Job Description P25737 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:45 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 408 % Identity 18% Template c3lrcC_ PDB info PDB header:transport protein Chain: C: PDB Molecule:arginine/agmatine antiporter; PDBTitle: structure of e. coli adic (p1) Resolution 4.00 Å

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		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	R	E	L	K	A	R	H	L	T	M	I	A	I	G	G	S	I	G	T	G	L	F	V	A	S	G	A	T	I	S	Q	A	G	P	G	G	A	L	L	S	Y	M	L	I	G	L	M	V	Y	F	L	M	T	S	L	G	E	L	A	A	Y	M	P	V	S	G	S	F	A	T	Y	G	Q	N	Y	V	E	E	G
Query Conservation
Alig confidence																																					.	.
Template Conservation																																					.	.
Template Sequence		A	H	K	V	G	L	I	P	V	T	L	M	V	S	G	N	I	M	G	S	G	V	F	L	L	P	A	N	L	A	S	T	G	G	I	.	.	A	I	Y	G	W	L	V	T	I	I	G	A	L	G	L	S	M	V	Y	A	K	M	S	F	L	D	P	S	P	G	G	S	Y	A	Y	A	R	R	C	F	G	P	F
Template Known Secondary structure			S	S													T	T	S	S	S	S	T	T	T					T	T	S	S				.	.		S																						T	T				S	S		T	T	T	G	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure																																					.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.			.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	G	F	A	L	G	W	N	Y	W	Y	N	W	A	V	T	I	A	V	D	L	V	A	A	Q	L	V	M	S	W	W	F	P	D	T	P	G	W	I	W	S	A	L	F	L	G	V	I	F	L	L	N	Y	I	S	V	R	G	F	G	E	A	E	Y	W	F	S	L	I	K	V	T	T	V	I	V	F	I	I	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	G	Y	Q	T	N	V	L	Y	W	L	A	C	W	I	G	N	I	A	M	V	V	I	G	V	G	Y	L	S	Y	F	F	P	I	L	K	D	P	L	V	L	T	I	T	C	V	V	V	L	W	I	F	V	L	L	N	I	V	G	P	K	M	I	T	R	V	Q	A	V	A	T	V	L	A	L	I	P	I	V	G
Template Known Secondary structure												T	T	T	T											T	G	G	G	S	S	S	S					S	S	S																			S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	V	L	M	I	I	G	I	F	K	G	A	Q	P	A	G	W	S	N	W	T	I	G	E	A	P	F	A	G	G	F	A	A	M	I	G	V	A	M	I	V	G	F	S	F	Q	G	T	E	L	I	G	I	A	A	G	E	S	E	D	P	A	K	N	I	P	R	A	V	R	Q	V	F	W	R	I	L	L	F	Y
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.
Template Sequence		I	A	V	F	G	W	F	W	F	R	G	E	.	.	.	.	.	T	Y	M	A	A	W	N	V	S	G	L	G	T	F	G	A	I	Q	S	T	L	N	V	T	L	W	S	F	I	G	V	E	S	A	S	V	A	A	G	V	V	K	N	P	K	R	N	V	P	I	A	T	I	G	G	V	L	I	A	A	V	C	Y
Template Known Secondary structure									S			S	S	.	.	.	.	.							S		S	S	S						T								S	T	T		T	T	G	G	G					G	G	G	S	S	S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.						.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	F	A	I	L	I	I	S	L	I	I	P	Y	T	D	P	S	L	L	R	N	D	V	K	D	I	S	V	S	P	F	T	L	V	F	Q	H	A	G	L	L	S	A	A	A	V	M	N	A	V	I	L	T	A	V	L	S	A	G	N	S	G	M	Y	A	S	T	R	M	L	Y	T	L	A	C	D	G	K	A	P
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	L	S	T	T	A	I	M	G	M	I	P	N	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	I	V	S	F	C	A	A	A	G	C	L	G	S	L	G	G	W	T	L	L	A	G	Q	T	A	K	A	A	A	D	D	G	L	F	P
Template Known Secondary structure					T	T				S						T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T																T	T	S	S	T	T	T	S	S		S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure																																						.
Query SS confidence																																						.
Query Sequence		R	I	F	A	K	L	S	R	G	G	V	P	R	N	A	L	Y	A	T	T	V	I	A	G	L	C	F	L	T	S	M	F	G	N	Q	T	.	V	Y	L	W	L	L	N	T	S	G	M	T	G	F	I	A	W	L	G	I	A	I	S	H	Y	R	F	R	R	G	Y	V	L	Q	G	H	D	I	N	D	L	P	Y
Query Conservation																																						.
Alig confidence																																						.																																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	I	F	A	R	V	N	K	A	G	T	P	V	A	G	L	I	I	V	G	I	L	M	T	I	F	Q	L	S	S	I	S	P	N	A	T	K	E	F	G	L	V	S	S	V	S	V	I	F	T	L	V	P	Y	L	Y	T	C	A	A	L	L	L	L	G	H	G	H	F	G	K	A	R	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									S	S	S	S																	T	T	S	S	S		S	S	S	S	S			S	S	T	T						T	T													T		T	T		S	S	S			.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.
		413	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	S	G	F	F	P	L	G	P	I	F	A	F	I	L	C	L	I	I	T	L	G	Q	N	Y	E	A	F	L	K	D	T	I	D	W	G	G	V	A	A	T	Y	I	G	I	P	L	F	L	I	I	W	F	G	Y	K	L	I	K	G	T	H	F	V	R	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	P	A	Y	L	A	V	T	T	I	A	F	L	Y	C	I	W	A	V	V	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	K	E	V	M	W	S	F	V	T	L	M	V	I	T	A	M	Y	A	L	N	Y	N	R	L	H	K	N	P
Template Known Secondary structure		.	.																				S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		T	T	T	S						S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
				385	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.														.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.