Job Description P60906 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:07:14 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 411 % Identity 19% Template c2j3mA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:prolyl-trna synthetase; PDBTitle: prolyl-trna synthetase from enterococcus faecalis complexed2 with atp, manganese and prolinol Resolution 2.3 Å

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	A	I	R	G	M	N	D	Y	L	P	G	E	T	A	I	W	Q	R	I	E	G	T	L	K	N	V	L	G	S	Y	G	Y	S	E	I	R	L	P	I	V	E	Q	T	P	L	F	K	R	A	I	G	E	V	T	D	V	V	E	K	E	M	Y	T	F	E	D	R	N	G	D	S	L	T	L	R	P	E	G	T
Query Conservation
Alig confidence																																																				.	.
Template Conservation																																																				.	.
Template Sequence		Q	V	A	A	G	I	Y	S	Y	L	P	L	A	N	R	V	L	E	K	L	K	T	I	M	R	E	E	F	E	K	I	D	A	V	E	M	L	M	P	A	L	L	P	A	E	L	W	K	E	S	.	.	G	R	Y	E	T	Y	G	P	N	L	Y	R	L	K	D	R	N	D	R	D	Y	I	L	G	P	T	H	E
Template Known Secondary structure					T	T																									T	T	T								S											.	.	S					S		T	T	S						T	T								S
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.
Template SS confidence
		34	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.			.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.
		86	.	.	.	90	.	.	.	.		.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.		.	.	.	.	120			.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.				.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.																						.						.	.																								.	.	.
Query SS confidence											.																						.						.	.																								.	.	.
Query Sequence		A	G	C	V	R	A	G	I	E	.	H	G	L	L	Y	N	Q	E	Q	R	L	W	Y	I	G	P	M	F	R	H	E	.	R	P	Q	K	G	.	.	R	Y	R	Q	F	H	Q	L	G	C	E	V	F	G	L	Q	G	P	D	I	D	A	E	.	.	.	L	I	M	L	T	A	R	W	W	R	A	L	G	I	S
Query Conservation											.																						.						.	.																								.	.	.
Alig confidence											.																						.						.	.																								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	T	F	T	E	L	I	R	D	E	I	N	S	Y	K	R	L	P	L	N	L	Y	Q	I	Q	T	K	Y	R	D	E	K	R	S	R	S	G	L	L	R	G	R	E	F	I	M	K	D	G	Y	S	F	H	A	D	E	A	S	L	D	Q	S	Y	R	D	Y	E	K	A	Y	S	R	I	F	E	R	C	G	L	E
Template Known Secondary structure														B	G	G	G																S				S	G	G	G	G		S												S	S																						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		112	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.																																																							.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	H	V	T	L	E	L	N	S	I	G	S	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	R	A	N	Y	R	D	A	L	V	A	F
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.
Template Sequence		.	.	F	R	A	I	I	G	D	G	G	K	D	S	K	E	F	M	A	I	S	E	I	G	E	D	T	I	C	Y	S	T	E	S	D	Y	A	A	N	L	E	M	A	T	S	L	Y	T	P	K	K	S	H	E	T	Q	L	D	L	E	K	I	A	T	P	E	V	G	T	I	A	E	V	A	N	F	F	E	V	E
Template Known Secondary structure		.	.																				T	T		S							S	S	S	S					T	T	T																							T	T			S									T
Template Predicted Secondary structure		.	.
Template SS confidence
				192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250					.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.								.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.								.	.	.
Query Sequence		L	E	Q	H	K	E	K	L	D	E	D	C	K	R	R	M	Y	T	N	P	L	R	V	L	D	S	K	N	P	E	V	Q	A	L	L	N	D	A	P	A	L	G	D	Y	L	D	E	E	S	R	E	H	F	A	G	L	C	K	L	L	E	S	A	G	I	A	.	.	.	.	Y	T	V	N	Q	R	L	.	.	.
Query Conservation																																																																				.	.	.	.								.	.	.
Alig confidence																																																																				.	.	.	.								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	Q	R	I	I	K	S	V	L	F	I	A	D	E	E	P	V	M	V	L	V	R	G	D	H	D	V	N	D	V	K	L	K	N	F	L	G	A	D	F	L	D	E	A	T	E	E	D	A	R	R	V	L	G	A	G	F	G	S	I	G	P	V	N	V	S	E	D	V	K	I	Y	A	D	L	A	V	Q	D	L
Template Known Secondary structure		T	T	T	B									T	T									T	T			B										T		S															S	S		G	G	G			S	S	S			T	T	S						G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
																			258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.																								.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	R	G	L	D	Y	Y	N	R	T	V	F	E	W	V	T	N	S	L	G	S	Q	G	T	V	C	A	G	G	R	Y	D	G	L	V	E	Q	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	N	A	I	V	G	A	N	E	D	G	Y	H	L	T	N	V	N	P	D	R	D	F	Q	P	I	S	Y	E	D	L	R	F	V	Q	E	G	D	P	S	P	D	G	N	G	V	L	A	F	T	K	G	I	E	I	G	H	I	F	K	L	G	T	R	Y	S	D	A	M	G	A	T	V	L	D	E	N	G	R	E
Template Known Secondary structure			S						S	S	T	T								B	T	T	T	B			S						B				T	T		B		T	T	S	S	S	B																	T							T						T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.							.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.				.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.																.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.																.	.	.
Query Sequence		R	A	T	P	A	V	G	F	A	M	G	L	E	R	L	V	L	L	V	Q	A	V	N	P	.	.	.	.	.	.	E	F	K	A	D	P	V	V	D	I	Y	L	V	A	S	.	.	.	G	A	D	T	Q	S	A	A	M	A	L	A	E	R	L	R	D	E	L	P	G	V	K	L	M	T	N	H	G	G	G	N
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.																.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.																.	.	.																			.	.
Template Conservation																																																																				.	.
Template Sequence		K	S	V	I	M	G	C	Y	G	I	G	V	S	R	L	L	S	A	I	V	E	Q	N	A	D	E	R	G	I	N	W	P	T	G	I	A	P	F	D	L	H	V	V	Q	M	N	V	K	D	E	Y	Q	T	K	L	S	Q	E	V	E	A	M	M	T	E	A	.	.	G	Y	E	V	L	V	D	D	R	N	E	R
Template Known Secondary structure																										B	T	T	B	S				T	T	T	S	S		S						S		T	T																		T	.	.	T								S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.
Template SS confidence
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.			500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	K	K	Q	F	A	R	A	D	K	W	G	A	R	V	A	V	V	L	G	E	S	E	V	A	N	G	T	A	V	V	K	D	L	R	S	G	E	Q	T	A	V	A	Q	D	S	V	A	A	H	L	R	T	L	L
Query Conservation
Alig confidence																											.
Template Conservation																											.
Template Sequence		A	G	V	K	F	A	D	A	D	L	I	G	C	P	I	R	I	T	V	G	K	K	A	V	D	.	G	V	V	E	V	K	I	K	R	T	G	E	M	L	E	V	R	K	E	E	L	E	S	T	L	S	I	L	M
Template Known Secondary structure													T		S						S	T	T	G	G	G	.	T							T	T	T	T							G	G	G
Template Predicted Secondary structure																											.
Template SS confidence
		512	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.		.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.