Job Description P0A9U1 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:11:22 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 536 % Identity 24% Template c3g5uB_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: B: PDB Molecule:multidrug resistance protein 1a; PDBTitle: structure of p-glycoprotein reveals a molecular basis for2 poly-specific drug binding Resolution 3.80 Å

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.		.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.		.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
Predicted Secondary structure												.																																																											.
Query SS confidence												.																																																											.
Query Sequence		I	T	L	N	G	L	E	K	R	F	.	P	G	M	D	K	P	A	V	A	P	L	D	C	T	I	H	A	G	Y	V	T	G	L	V	G	P	D	G	A	G	K	T	T	L	M	R	M	L	A	G	L	L	K	P	D	S	G	S	A	T	V	I	G	F	D	P	I	K	.	N	D	G	A	L	H	A	V	L	G
Query Conservation												.																																																											.
Alig confidence												.																																																											.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	F	K	N	I	H	F	S	Y	P	S	R	K	E	V	Q	I	L	K	G	L	N	L	K	V	K	S	G	Q	T	V	A	L	V	G	N	S	G	C	G	K	S	T	T	V	Q	L	M	Q	R	L	Y	D	P	L	D	G	M	V	S	I	D	G	Q	D	I	R	T	I	N	V	R	Y	L	R	E	I	I	G
Template Known Secondary structure												S	S	T	T	S			S										T	T									S	S	T	T								T	T	T	S	S			S							T	T			G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.												.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	M	P	Q	K	F	G	L	Y	E	D	L	T	V	M	E	N	L	N	L	Y	A	D	L	R	S	V	T	G	E	A	R	K	Q	T	F	A	R	L	L	E	F	T	S	L	G	P	F	T	G	R	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	L	S	G	G	M	K	Q	K	L	G	L	A	C	T
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.										.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	V	S	Q	E	P	V	L	F	A	T	.	T	I	A	E	N	I	R	Y	G	.	.	.	.	.	.	R	E	D	V	T	M	D	E	I	E	K	A	V	K	E	A	N	A	Y	D	F	I	M	K	L	P	H	Q	F	D	T	L	V	G	E	R	G	A	Q	L	S	G	G	Q	K	Q	R	I	A	I	A	R	A
Template Known Secondary structure					S	S					S	S	.										.	.	.	.	.	.		S	S													T	T		T	T					S	T	T	G	G	G				S	S	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure													.										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.		.	480	.	.	.	.	.	.	.							.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	G	E	P	K	V	L	L	L	D	E	P	G	V	G	V	D	P	I	S	R	R	E	L	W	Q	M	V	H	E	L	A	G	E	G	M	L	I	L	W	S	T	S	Y	L	D	E	A	E	Q	C	R	D	V	L	L	M	N	E	G	E	L	L	Y	Q	G	E	P	K	A	L	T	Q	T	M	A	G	R	S
Query Conservation
Alig confidence																																				.
Template Conservation																																				.
Template Sequence		L	V	R	N	P	K	I	L	L	L	D	E	A	T	S	A	L	D	T	E	S	E	A	V	V	Q	A	A	L	D	K	A	R	E	.	G	R	T	T	I	V	I	A	H	R	L	S	T	V	R	N	A	D	V	I	A	G	F	D	G	G	V	I	V	E	Q	G	N	H	D	E	L	M	R	E	K	G	I	Y	F
Template Known Secondary structure							S						B	T	T		S	S																T	T	.	S	S							S						T	T		S						S	S	S															T	S
Template Predicted Secondary structure																																				.
Template SS confidence
		541	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.		.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	L	M	T	S	P	H	E	G	N	R	K	L	L	Q	R	A	L	K	L	P	Q	V	S	D	G	M	I	Q	G	K	S	V	R	L	I	L	K	K	E	A	T	P	D	D	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	L	V	M	T	Q	T	L	D	E	D	V	P	P	A	S	F	W	R	I	L	K	L	N	S	T	E	W	P	Y	F	V	V	G	I	F	C	A	I	I	N	G	G	L	Q	P	A	F	S	V	I	F	S	K	V	V	G	V	F	T	N	G	G	P	P	E	T	Q	R	Q	N	S	N	L	F	S	L	L	F	L
Template Known Secondary structure							T											T	T									T																																		S	S		S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	L	G	I	I	S	F	I	T	F	F	L	Q	G	F	T	F	G	K	A	G	E	I	L	T	K	R	L	R	Y	M	V	F	K	S	M	L	R	Q	D	V	S	W	F	D	D	P	K	N	T	T	G	A	L	T	T	R	L	A	N	D	A	A	Q	V	K	G	A	T	G	S	R	L	A	V	I	F	Q	N	I
Template Known Secondary structure																																															S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		757	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	N	L	G	T	G	I	I	I	S	L	I	Y	G	W	Q	L	T	L	L	L	L	A	I	V	P	I	I	A	I	A	G	V	V	E	M	K	M	L	S	G	Q	A	L	K	D	K	K	E	L	E	G	S	G	K	I	A	T	E	A	I	E	N	F	R	T	V	V	S	L	T	R	E	Q	K	F	E	T	M	Y
Template Known Secondary structure													S	S		S	T	T																																													T	T		T	T	T	T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		837	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.
