Job Description P60906 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:07:14 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 367 % Identity 20% Template c1ggmB_ PDB info PDB header:ligase Chain: B: PDB Molecule:protein (glycyl-trna synthetase); PDBTitle: glycyl-trna synthetase from thermus thermophilus complexed with2 glycyl-adenylate Resolution 3.40 Å

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		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.			.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	R	G	M	N	D	Y	L	P	G	E	T	A	I	W	Q	R	I	E	G	T	L	K	N	V	L	.	.	G	S	Y	G	Y	S	E	I	R	L	P	I	V	E	Q	T	P	L	F	K	R	A	I	G	E	V	T	D	V	V	E	K	E	M	Y	T	F	E	D	R	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																												.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.																							.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.
Template Sequence		L	Q	G	V	Y	D	Y	G	P	L	G	V	E	L	K	N	N	L	K	Q	A	W	W	R	R	N	V	Y	E	R	D	D	M	E	G	L	D	A	S	V	L	T	H	R	L	V	L	H	Y	S	.	.	G	H	E	A	T	F	A	D	P	M	V	D	N	A	K	A	R	Y	W	T	P	P	R	Y	F	N	M	M
Template Known Secondary structure			T	T																									T	S		S	S								S										T	.	.	S	T	T	G	G	G		S		B				S	S	S							B					S
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.
Template SS confidence
		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.			.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
													75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.			.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.				.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.																						.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.																						.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	S	L	T	L	R	P	E	G	T	A	G	C	V	R	A	G	I	E	.	.	H	G	L	L	Y	N	Q	E	Q	R	L	W	Y	I	G	P	M	F	R	H	E	.	.	.	R	P	Q	K	G	R	Y	R	Q	F	H	Q	L	G	C	E	V	F	G	L	Q	G	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.																						.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.																						.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	Q	D	L	R	G	P	R	G	G	R	G	L	L	A	Y	L	R	P	E	T	A	Q	G	I	F	V	N	F	K	N	V	L	D	A	T	S	R	K	L	G	F	G	I	A	Q	I	G	K	A	F	R	N	E	I	T	P	R	N	F	I	F	R	V	R	E	F	E	Q	M	E	I	E	Y	F	V	R	P	G	E
Template Known Secondary structure							S	S	S			G	G	G						S	S	T																			S	S														S	S		B	T	T	T	T	B		S													G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
		139	140	.			.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160				.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.																				.	.	.
Query SS confidence					.	.																				.	.	.
Query Sequence		D	I	D	.	.	A	E	L	I	M	L	T	A	R	W	W	R	A	L	G	I	S	E	H	.	.	.	V	T	L	E	L	N	S	I	G	S	L	E	A	R	A	N	Y	R	D	A	L	V	A	F	L	E	Q	H	K	E	K	L	D	E	D	C	K	R	R	M	Y	T	N	P	L	R	V	L	D	S	K	N	P
Query Conservation					.	.																				.	.	.
Alig confidence					.	.																				.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	E	Y	W	H	R	Y	W	V	E	E	R	L	K	W	W	Q	E	M	G	L	S	R	E	N	L	V	P	Y	Q	Q	P	P	E	S	S	A	H	Y	A	K	A	T	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	L	Y	R	F	P	H	G	S	L	E	L	E	G	I	A	Q	R	T	D	F
Template Known Secondary structure																				T	T			G	G	G								T	T	T			T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						S	S													S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.															.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	V	Q	A	L	L	N	D	A	P	A	L	G	D	Y	L	D	E	E	S	R	E	H	F	A	G	L	C	K	L	L	E	S	A	G	I	A	Y	T	V	N	Q	R	L	V	R	G	L	D	Y	Y	N	R	T	V	F	E	W	V	T	N	S	L	G	S	Q	G	T	V	C	A	G	G	R	Y	D	G	L	V	E
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	L	G	S	H	T	K	D	Q	E	A	L	G	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	R	V	L	R	N	E	H	S	T	Q	R	L	A	Y	R	D	P	E	T	G	K	W	F	V	P	Y	V	I	E	P	S	A	G	V	D	R	G	V	L	A	L	L	A	E
Template Known Secondary structure								T	T	T	T	T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S						S			S	S				B			S	S	S				B
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.				.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
Predicted Secondary structure																																														.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.
Query Sequence		Q	L	G	G	R	A	T	P	A	V	G	F	A	M	G	L	E	R	L	V	L	L	V	Q	A	V	N	P	E	F	K	A	D	P	V	V	D	I	Y	L	V	A	S	G	.	.	.	A	D	T	Q	S	A	A	M	A	L	A	E	R	L	R	D	E	L	P	G	V	K	L	M	T	N	H	G	G	G	N	F	K
Query Conservation																																														.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.																				.	.	.																		.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template Sequence		A	F	T	R	E	.	.	.	.	.	E	L	P	N	G	E	E	R	I	.	.	.	.	.	.	V	L	K	L	K	P	Q	L	A	P	I	K	V	A	V	I	P	L	V	K	N	R	P	E	I	T	E	Y	A	K	R	L	K	A	R	L	L	A	L	.	.	G	L	G	R	V	L	Y	E	D	T	G	N	I	G
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	B		S	S	S	S	B			.	.	.	.	.	.						G	G	G	S	S		S						S		S	S																	T	T	.	.	T	S	S								S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template SS confidence
		375	.	.	.	.						380	.	.	.	.	.	.	.	.							.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.			.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.										.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	Q	F	A	R	A	D	K	W	G	A	R	V	A	V	V	L	G	E	S	E	V	A	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	V	V	K	D	L	R	S	G	E	Q	T	A	V	A	Q	D	S	V	A	A	H	L	R	T	L	L
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	A	Y	R	R	H	D	E	V	G	T	P	F	A	V	T	V	D	Y	D	T	I	G	Q	S	K	D	G	T	T	R	L	K	D	T	V	T	V	R	D	R	D	T	M	E	Q	I	R	L	H	V	D	E	L	E	G	F	L	R	E	R	L
Template Known Secondary structure										T	T		S											S			S	S				S	S	T	T							T	T	T																			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.