Job Description P60906 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:07:14 GMT 2012 Rank 20 Aligned Residues 320 % Identity 15% Template c1nj2A_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:proline-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of prolyl-trna synthetase from methanothermobacter2 thermautotrophicus Resolution 3.11 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	A	K	N	I	Q	A	I	R	G	M	N	D	Y	L	P	G	E	T	A	I	W	Q	R	I	E	G	T	L	K	N	V	L	G	S	Y	G	Y	S	E	I	R	L	P	I	V	E	Q	T	P	L	F	K	R	A	I	G	E	V	T	D	V	V	E	K	E	M	Y	T	F	E	D	R	N	G	D	S	L	T	L
Query Conservation
Alig confidence																																				.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	I	D	Q	R	Y	P	V	K	G	M	H	V	W	M	P	H	G	F	M	I	R	K	N	T	L	K	I	L	R	R	I	L	D	.	R	D	H	E	E	V	L	F	P	L	L	V	P	E	D	E	L	A	E	V	Y	W	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	H	G	G	L	S	K	L	Q	R	K	L	A	L
Template Known Secondary structure								S	S	T	T																								T	.	T	T								S													.	.	.	.	.	.	.	.				S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																				.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		33	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.		.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.									.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.		.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.		.	.	.	.	120			.	.	.	.	.	.	.	.		.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.				.	.	.	.	.	150	.	.
Predicted Secondary structure																	.																					.						.	.									.																	.	.	.
Query SS confidence																	.																					.						.	.									.																	.	.	.
Query Sequence		R	P	E	G	T	A	G	C	V	R	A	G	I	E	H	.	G	L	L	Y	N	Q	E	Q	R	L	W	Y	I	G	P	M	F	R	H	E	.	R	P	Q	K	G	.	.	R	Y	R	Q	F	H	Q	L	.	G	C	E	V	F	G	L	Q	G	P	D	I	D	A	E	L	.	.	.	I	M	L	T	A	R	W	W
Query Conservation																	.																					.						.	.									.																	.	.	.
Alig confidence																	.																					.						.	.									.																	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	P	T	S	E	T	V	M	Y	P	M	F	A	L	W	V	R	S	H	T	D	L	P	M	R	F	Y	Q	V	V	N	T	F	R	Y	E	T	K	H	T	R	P	L	I	R	V	R	E	I	T	T	F	K	E	A	H	T	I	H	A	T	A	S	E	A	E	E	Q	V	E	R	A	V	E	I	Y	K	E	F	F
Template Known Secondary structure			S		T														S	T	T	T																	S			B	T	T	T	B		S													S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	L	G	I	S	E	H	V	T	L	E	L	N	S	I	G	S	L	E	A	R	A	N	Y	R	D	A	L	V	A	F	L	E	Q	H	K	E	K	L	D	E	D	C	K	R	R	M	Y	T	N	P	L	R	V	L	D	S	K	N	P	E	V	Q	A	L	L	N	D	A	P	A	L	G	D	Y	L	D	E	E
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	S	L	G	I	P	Y	L	I	T	R	R	P	P	W	D	K	F	P	G	S	E	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					T							B			T	T	T	S		T	T		S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	R	E	H	F	A	G	L	C	K	L	L	E	S	A	G	I	A	Y	T	V	N	Q	R	L	V	R	G	L	D	Y	Y	N	R	T	V	F	E	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	N	S	L	G	S	Q	G	T	V	C	A	G	G	R	Y	D	G	L	V	E	Q	L	G
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	F	D	T	L	M	P	D	G	K	T	L	Q	I	G	T	V	H	N	L	G	Q	T	F	A	R	T	F	E	I	K	F	E	T	P	E	G	D	H	E	Y	V	H	Q	T	C	Y	G	L	S	D	R	V	I	A	S	V	I	A	I	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T	S													S							T						T	T	S														T										T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																				219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.						.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.
Query Sequence		G	R	A	T	P	A	V	G	F	A	M	G	L	E	R	L	V	L	L	V	Q	A	V	N	P	E	F	K	A	D	P	V	V	D	I	Y	L	V	A	S	G	.	.	.	.	.	A	D	T	Q	S	A	A	M	A	L	A	E	R	L	R	D	E	L	P	G	V	K	L	M	T	N	H	G	G	G	N	F	K	K
Query Conservation																																											.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.																		.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.
Template Sequence		G	D	E	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	C	L	P	P	D	V	A	A	H	Q	V	V	I	V	P	I	I	F	K	K	A	A	E	E	V	M	E	A	C	R	E	L	R	S	R	L	E	A	A	.	.	G	F	R	V	H	L	D	D	R	D	I	R	A	G	R
Template Known Secondary structure				S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T	T	S	S		S								S	S	S	S																	T	T	.	.	T										S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.
Template SS confidence
		281	.	.	.	.																			.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.			.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	F	A	R	A	D	K	W	G	A	R	V	A	V	V	L	G	E	S	E	V	A	N	G	T	A	V	V	K	D	L	R	S	G	E	Q	T	A	V	A	Q	D	S	V	A	A	H	L	R	T	L	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	Y	Y	E	W	E	M	R	G	V	P	L	R	V	E	I	G	P	R	D	L	E	K	G	A	A	V	I	S	R	R	D	T	G	E	K	V	T	A	D	L	Q	G	I	E	E	T	L	R	E	L	M
Template Known Secondary structure										T		S													T							S	S	S								S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		341	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.