Job Description P23917 Confidence 99.08% Date Thu Jan 5 11:40:37 GMT 2012 Rank 55 Aligned Residues 273 % Identity 21% Template c2dpnB_ PDB info PDB header:transferase Chain: B: PDB Molecule:glycerol kinase; PDBTitle: crystal structure of the glycerol kinase from thermus2 thermophilus hb8 Resolution 2.80 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.														.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Query SS confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Query Sequence		M	R	I	G	I	D	L	G	G	T	K	T	E	V	I	A	L	G	D	A	G	E	Q	L	Y	R	H	R	L	P	T	P	R	D	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	R	Q	T	I	E	T	I	A	T	L	V	D	M	A	E	Q	A	T	G	Q	R	G	T	V	G	M	G	I	P	G	.
Query Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation
Template Sequence		F	L	L	A	L	D	Q	G	T	T	S	S	R	A	I	L	F	T	L	E	G	R	P	V	A	V	A	K	R	E	F	R	Q	L	Y	P	K	P	G	W	V	E	H	D	P	L	E	I	W	E	T	T	L	W	A	A	R	E	V	L	R	R	A	G	A	E	A	G	E	V	L	A	L	G	I	T	N	Q	R	E
Template Known Secondary structure										S	S									S	S	S													B		S	S	T	T																									T			T	T	T										S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
					67	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.												.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	S	I	S	P	Y	T	G	V	V	K	N	A	N	S	T	W	L	N	G	Q	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	K	D	L	S	A	R	L	Q	R	E	V	R	L	A	N	D	A	N	C	L	A	V	S	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	T	L	L	W	D	R	K	T	G	K	P	L	H	N	A	I	V	W	Q	D	R	R	T	T	P	L	C	E	A	L	R	A	K	G	L	E	P	L	F	R	E	R	T	G	L	L	F	D	P	Y	F	S	G	T	K	L	V	W	L	L	E	N	V	P	G	L	K	A	R	A	E	G	G	G	V	A	F	G	T
Template Known Secondary structure								T	T	T	T			S	S					T	T														T	T							T	T	T	S			S		S	S	S												S	T	T					T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	D	T	W	L	I	W	N	L	T	G	G	K	V	H	A	T	D	P	T	N	A	S	R	T	L	L	F	N	L	H	T	L	A	W	D	P	E	L	L	E	A	L	G	I	P	A	A	L	L	P	E	V	R	P	S	D	G	D	F	G	E	T	L	P	E	L	L	G	A	P	V	P	I	R	G	V	L	G	D
Template Known Secondary structure											T	T	T	S				B							T	S	T	T	B		S	S	S	S	S	B								T				T	T	S				B			T	T	S				B							S	S			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
						115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	V	D	G	A	A	A	G	A	Q	T	V	F	A	V	I	I	G	T	G	C	G	A	G	V	A	F	N	G	R	A	H	I	G	G	N	G	T	A	G	E	W	G	H	N	P	L	P	W	M	D	E	D	E	L	R	Y	R	E	E	V	P	C	Y	C	G	K	Q	G	C	I	E	T	F	I	S	G
Query Conservation		.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	Q	A	A	L	F	G	Q	A	A	L	G	G	G	E	G	K	C	T	Y	G	T	G	A	F	L	L	L	N	T	G	K	R	P	V	L	S	E	K	G	L	L	A	T	V	A	W	S	L	G	G	R	A	T	Y	A	L	E	G	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	V
Template Known Secondary structure									T	T			S	T	T							S	S	S									S	S					S	S	S										T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.																		.	.
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	G	F	A	M	D	Y	R	R	L	S	G	H	A	L	K	G	S	E	I	I	R	L	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	S	D	P	V	A	E	L	A	L	R	R	Y	E	L	R	L	A
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	A	A	V	G	W	L	K	E	V	G	L	I	R	E	S	A	E	V	E	A	L	A	A	S	V	E	D	T	G	D	V	Y	F	V	P	A	F	T	G	L	G	A	P	Y	W	D	P	Y	A	R	G	T	L	L	G	L	T	R	G	T	S	R	A	H	L	A	R	A	A	L	E	G	V	A	F	Q	V	R
Template Known Secondary structure		S	T								T	T	T	S	S	S	S	T	T	T					G	G	G		S	S		S	S							T	T				T	T	T			T	T										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
		234	.	.	.	.	.	240	.	.			.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure											.	.
Query SS confidence											.	.
Query Sequence		K	S	L	A	H	V	V	N	I	.	.	L	D	P	D	V	I	V	L	G	G	G	M	S	N	V	D	R	L	Y	Q	T	V	G	Q	L	I	K	Q	F	V	F	G	G	E	C	E	T	P	V	R	K	A	K	H	G	D	S	S	G	V	R	G	A	A	W	L	W	P
Query Conservation											.	.
Alig confidence											.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Sequence		D	V	V	L	A	M	E	E	E	A	G	V	R	L	K	V	L	K	A	D	G	G	M	A	Q	N	R	L	F	L	K	I	Q	A	D	L	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	V	A	V	P	E	V	.	T	E	T	T	A	L	G	A	A	L	M	A	G
Template Known Secondary structure										S	S	S										S	G	G	G	G													T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S						S		.
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template SS confidence
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.										.	.	.	.	.	.	430	.		.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.