Job Description P33341 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:51:41 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 754 % Identity 31% Template c3rfzB_ PDB info PDB header:cell adhesion/transport/chaperone Chain: B: PDB Molecule:outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis; PDBTitle: crystal structure of the fimd usher bound to its cognate fimc:fimh2 substrate Resolution 2.80 Å

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		49	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80					.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100						.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.																					.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.																					.	.	.	.	.
Query Sequence		N	Q	P	L	P	G	Q	Y	D	I	D	I	Y	V	N	K	Q	W	R	G	K	Y	E	I	I	V	K	D	N	P	Q	E	.	.	.	.	T	C	L	S	R	E	V	I	K	R	L	G	I	N	S	D	N	F	A	S	.	.	.	.	.	G	K	Q	C	L	T	F	E	Q	L	V	Q	G	G	S	Y	T	W	D
Query Conservation																																		.	.	.	.																					.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.																					.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	E	L	P	P	G	T	Y	R	V	D	I	Y	L	N	N	G	Y	M	A	T	R	D	V	T	F	N	T	G	D	S	E	Q	G	I	V	P	C	L	T	R	A	Q	L	A	S	M	G	L	N	T	A	S	V	A	G	M	N	L	L	A	D	D	A	C	V	P	L	T	T	M	V	Q	D	A	T	A	H	L	D
Template Known Secondary structure																T	T														S	S	T	T	S													T	T	B		G	G	G	S	T	T	T	T	T	S		S	S									S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	G	V	F	R	L	D	F	S	V	P	Q	A	W	V	E	E	L	E	S	G	Y	V	P	P	E	N	W	E	R	G	I	N	A	F	Y	T	S	Y	Y	L	S	Q	Y	Y	S	D	Y	K	A	S	G	N	N	K	S	T	Y	V	R	F	N	S	G	L	N	L	L	G	W	Q	L	H	S	D	A	S	F	S	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	G	Q	Q	R	L	N	L	T	I	P	Q	A	F	M	S	N	R	A	R	G	Y	I	P	P	E	L	W	D	P	G	I	N	A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W	S	Y
Template Known Secondary structure		T	T	T	T								G	G	G	B	S			S	T	T				G	G	G		B																				T	T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	N	N	N	P	G	V	W	K	S	N	T	L	Y	L	E	R	G	F	A	Q	L	L	G	T	L	R	V	G	D	M	Y	T	S	S	D	I	F	D	S	V	R	F	R	G	V	R	L	F	R	D	M	Q	M	L	P	N	S	K	Q	N	F	T	P	R	V	Q	G	I	A	Q	S	N	A	L	V	T	I	E	Q
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.
Template Conservation						.	.	.
Template Sequence		N	S	N	K	.	.	.	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G	Y	T	Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	M	L	P	D	S	Q	R	G	F	A	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q	V	T	I	K	Q
Template Known Secondary structure						.	.	.													T	T	T	T												S	S	S	S														G	G	G	S		G	G	G	S	S										S	S	S
Template Predicted Secondary structure						.	.	.
Template SS confidence
		186	.	.	.				190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.		.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.
Query SS confidence																																																																													.
Query Sequence		N	G	F	V	V	Y	Q	K	E	V	P	P	G	P	F	A	I	T	D	L	Q	L	A	G	G	G	A	D	L	D	V	S	V	K	E	A	D	G	S	V	T	T	Y	L	V	P	Y	A	A	V	P	N	M	L	Q	P	G	V	S	K	Y	D	L	A	A	G	R	S	H	I	E	G	A	S	K	.	Q	S	D	F
Query Conservation																																																																													.
Alig confidence																																																																													.
Template Conservation
Template Sequence		N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q	V	T	I	K	E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	S	G	N	A	Q	Q	E	K	P	R	F
Template Known Secondary structure		T	T										S												T	T	S										S	S	S													T	T				T	T														S		T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
		359	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.		.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.
Query SS confidence																																						.
Query Sequence		V	Q	A	G	Y	Q	Y	G	F	N	N	L	L	T	L	Y	G	G	S	M	V	A	N	N	Y	Y	A	F	T	L	G	A	G	W	N	T	.	R	I	G	A	I	S	V	D	A	T	K	S	H	S	K	Q	D	N	G	D	V	F	D	G	Q	S	Y	Q	I	A	Y	N	K	F	V	S	Q	T	S	T	R	F	G
Query Conservation																																						.
Alig confidence																																						.
