Job Description P19318 Confidence 97.83% Date Thu Jan 5 11:37:15 GMT 2012 Rank 49 Aligned Residues 97 % Identity 29% Template c2fugC_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: C: PDB Molecule:nadh-quinone oxidoreductase chain 3; PDBTitle: crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i2 from thermus thermophilus Resolution 3.30 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	V	L	N	L	D	K	C	I	G	C	H	T	C	S	V	T	C	K	N	V	W	T	G	R	E	G	M	E	Y	A	W	F	N	N	V	E	T	K	P	G	I	G	Y	P	K	N	W	E	D	Q	E	E	W	Q	G	G	W	V	R	D	V	N	G	K	I	R	P	R	L	G	N	K	M	G	V	I	T	K	I
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	I	L	D	R	E	R	C	I	H	C	K	R	C	V	R	Y	F	E	E	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S					S															T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	A	N	P	V	V	P	Q	I	D	D	Y	Y	E	P	F	T	F	D	Y	E	H	L	H	S	A	P	E	G	K	H	I	P	T	A	R	P	R	S	L	I	D	G	K	R	M	D	K	V	I	W	G	P	N	W	E	E	L	L	G	G	E	F	E	K	R	A	R	D	R	N	F	E	A	M	Q	K	E	M	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	D	E	V	L	D	F	I	E	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								B	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																							195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200							.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	Q	F	E	N	T	F	M	M	Y	L	P	R	L	C	E	H	C	L	N	P	S	C	V	A	T	C	P	S	G	A	I	.	.	.	.	.	.	Y	K	R	E	E	D	G	I	V	L	I	D	Q	D	K	C	R	G	W	R	L	C	I	S	G	C	P	Y	K	K	I	Y	F	N	W	K	S	G	K	S	E	K
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.											.	.	.	.	.	.													.	.	.	.												.	.	.
Template Conservation																						.	.																													.	.	.	.												.	.	.
Template Sequence		G	V	H	T	F	I	G	T	M	D	F	G	L	P	S	G	F	S	G	N	.	.	I	T	D	I	C	P	V	G	A	L	L	D	L	T	A	R	F	R	A	R	N	W	E	M	E	E	T	P	.	.	.	.	T	T	C	A	L	C	P	V	G	C	G	.	.	.	I	T	A	D	T	R	S	G	E	L	L	R
Template Known Secondary structure		G	G	G		B				S	S	T	T			S	S			T		.	.						S	S	S	S	S	B		G	G	G	S	S	S			T	T	T	S					.	.	.	.					S	S	T	T				.	.	.							T	T
Template Predicted Secondary structure																						.	.																													.	.	.	.												.	.	.
Template SS confidence
		206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.			.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.					.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.				.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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