Job Description P09169 Confidence 93.95% Date Thu Jan 5 11:02:08 GMT 2012 Rank 24 Aligned Residues 212 % Identity 14% Template c3qq2C_ PDB info PDB header:membrane protein/protein transport Chain: C: PDB Molecule:brka autotransporter; PDBTitle: crystal structure of the beta domain of the bordetella autotransporter2 brka Resolution 3.00 Å

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		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	T	P	D	N	I	N	A	D	I	S	L	G	T	L	S	G	K	T	K	E	R	V	Y	L	A	E	E	G	G	R	K	V	S	Q	L	D	W	K	F	N	N	A	A	I	I	K	G	A	I	N	W	D	L	M	P	Q	I	S	I	G	A	A	G	W	T	T	L	G	S	R	G	G	N	M	V	D	Q	D	W
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Template Sequence		W	S	A	S	G	G	R	W	Y	A	G	G	L	L	G	Y	T	Y	A	D	R	T	Y	P	G	D	G	G	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	K	G	L	H	V	G	G	Y	A	A	Y	V	G	D	G	G	Y	Y	L	.	.	D	T	V	L	R	L	G	R	Y	D	Q	Q	Y	N	I	A	G	T
Template Known Secondary structure					T	T																		B	T	T	T	B				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															S	S	S	B			.	.																		S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Template SS confidence
		783	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.											.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.			.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850
		107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	D	S	S	N	P	G	T	W	T	D	E	S	R	H	P	D	T	Q	L	N	Y	A	N	E	F	D	L	N	I	K	G	W	L	L	N	E	P	N	Y	R	L	G	L	M	A	G	Y	Q	E	S	R	Y	S	F	T	A	R	G	G	S	Y	I	Y	S	S	E	E	G	F	R	D	D	I	G	S	F	P	N	G
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	G	G	R	V	T	A	D	Y	R	T	S	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	W	S	L	E	G	G	R	R	F	E	L	P	N	D	W	F	A	E	P	Q	A	E	V	M	L	W	R	T	S	G	K	R	Y	R	A	S	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Template Known Secondary structure		S	S													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								B					G	G	G																						S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		851	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.											.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.																		.
		187	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.				210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.
Query Sequence		E	R	A	I	G	Y	K	Q	R	F	K	M	P	Y	I	G	L	T	G	S	Y	R	Y	.	.	.	E	D	F	E	L	G	G	T	F	K	Y	S	G	W	V	E	S	S	D	N	D	E	H	Y	D	P	G	K	R	I	T	Y	R	S	K	V	K	D	Q	N	Y	Y	S	V	A	V	N	A	G	Y	Y	V	T	P
Query Conservation																									.	.	.
Alig confidence																									.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	V	K	V	D	A	N	T	A	T	L	G	R	L	G	L	R	F	G	R	R	I	A	L	A	G	G	N	I	V	Q	P	Y	A	R	L	G	W	T	Q	E	F	K	S	T	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	G	R	V	E	L	G	A	G	V	D	A	A	L	G	K
Template Known Secondary structure																											T	T	S																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B														G	G
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		904	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	A	K	V	Y	V	E	G	A	W	N	R	V	T	N	K	K	G	N	T	S	L	Y	D	H	N	N	N	T	S	D	Y	S	K	N	G	A	G	I	E	N	Y	N	F	I	T	T	A	G	L	K	Y	T	F
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	H	N	L	Y	A	S	Y	E	Y	A	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	I	N	I	P	W	S	F	H	A	G	Y	R	Y	S	F
Template Known Secondary structure		G	B												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S													B
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		981	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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