	T	I	K	T	Q	D	Q	I	L	N	T	L	V	N	L	R
Template Known Secondary structure				T	T	T								T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	T	T	B																																								T
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.										.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.