Job Description P60906 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:07:14 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 340 % Identity 15% Template c1nj8C_ PDB info PDB header:ligase Chain: C: PDB Molecule:proline-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of prolyl-trna synthetase from2 methanocaldococcus janaschii Resolution 3.20 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.					.	.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.	.
Query Sequence		M	A	K	N	I	Q	A	I	R	G	M	N	D	Y	L	P	G	E	T	A	I	W	Q	R	I	E	G	T	L	K	N	V	L	G	S	Y	G	Y	S	E	I	R	L	P	I	V	E	Q	T	P	L	F	K	R	A	I	G	E	V	T	D	V	V	E	K	E	M	Y	T	F	E	D	R	N	.	.	.	.	G	D
Query Conservation																																																																												.	.	.	.
Alig confidence																																																										.																		.	.	.	.
Template Conservation																																																										.
Template Sequence		I	Y	D	V	R	Y	P	I	K	G	C	G	V	Y	L	P	Y	G	F	K	I	R	R	Y	T	F	E	I	I	R	N	L	L	D	E	S	G	H	D	E	A	L	F	P	M	L	I	P	E	D	L	L	A	K	E	A	.	E	H	I	K	G	F	E	D	E	V	Y	W	V	T	H	G	G	K	T	Q	L	D	V
Template Known Secondary structure		S		B			S	T	T	S	S			B																							T	T								S												.	S	S	S	G	G	G	G	G	G							S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																										.
Template SS confidence
		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.		.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.
		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.		.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.		.	.	.	.	120			.	.	.	.	.	.	.	.	.		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.				.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.																					.						.	.										.															.	.	.
Query SS confidence																					.																					.						.	.										.															.	.	.
Query Sequence		S	L	T	L	R	P	E	G	T	A	G	C	V	R	A	G	I	E	H	.	G	L	L	Y	N	Q	E	Q	R	L	W	Y	I	G	P	M	F	R	H	E	.	R	P	Q	K	G	.	.	R	Y	R	Q	F	H	Q	L	G	.	C	E	V	F	G	L	Q	G	P	D	I	D	A	E	.	.	.	L	I	M	L	T
Query Conservation																					.																					.						.	.										.															.	.	.
Alig confidence																					.																					.						.	.										.															.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	L	A	L	R	P	T	S	E	T	P	I	Y	Y	M	M	K	L	W	V	K	V	H	T	D	L	P	I	K	I	Y	Q	I	V	N	T	F	R	Y	E	T	K	H	T	R	P	L	I	R	L	R	E	I	M	T	F	K	E	A	H	T	A	H	S	T	K	E	E	A	E	N	Q	V	K	E	A	I	S	I	Y
Template Known Secondary structure							S	S	S										T	T			B	T	T	S																	S			B	T	T	T	B		S	S		S										S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		95	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	W	W	R	A	L	G	I	S	E	H	V	T	L	E	L	N	S	I	G	S	L	E	A	R	A	N	Y	R	D	A	L	V	A	F	L	E	Q	H	K	E	K	L	D	E	D	C	K	R	R	M	Y	T	N	P	L	R	V	L	D	S	K	N	P	E	V	Q	A	L	L	N	D	A	P	A	L	G	D	Y
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	K	F	F	D	T	L	G	I	P	Y	L	I	S	K	R	P	E	W	D	K	F	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T										T	T	S			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	D	E	E	S	R	E	H	F	A	G	L	C	K	L	L	E	S	A	G	I	A	Y	T	V	N	Q	R	L	V	R	G	L	D	Y	Y	N	R	T	V	F	E	W	V	T	N	S	L	G	S	Q	G	T	V	C	A	G	G	R	Y	D	G	L	V	E	Q	L	G	G	R	A	T	P	A	V	G	F	A	M	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	Y	T	M	A	F	D	T	I	F	P	D	G	R	T	M	Q	I	A	T	V	H	N	L	G	.	.	.	.	.	Q	N	F	S	K	T	F	E	I	I	F	E	T	P	T	G	D	K	D	Y	A	Y	Q	T	C	Y	G	I	S	D	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S										T	T	S													.	.	.	.	.	T						T	T						T	T	S	S													T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
																				199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.						.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
		309	310	.	.	.	.	.	.				.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.						.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure										.	.	.																					.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.																					.	.	.	.	.
Query Sequence		L	E	R	L	V	L	L	V	.	.	.	Q	A	V	N	P	E	F	K	A	D	P	V	V	D	I	Y	L	V	A	S	.	.	.	.	.	G	A	D	T	Q	S	A	A	M	A	L	A	E	R	L	R	D	E	L	P	G	V	K	L	M	T	N	H	G	G	G	N	F	K	K	Q	F	A	R	A	D	K	W	G
Query Conservation										.	.	.																					.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.																					.	.	.	.	.																		.	.	.
Template Conservation																																																							.	.	.
Template Sequence		V	I	A	S	I	I	A	I	H	G	D	E	K	G	L	I	L	P	P	I	V	A	P	I	Q	V	V	I	V	P	L	I	F	K	G	K	E	D	I	V	M	E	K	A	K	E	I	Y	E	K	L	K	G	.	.	.	K	F	R	V	H	I	D	D	R	D	I	R	P	G	R	K	F	N	D	W	E	I	K	G
Template Known Secondary structure												B	T	T	B					T	T	S		S	S	S									S	S																		T	.	.	.	T	S							S		S												T	T
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.				.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	V	A	V	V	L	G	E	S	E	V	A	N	G	T	A	V	V	K	D	L	R	S	G	E	Q	T	A	V	A	Q	D	S	V	A	A	H	L	R	T	L	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	P	L	R	I	E	V	G	P	K	D	I	E	N	K	K	I	T	L	F	R	R	D	T	M	E	K	F	Q	V	D	E	T	Q	L	M	E	V	V	E	K	T	L
Template Known Secondary structure			S												T	T							T	T	T								T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.