Job Description P60906 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:07:14 GMT 2012 Rank 22 Aligned Residues 342 % Identity 14% Template c3ialB_ PDB info PDB header:ligase Chain: B: PDB Molecule:prolyl-trna synthetase; PDBTitle: giardia lamblia prolyl-trna synthetase in complex with prolyl-2 adenylate Resolution 2.20 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Query SS confidence																																																																															.	.	.
Query Sequence		M	A	K	N	I	Q	A	I	R	G	M	N	D	Y	L	P	G	E	T	A	I	W	Q	R	I	E	G	T	L	K	N	V	L	G	S	Y	G	Y	S	E	I	R	L	P	I	V	E	Q	T	P	L	F	K	R	A	I	G	E	V	T	D	V	V	E	K	E	M	Y	T	F	E	D	R	N	G	D	S	.	.	.
Query Conservation																																																																															.	.	.
Alig confidence																																																										.																					.	.	.
Template Conservation																																																										.
Template Sequence		L	V	D	R	R	Y	P	V	K	G	C	V	V	F	R	P	Y	G	F	F	M	E	N	A	I	M	R	L	C	E	E	E	Y	A	K	V	G	I	S	Q	I	L	F	P	T	V	I	P	E	S	F	L	K	K	E	S	.	D	H	I	K	G	F	E	A	E	C	F	W	V	E	K	G	G	L	Q	P	L	E	E
Template Known Secondary structure					T	T	S	S	S	T	T																										T	T								S								T	S	S		.							G	G	G								T	T
Template Predicted Secondary structure																																																										.
Template SS confidence
		61	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.		.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
			78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.		.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.				.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.				.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																		.																						.	.	.																													.	.	.
Query SS confidence		.																		.																						.	.	.																													.	.	.
Query Sequence		.	L	T	L	R	P	E	G	T	A	G	C	V	R	A	G	I	E	.	H	G	L	L	Y	N	Q	E	Q	R	L	W	Y	I	G	P	M	F	R	H	E	.	.	.	R	P	Q	K	G	R	Y	R	Q	F	H	Q	L	G	C	E	V	F	G	L	Q	G	P	D	I	D	A	E	.	.	.	L	I	M	L	T	A
Query Conservation		.																		.																						.	.	.																													.	.	.
Alig confidence		.																		.																						.	.	.																													.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	L	A	L	R	P	T	S	E	T	A	I	Y	S	M	F	S	K	W	V	R	S	Y	K	D	L	P	L	K	I	H	Q	T	C	T	I	F	R	H	E	T	K	N	T	K	P	L	I	R	V	R	E	I	H	W	N	E	A	H	C	C	H	A	T	A	E	D	A	V	S	Q	L	S	D	Y	W	K	V	I	D
Template Known Secondary structure							S	S	S													S	B	G	G	G														T	T			S		B	T	T	T	B		S												S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		150	.	.	.	.		.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.
Query SS confidence							.
Query Sequence		R	W	W	R	A	.	L	G	I	S	E	H	V	T	L	E	L	N	S	I	G	S	L	E	A	R	A	N	Y	R	D	A	L	V	A	F	L	E	Q	H	K	E	K	L	D	E	D	C	K	R	R	M	Y	T	N	P	L	R	V	L	D	S	K	N	P	E	V	Q	A	L	L	N	D	A	P	A	L	G	D	Y
Query Conservation							.
Alig confidence							.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	I	F	S	D	E	L	C	F	K	G	Q	K	L	R	R	V	C	W	D	R	F	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					T	T	T	T											G	G	G			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	D	E	E	S	R	E	H	F	A	G	L	C	K	L	L	E	S	A	G	I	A	Y	T	V	N	Q	R	L	V	R	G	L	D	Y	Y	N	R	T	V	F	E	W	V	T	N	S	L	G	S	Q	G	T	V	C	A	G	G	R	Y	D	G	L	V	E	Q	L	G	G	R	A	T	P	A	V	G	F	A	M	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	Y	S	E	V	S	D	V	V	M	P	C	G	R	V	L	Q	T	A	G	I	H	N	L	G	.	.	.	.	.	Q	R	F	S	S	T	F	D	I	L	Y	A	N	K	A	N	E	S	V	H	P	Y	L	T	C	A	G	I	S	T	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S										T	T	S													.	.	.	.	.	T						T	T						T	T															T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
																				244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.						270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
		309	310	.	.	.	.	.	.	.				.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.											.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.		.	.	370	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Query SS confidence											.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Query Sequence		L	E	R	L	V	L	L	V	Q	.	.	.	A	V	N	P	E	F	K	A	D	P	V	V	D	I	Y	L	V	A	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	T	Q	S	A	A	M	A	L	A	E	R	L	R	D	E	L	P	G	V	K	L	M	T	N	H	G	G	G	.	N	F	K	K	Q	F	A
Query Conservation											.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Alig confidence											.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.													.
Template Conservation																																																													.
Template Sequence		V	L	A	C	A	L	S	I	H	G	D	S	G	G	L	V	L	P	P	L	I	A	P	I	H	V	V	I	I	P	I	G	C	G	K	K	N	N	Q	E	S	D	Q	Q	V	L	G	K	V	N	E	I	A	D	T	L	K	S	K	.	L	G	L	R	V	S	I	D	D	D	F	S	K	S	M	G	D	K	L	Y
Template Known Secondary structure												B	T	T	B					G	G	G		S		S							S		S		T	T																						T	.	T										T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																													.
Template SS confidence
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.			.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.																.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	A	D	K	W	G	A	R	V	A	V	V	L	G	E	S	E	V	A	N	G	T	A	V	V	K	D	L	R	S	G	E	.	.	Q	T	A	V	A	Q	D	S	V	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	L	R	T	L	L
Query Conservation																																		.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	Y	E	L	K	G	V	P	L	R	I	E	V	G	Q	R	D	L	A	N	G	Q	C	I	V	V	P	R	D	V	G	K	D	Q	K	R	V	I	P	I	T	E	V	M	K	V	S	S	H	T	T	E	N	H	E	L	V	V	K	N	V	I	K	D	E	L
Template Known Secondary structure						T	T		S												T	T							T	T	T		G	G	G																		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.