Job Description P33341 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:51:41 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 464 % Identity 27% Template c2vqiA_ PDB info PDB header:transport Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein papc; PDBTitle: structure of the p pilus usher (papc) translocation pore Resolution 3.2 Å

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		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.								.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	Y	T	S	Y	Y	L	S	Q	Y	Y	S	D	Y	K	A	S	G	N	N	K	S	T	Y	V	R	F	N	S	G	L	N	L	L	G	W	Q	L	H	S	D	A	S	F	S	K	T	N	N	N	.	.	.	.	.	.	.	P	G	V	W	K	S	N	T	L	Y	L	E	R	G	F	A	Q	L	L	G	T	L	R
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																			.																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.
Template Sequence		L	X	L	D	Y	N	L	N	G	T	V	S	R	N	Y	Q	G	G	D	S	H	Q	F	S	Y	N	G	T	V	G	G	N	L	.	P	W	R	L	R	A	D	Y	Q	G	S	Q	E	Q	S	R	Y	N	G	E	K	T	T	N	R	N	F	T	W	S	R	F	Y	L	F	R	A	I	P	R	W	R	A	N	L	T
Template Known Secondary structure																S	S	S															B		.																		S	S																				T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																			.
Template SS confidence
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.		.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	D	M	Y	T	S	S	D	I	F	D	S	V	R	F	R	G	V	R	L	F	R	D	M	Q	M	L	P	N	S	K	Q	N	F	T	P	R	V	Q	G	I	A	Q	S	N	A	L	V	T	I	E	Q	N	G	F	V	V	Y	Q	K	E	V	P	P	G	P	F	A	I	T	D	L	Q	L	A	G	G	G	A
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.																																															.
Template Conservation																											.	.	.																																															.
Template Sequence		L	G	E	N	N	I	N	S	D	I	F	R	S	W	S	Y	T	G	A	S	L	E	S	X	L	.	.	.	P	P	R	L	R	G	Y	A	P	Q	I	T	G	I	A	E	T	N	A	R	V	V	V	S	Q	Q	G	R	V	L	Y	D	S	X	V	P	A	G	P	F	S	I	Q	D	L	D	.	S	S	V	R	G
Template Known Secondary structure										S	S	S															.	.	.		G	G	G	S											S	S	S								T	T										S										.	T	T			S
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.																																															.
Template SS confidence
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250				.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.		.	.	.	300	.
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	D	V	S	V	K	E	A	D	G	S	V	T	T	Y	L	V	P	Y	A	A	V	P	N	M	L	Q	P	G	V	S	K	Y	D	L	A	A	G	R	S	H	I	E	G	A	S	K	Q	S	D	F	V	Q	A	G	Y	Q	Y	G	F	N	N	L	L	T	L	Y	G	G	S	M	V	A	N	N	Y	Y	A	F
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.
Template Sequence		R	L	D	V	E	V	I	E	Q	N	G	R	K	K	T	F	Q	V	D	T	A	S	V	P	Y	L	T	R	P	G	Q	V	R	Y	K	L	V	S	G	R	S	R	.	.	.	G	Y	E	G	P	V	F	A	T	G	E	A	S	W	G	L	S	N	Q	W	S	L	Y	G	G	A	V	L	A	G	D	Y	N	A	L
Template Known Secondary structure										T	T	S																		T	T													.	.	.																	S	S	S											S	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.
Template SS confidence
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.				.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
		387	.	.	390	.	.	.	.	.		.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.
Query SS confidence											.
Query Sequence		T	L	G	A	G	W	N	T	R	.	I	G	A	I	S	V	D	A	T	K	S	H	S	K	Q	D	N	G	D	V	F	D	G	Q	S	Y	Q	I	A	Y	N	K	F	V	S	Q	T	S	T	R	F	G	L	A	A	W	R	Y	S	S	R	D	Y	R	T	F	N	D	H	V	W	A	N	N	K	D	N	Y	R	R
Query Conservation											.
Alig confidence											.																																				.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	A	G	A	G	W	D	L	G	V	P	G	T	L	S	A	D	I	T	Q	S	V	A	R	I	E	G	E	R	T	F	Q	G	K	S	W	R	L	S	Y	S	K	R	F	D	.	.	.	.	D	I	T	F	A	G	Y	R	F	S	E	R	N	Y	X	T	X	E	Q	Y	L	N	A	R	Y	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										S	S	S															T	T	T																		.	.	.	.												T	T													.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430					.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
		466	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.				520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.
Query Sequence		D	E	N	D	V	Y	D	I	A	D	Y	Y	Q	N	D	F	G	R	K	N	S	F	S	A	N	M	S	Q	S	L	P	E	G	W	G	S	V	S	L	S	T	L	W	R	D	Y	W	G	R	S	G	S	S	K	.	.	.	D	Y	Q	L	S	Y	S	N	N	L	R	R	I	S	Y	T	L	A	A	S	Q	A	Y
Query Conservation																																																								.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	N	D	Y	S	S	R	E	K	E	X	Y	T	V	T	L	N	K	N	V	A	D	W	N	T	S	F	N	L	Q	Y	S	R	Q	T	Y	W	D	I	R	K	T	D	Y	Y	T	V	S	V	N	R	Y	F	N	V	F	L	Q	G	V	A	V	G	L	S	A	S	R	S	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																				T	T	T	T													S	S	S																S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
												460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		543	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.		.	.	.	.	.	.	.	620	.
Predicted Secondary structure																																																																								.
Query SS confidence																																																																								.
Query Sequence		D	E	N	H	H	E	E	K	R	F	N	I	F	I	S	I	P	F	D	W	G	D	D	V	S	T	P	R	R	Q	I	Y	M	S	N	S	T	T	F	D	D	Q	G	F	A	S	N	N	T	G	L	S	G	T	V	G	S	R	D	Q	F	N	Y	G	V	N	L	S	H	Q	.	H	Q	G	N	E	T	T	A	G
Query Conservation																																																																								.
Alig confidence					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.
Template Conservation					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	L	G	.	R	D	N	D	S	A	Y	L	R	I	S	V	P	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	T	A	S	Y	S	G	S	X	S	N	D	R	Y	V	N	X	A	G	Y	T	D	T	F	N	D	G	L	D	S	Y	S	L	N	A	G	L	N	S	G	L	T	S	Q	R	Q	I	N
Template Known Secondary structure			T	T	.															T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T											T	T													G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		531	.	.		.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.													.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure																		.
Query SS confidence																		.
Query Sequence		A	N	L	T	W	N	A	P	V	A	T	V	N	G	S	Y	.	S	Q	S	S	T	Y	R	Q	A	G	A	S	V	S	G	G	I	V	A	W	S
Query Conservation																		.
Alig confidence																		.
Template Conservation
Template Sequence		A	Y	Y	S	H	R	S	P	L	A	N	L	S	A	N	I	A	S	L	Q	K	G	Y	T	S	F	G	V	S	A	S	G	G	A	T	I	T	G
Template Known Secondary structure									T	T											T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.