Template Conservation
Template Sequence		F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	D	R	Y	R	A	F	N	F	G	I	G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	N	E	S	G	T	N	I	Q
Template Known Secondary structure											G	G	G											T	T														T	T															T	T	S																		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	A	W	R	Y	S	S	R	D	Y	R	T	F	N	D	H	V	W	A	N	N	K	D	N	Y	R	R	D	E	N	D	V	Y	D	I	A	D	Y	Y	Q	N	D	F	G	R	K	N	S	F	S	A	N	M	S	Q	S	L	P	E	G	W	G	S	V	S	L	S	T	L	W	R	D	Y	W	G	R	S	G	S
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Sequence		L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	Y	S	R	M	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	.	T	S	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V
Template Known Secondary structure										T	T									B	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	S															S	S	.	S													S	S
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template SS confidence
		431	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.		.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.		.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.			.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.																										.	.
Query SS confidence																															.																										.	.
Query Sequence		S	K	D	Y	Q	L	S	Y	S	N	N	L	R	R	I	S	Y	T	L	A	A	S	Q	A	Y	D	E	N	H	.	H	E	E	K	R	F	N	I	F	I	S	I	P	F	D	W	G	D	D	V	S	T	P	R	R	.	.	Q	I	Y	M	S	N	S	T	T	F	D	D	Q	G	F	A	S	N	N	T	G	L	S
Query Conservation																															.																										.	.
Alig confidence																															.																										.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	E	Q	F	Q	A	G	L	N	T	A	F	E	D	I	N	W	T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W	Q	K	G	R	D	Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	S	H	W	L	R	S	D	S	K	S	Q	W	R	H	A	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y
Template Known Secondary structure														T	T													S	S	S		S													S	G	G	G	S		T	T			S	G	G	G	G											S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		514	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.
		595	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.				.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.
Query Sequence		G	T	V	G	S	R	D	Q	F	N	Y	G	V	N	L	S	H	.	.	.	Q	H	Q	G	N	E	T	T	A	G	A	N	L	T	W	N	A	P	V	A	T	V	N	G	S	Y	S	Q	S	S	T	Y	R	Q	A	G	A	S	V	S	G	G	I	V	A	W	S	G	G	V	N	L	A	N	R	L	S	E	T	F
Query Conservation																			.	.	.
Alig confidence																			.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	T	L	L	E	D	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	S	D	D	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V	L	A	H	A	N	G	V	T	L	G	Q	P	L	N	D	T	V
Template Known Secondary structure					S	T	T														S	T	T	T															S	S											S	S																T	T						S				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		594	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
		672	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	M	N	A	P	G	I	K	D	A	Y	V	N	G	Q	K	Y	R	T	T	N	R	N	G	V	V	I	Y	D	G	M	T	P	Y	R	E	N	H	L	M	L	D	V	S	Q	S	D	S	E	A	E	L	R	G	N	R	K	I	A	A	P	Y	R	G	A	V	V	L	V	N	F	D	T	D	Q	R	K	P	W
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	L	V	K	A	P	G	A	K	D	A	K	V	E	N	Q	T	G	V	R	T	D	W	R	G	Y	A	V	L	P	Y	A	T	E	Y	R	E	N	R	V	A	L	D	T	N	T	L	A	D	N	V	D	L	D	N	A	V	A	N	V	V	P	T	R	G	A	I	V	R	A	E	F	K	A	R	V	G	I	K	L
Template Known Secondary structure							T	T			S		B	B	T	T	S	T	T		B			T	T	S					S				T	T	S						B		G	G	G	S		T	T				S		S						B		T	T												S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		674	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.
		752	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.							.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	I	K	A	L	R	A	D	G	Q	S	L	T	F	G	Y	E	V	N	D	I	H	G	H	N	I	G	V	V	G	Q	G	S	Q	L	F	I	R	T	N	E	V	P	P	S	V	N	V	A	I	D	K	Q	Q	G	L	S	C	T	I	T	F	G	K	E	I	D	E	S	R	N	.	.	.	.	.	.	Y	I	C
Query Conservation																																																																									.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.																																												.	.	.																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.																																												.	.	.
Template Sequence		L	M	T	L	T	H	.	N	N	K	P	L	P	F	G	A	M	V	T	S	E	S	S	Q	S	S	G	I	V	A	D	N	G	Q	V	Y	L	S	G	M	P	L	A	G	K	V	Q	V	K	W	.	.	.	G	E	A	H	C	V	A	N	Y	Q	L	P	P	E	S	Q	Q	Q	L	L	T	Q	L	S	A	E	C
Template Known Secondary structure								.	T	T					T	T						S	S	S	S							G	G	G									S								S	.	.	.													G	G	G	S	S		S
Template Predicted Secondary structure								.																																												.	.	.
Template SS confidence
		754	.	.	.	.	.		760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.				.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		826
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		833