Job Description P60906 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:07:14 GMT 2012 Rank 29 Aligned Residues 323 % Identity 11% Template c3ikmC_ PDB info PDB header:transferase Chain: C: PDB Molecule:dna polymerase subunit gamma-2; PDBTitle: crystal structure of human mitochondrial dna polymerase2 holoenzyme Resolution 3.24 Å

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		10	.	.		.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.
Query SS confidence					.
Query Sequence		G	M	N	.	D	Y	L	P	G	E	T	A	I	W	Q	R	I	E	G	T	L	K	N	V	L	G	S	Y	G	Y	S	E	I	R	L	P	I	V	E	Q	T	P	L	F	K	R	A	I	G	E	V	T	D	V	V	E	K	E	M	Y	T	F	E	D	R	N	G	D	S	L	T	L	R	P	E	G	T	A	G	C
Query Conservation					.
Alig confidence					.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.																.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.																.
Template Sequence		G	C	H	P	G	F	G	P	L	G	V	E	L	R	K	N	L	A	A	E	W	W	T	S	V	V	V	F	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Q	V	F	P	V	.	.	D	A	L	H	H	K	P	G	P	L	L	P	G	D	S	.	A	F	R	S	G	K	L	R	E	N	L	L	H	G	A
Template Known Secondary structure		T		S																									S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B				.	.				S						S	S	S	S			.		S	S				S		S
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.																.
Template SS confidence
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.													.	.	.	.	.	.			.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.		.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		89	90	.	.	.			.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.							.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.			.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.																							.	.	.	.	.	.																											.	.
Query SS confidence							.	.																							.	.	.	.	.	.																											.	.
Query Sequence		V	R	A	G	I	.	.	E	H	G	L	L	Y	N	Q	E	Q	R	L	W	Y	I	G	P	M	F	R	H	E	.	.	.	.	.	.	R	P	Q	K	G	R	Y	R	Q	F	H	Q	L	G	C	E	V	F	G	L	Q	G	P	D	I	D	.	.	A	E	L	I	M	L	T	A	R	W	W	R	A	L	G	I	S
Query Conservation							.	.																							.	.	.	.	.	.																											.	.
Alig confidence							.	.																							.	.	.	.	.	.																											.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	H	Y	V	N	C	L	D	L	V	N	K	R	L	P	Y	G	L	A	Q	I	G	V	C	F	H	P	V	F	D	T	K	Q	I	R	N	G	V	K	S	I	G	E	K	T	E	A	S	L	V	W	F	T	P	P	R	T	S	N	Q	W	L	D	F	W	L	R	H	R	L	Q	W	W	R	K	F	A	M	S
Template Known Secondary structure											G	G	G	S						B																S	S	S		S																	T	T																						S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	H	V	T	L	E	L	N	S	I	G	S	L	E	A	R	A	N	Y	R	D	A	L	V	A	F	L	E	Q	H	K	E	K	L	D	E	D	C	K	R	R	M	Y	T	N	P	L	R	V	L	D	S	K	N	P	E	V	Q	A	L	L	N	D	A	P	A	L	G	D	Y	L	D	E	E	S	R	E	H	F	A
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	S	N	F	S	S	S	D	C	Q	D	E	E	G	R	K	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	S									S	S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	C	K	L	L	E	S	A	G	I	A	Y	T	V	N	Q	R	L	V	R	G	L	D	Y	Y	N	R	T	V	F	E	W	V	T	N	S	L	G	S	Q	G	T	V	C	A	G	G	R	Y	D	G	L	V	E	Q	L	G	G	R	A	T	P	A	V	G	F	A	M	G	L	E	R	L	V	L	L	V	Q	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	K	L	Y	Y	N	F	P	W	G	K	E	L	I	E	T	L	W	N	L	G	D	H	E	L	L	H	M	Y	P	G	N	V	S	K	L	H	G	R	D	G	R	K	N	.	.	.	.	.	V	V	P	C	V	L	S	V	N	G	D	L	D	R	G	M	L	A	Y	L	Y	D	S	F	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.							T	T												T	T	S	S					S			S	S		S				B	S	S	S	S	B	.	.	.	.	.													S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.
Template SS confidence
									288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330						.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
		319	320	.																.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.				.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.				.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.																												.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.																												.	.	.
Query Sequence		V	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	F	K	A	D	P	V	V	D	I	Y	L	V	A	S	G	.	.	.	A	D	T	Q	S	A	A	M	A	L	A	E	R	L	R	D	E	L	P	G	V	K	L	M	T	N	H	.	.	.	G	G	G	N	F	K	K	Q	F	A	R	A	D
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.																												.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.																		.	.									.	.	.
Template Conservation																																																								.	.
Template Sequence		L	T	E	N	S	F	T	R	K	K	N	L	H	R	K	V	L	K	L	H	P	C	L	A	P	I	K	V	A	L	D	V	G	R	G	P	T	L	E	L	R	Q	V	C	Q	G	L	F	N	E	L	L	E	N	.	.	G	I	S	V	W	P	G	Y	L	E	T	M	Q	S	S	L	E	Q	L	Y	S	K	Y	D
Template Known Secondary structure				S	T	T	T	S	S	S		S										T	T	T	S	S									S	S	S						T	T												.	.	T			B							T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.
Template SS confidence
		356	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.			410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	W	G	A	R	V	A	V	V	L	G	E	S	E	V	A	N	G	T	A	V	V	K	D	L	R	S	G	E	Q	T	A	V	A	Q	D	S	V	A	A	H	L	R	T	L	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	M	S	I	L	F	T	V	L	V	T	E	T	T	L	E	N	G	L	I	H	L	R	S	R	D	T	T	M	K	E	M	M	H	I	S	K	L	K	D	F	L	I	K	Y	I
Template Known Secondary structure		T	T	T									T	T	T	T	T	S									T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.