																																																																	279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	H	A	D	G	M	P	E	I	N	I	N	E	T	T	P	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	Q	S	L	Q	I	P	Y	R	N	A	M	K	K	A	H	V	F	G	I	T	F	S	F	T	Q	A	M	M	Y	F	S	Y	A	A	A	F	R	F	G	A	Y	L	V	T	Q	Q	L	M	T	F	E	N	V	L	L	V	F	S	A	I	V	F	G	A	M	A	V	G	Q	V	S	S	F	A	P	D	Y	A	K
Template Known Secondary structure																																													T	T	T	T		S		S	T	T																			T	S	S	S	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		917	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.				340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.
Query Sequence		F	E	D	A	F	I	D	L	L	G	G	A	G	T	S	E	S	P	L	G	A	I	L	H	T	V	E	G	T	P	G	E	T	V	I	E	A	K	E	L	T	K	K	F	.	.	.	G	D	F	A	A	T	D	H	V	N	F	A	V	K	R	G	E	I	F	G	L	L	G	P	N	G	A	G	K	S	T	T	F
Query Conservation																																														.	.	.
Alig confidence																																														.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	T	V	S	A	S	H	I	I	R	I	I	E	K	T	P	E	I	D	S	Y	S	T	Q	G	L	K	P	N	M	L	E	G	N	V	Q	F	S	G	V	V	F	N	Y	P	T	R	P	S	I	P	V	L	Q	G	L	S	L	E	V	K	K	G	Q	T	L	A	L	V	G	S	S	G	C	G	K	S	T	V	V
Template Known Secondary structure														S						S	S		S						T	T	T															S		G	G	G			S			S							S	S	S							S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		997	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure																													.
Query SS confidence																													.
Query Sequence		K	M	M	C	G	L	L	V	P	T	S	G	Q	A	L	V	L	G	M	D	L	K	E	S	S	G	K	.	A	R	Q	H	L	G	Y	M	A	Q	K	F	S	L	Y	G	N	L	T	V	E	Q	N	L	R	F	F	S	G	V	Y	G	L	R	G	R	A	Q	N	E	K	I	S	R	M	S	E	A	F	G	L	K
Query Conservation																													.
Alig confidence																													.																		.																	.	.	.	.
Template Conservation																																															.																	.	.	.	.
Template Sequence		Q	L	L	E	R	F	Y	D	P	M	A	G	S	V	F	L	D	G	K	E	I	K	Q	L	N	V	Q	W	L	R	A	Q	L	G	I	V	S	Q	E	P	I	L	F	D	C	.	S	I	A	E	N	I	A	Y	G	D	N	S	R	V	V	S	.	.	.	.	Y	E	E	I	V	R	A	A	K	E	A	N	I	H
Template Known Secondary structure					T	T	S	S			S						S	S	S	S		B	T	S	S						T	T	S						S	S					S	S	.	B						T				S	S					.	.	.	.												T
Template Predicted Secondary structure																																															.																	.	.	.	.
Template SS confidence
		1077	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.		.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.					.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.
		452	.	.	.	.	.	.	.												460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	I	A	S	H	A	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	P	L	G	F	K	Q	R	L	A	L	A	C	S	L	M	H	E	P	D	I	L	F	L	D	E	P	T	S	G	V	D	P	L	T	R	R	E	F	W	L	H	I	N	S	M	V	E	K	G	V	T	V	M	V	T	T	H	F	M
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.
Template Conservation																																																																					.
Template Sequence		Q	F	I	D	S	L	P	D	K	Y	N	T	R	V	G	D	K	G	T	Q	L	S	G	G	Q	K	Q	R	I	A	I	A	R	A	L	V	R	Q	P	H	I	L	L	L	D	E	A	T	S	A	L	D	T	E	S	E	K	V	V	Q	E	A	L	D	K	A	R	.	E	G	R	T	C	I	V	I	A	H	R	L
Template Known Secondary structure					S	S	T	T	T	G	G	G		B		S	T	T	S		S	S																			S	S					S		S	S	S																	S	.	S	S	S							S		T
Template Predicted Secondary structure																																																																					.
Template SS confidence
		1152	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.		.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230
		521	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	A	E	Y	C	D	R	I	G	L	V	Y	R	G	K	L	I	A	S	G	T	P	D	D	L	K	A	Q	S	A	N	D	E	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	T	I	Q	N	A	D	L	I	V	V	I	Q	N	G	K	V	K	E	H	G	T	H	Q	Q	L	L	A	Q	K	G	I	Y	F	S
Template Known Secondary structure		T	G	G	G	S		S							T	B														S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1231	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.