Job Description P60906 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:07:14 GMT 2012 Rank 21 Aligned Residues 365 % Identity 18% Template c2pmfA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:glycyl-trna synthetase; PDBTitle: the crystal structure of a human glycyl-trna synthetase mutant Resolution 2.85 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.		.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	R	G	M	N	D	Y	L	P	G	E	T	A	I	W	Q	R	I	E	G	T	L	K	N	V	L	.	G	S	Y	G	Y	S	E	I	R	L	P	I	V	E	Q	T	P	L	F	K	R	A	I	G	E	V	T	D	V	V	E	K	E	M	Y	T	F	E	D	R	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																												.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.																							.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																			.	.
Template Sequence		V	S	G	L	Y	D	F	G	P	V	G	C	A	L	K	N	N	I	I	Q	T	W	R	Q	H	F	I	Q	E	E	Q	I	L	E	I	D	C	T	M	L	T	P	E	P	V	L	K	T	S	.	.	G	H	V	D	K	F	A	D	F	M	V	K	D	V	K	N	G	E	C	F	R	A	D	H	L	L	K	A	H
Template Known Secondary structure			T	T																							T					T								S									T	T	.	.		T	T	T	S								B	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.
Template SS confidence
		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.			.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
																																																																							75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	S	L	T	L	R	P	E	G	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	Q	K	L	M	S	D	K	K	C	S	V	E	K	K	S	E	M	E	S	V	L	A	Q	L	D	N	Y	G	Q	Q	E	L	A	D	L	F	V	N	Y	N	V	K	S	P	I	T	G	N	D	L	S	P	P	V	S	F	N	L	M	F	K	T	F	I	G	P	G	G	N	M	P	G	Y	L	R	P	E	T	A
Template Known Secondary structure							S		S	S	S													T	T	G	G	G													T	T				S	S	S				B									S						S	S	S	S	S	S						S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
		86	.	.	.	90	.	.	.	.			.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.				.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure											.	.																						.	.	.
Query SS confidence											.	.																						.	.	.
Query Sequence		A	G	C	V	R	A	G	I	E	.	.	H	G	L	L	Y	N	Q	E	Q	R	L	W	Y	I	G	P	M	F	R	H	E	.	.	.	R	P	Q	K	G	R	Y	R	Q	F	H	Q	L	G	C	E	V	F	G	L	Q	G	P	D	I	D	A	E	L	I	M	L	T	A	R	W	W	R	A	L	G	I	S	E	H
Query Conservation											.	.																						.	.	.
Alig confidence											.	.																						.	.	.																																											.	.	.
Template Conservation																																																																															.	.	.
Template Sequence		Q	G	I	F	L	N	F	K	R	L	L	E	F	N	Q	G	K	L	P	F	A	A	A	Q	I	G	N	S	F	R	N	E	I	S	P	R	S	G	L	I	R	V	R	E	F	T	M	A	E	I	E	H	F	V	D	P	S	E	K	D	H	P	K	F	Q	N	V	A	D	L	H	L	Y	L	Y	S	A	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	T								T	T	T		S															S	S			S	T	T	S	S		S													T	T					T	T	G	G	G	T	T	T									.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Template SS confidence
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	T	L	E	L	N	S	I	G	S	L	E	A	R	A	N	Y	R	D	A	L	V	A	F	L	E	Q	H	K	E	K	L	D	E	D	C	K	R	R	M	Y	T	N	P	L	R	V	L	D	S	K	N	P	E	V	Q	A	L	L	N	D	A	P	A	L	G	D	Y	L	D	E	E	S	R	E	H	F	A	G	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	Q	V	S	G	Q	S	A	R	K	M	R	L	G	D	A	V	E	Q	G	V	I	N	N	T	V	L	G	Y	F	I	G	R	I	Y	L	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T														T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																												325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.								290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.		.	.	.	.	310	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.																	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.																	.
Query Sequence		C	K	L	L	E	S	A	G	I	A	Y	T	V	N	Q	R	L	V	R	G	L	D	Y	Y	N	R	T	V	F	E	W	V	T	N	S	L	G	S	Q	G	T	V	C	A	G	G	R	Y	D	.	.	.	.	.	.	.	G	L	V	E	Q	L	G	G	R	A	T	P	A	V	G	F	.	A	M	G	L	E	R	L
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.																	.
Alig confidence																											.	.																							.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Conservation																											.	.
Template Sequence		L	T	K	V	G	I	S	P	D	K	L	R	F	R	Q	H	M	E	N	A	C	D	C	W	D	.	.	A	E	S	K	T	S	Y	G	W	I	E	I	V	G	C	A	D	R	S	C	Y	D	L	S	C	H	A	R	R	F	Q	K	T	L	Y	V	E	E	V	V	P	N	V	I	E	P	S	F	R	L	G	R	I
Template Known Secondary structure						T			G	G	G																.	.						T	T												S	S		S												T	T	T
Template Predicted Secondary structure																											.	.
Template SS confidence
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.			.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440
		313	.	.	.	.	.	.														320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.			.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Query Sequence		V	L	L	V	Q	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	E	F	K	A	D	P	V	V	D	I	Y	L	V	A	S	G	.	.	A	D	T	Q	S	A	A	M	A	L	A	E	R	L	R	D	E	L	P	G	V	K	L	M	T	N	H	G	G	G	N	F	K	K	Q	F	A	R	A	D
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.																		.	.
Template Conservation																																																											.	.
Template Sequence		M	Y	T	V	F	E	H	T	F	H	V	R	E	G	D	E	Q	R	T	F	F	S	F	P	A	V	V	A	P	F	K	C	S	V	L	P	L	S	Q	N	Q	E	F	M	P	F	V	K	E	L	S	E	A	L	T	R	H	.	.	G	V	S	H	K	V	D	D	S	S	G	S	I	G	R	R	Y	A	R	T	D
Template Known Secondary structure														S	S	S	S									T	T	T	S	S		S						S	S			T	T	T														T	.	.	T										S
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.
Template SS confidence
		531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.			.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.			.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.
Query SS confidence																					.	.
Query Sequence		K	W	G	A	R	V	A	V	V	L	G	E	S	E	V	A	N	G	T	.	.	A	V	V	K	D	L	R	S	G	E	Q	T	A	V	A	Q	D	S	V	A	A	H	L	R	T	L	L
Query Conservation																					.	.
Alig confidence																					.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	I	G	V	A	F	G	V	T	I	D	F	D	T	V	N	K	T	P	H	T	A	T	L	R	D	R	D	S	M	R	Q	I	R	A	E	I	S	E	L	P	S	I	V	Q	D	L	A
Template Known Secondary structure			T	T														S	S	S								T	T	T								T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		609	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.