Job Description P33341 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:51:41 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 462 % Identity 33% Template c3ohnA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein fimd; PDBTitle: crystal structure of the fimd translocation domain Resolution 3.01 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	F	Y	T	S	Y	Y	L	S	Q	Y	Y	S	D	Y	K	A	S	G	N	N	K	S	T	Y	V	R	F	N	S	G	L	N	L	L	G	W	Q	L	H	S	D	A	S	F	S	K	T	N	N	N	P	G	V	W	K	S	N	T	L	Y	L	E	R	G	F	A	Q	L	L	G	T	L	R	V	G	D	M	Y	T
Query Conservation
Alig confidence																																																						.	.
Template Conservation																																																						.	.
Template Sequence		A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W	S	Y	N	S	S	N	K	.	.	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G	Y	T
Template Known Secondary structure																	S	T	T																S	S	S																	.	.													T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190			.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	S	D	I	F	D	S	V	R	F	R	G	V	R	L	F	R	D	M	Q	M	L	P	N	S	K	Q	N	F	T	P	R	V	Q	G	I	A	Q	S	N	A	L	V	T	I	E	Q	N	G	F	V	V	Y	Q	K	E	V	P	P	G	P	F	A	I	T	D	L	Q	L	A	G	G	G	A	D	L	D	V	S	V
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q	V	T	I	K	Q	N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q	V	T	I
Template Known Secondary structure			T	T	S	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S								T	T										S											T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.											.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.		.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
Predicted Secondary structure																																												.
Query SS confidence																																												.
Query Sequence		K	E	A	D	G	S	V	T	T	Y	L	V	P	Y	A	A	V	P	N	M	L	Q	P	G	V	S	K	Y	D	L	A	A	G	R	S	H	I	E	G	A	S	K	.	Q	S	D	F	V	Q	A	G	Y	Q	Y	G	F	N	N	L	L	T	L	Y	G	G	S	M	V	A	N	N	Y	Y	A	F	T	L	G	A	G
Query Conservation																																												.
Alig confidence																																												.
Template Conservation
Template Sequence		K	E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	S	G	N	A	Q	Q	E	K	P	R	F	F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	D	R	Y	R	A	F	N	F	G	I	G
Template Known Secondary structure				S	S	S																		T	T															S	T	T																G	G	G											S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
		392	.	.		.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure					.
Query SS confidence					.
Query Sequence		W	N	T	.	R	I	G	A	I	S	V	D	A	T	K	S	H	S	K	Q	D	N	G	D	V	F	D	G	Q	S	Y	Q	I	A	Y	N	K	F	V	S	Q	T	S	T	R	F	G	L	A	A	W	R	Y	S	S	R	D	Y	R	T	F	N	D	H	V	W	A	N	N	K	D	N	Y	R	R	D	E	N	D	V
Query Conservation					.
Alig confidence					.																																				.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	.	.	.	G	T	N	I	Q	L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	Y	S	R	M	N	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	T															T	T																		.	.	.														T	T								S	S		S					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.				.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.		.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.
Query SS confidence																																																																											.
Query Sequence		Y	D	I	A	D	Y	Y	Q	N	D	F	G	R	K	N	S	F	S	A	N	M	S	Q	S	L	P	E	G	W	G	S	V	S	L	S	T	L	W	R	D	Y	W	G	R	S	G	S	S	K	D	Y	Q	L	S	Y	S	N	N	L	R	R	I	S	Y	T	L	A	A	S	Q	A	Y	D	.	E	N	H	H	E	E
Query Conservation																																																																											.
Alig confidence		.	.	.	.																								.																																														.
Template Conservation		.	.	.	.																								.
Template Sequence		.	.	.	.	D	Y	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	.	T	S	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	L	N	T	A	F	E	D	I	N	W	T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W	Q	K	G	R	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.					T	T	S															T	T	.	T													S	S	S																S	S													T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																								.
Template SS confidence
						472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.		.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.				.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.
Query Sequence		K	R	F	N	I	F	I	S	I	P	F	D	W	G	D	D	V	S	T	P	R	R	Q	I	Y	M	S	N	S	T	T	F	D	D	Q	G	F	A	S	N	N	T	G	L	S	G	T	V	G	S	R	D	Q	F	N	Y	G	V	N	L	S	H	Q	.	.	.	H	Q	G	N	E	T	T	A	G	A	N	L	T	W
Query Conservation																																																																	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N	Y
Template Known Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T													T	T	T	T												T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.													.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.
		627	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	A	P	V	A	T	V	N	G	S	Y	S	Q	S	S	T	Y	R	Q	A	G	A	S	V	S	G	G	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	S	D	D	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V
Template Known Secondary structure			S	S	S											S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		629	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.