Job Description P24215 Confidence 99.84% Date Thu Jan 5 11:41:18 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 238 % Identity 15% Template c3p6lA_ PDB info PDB header:isomerase Chain: A: PDB Molecule:sugar phosphate isomerase/epimerase; PDBTitle: crystal structure of a sugar phosphate isomerase/epimerase (bdi_1903)2 from parabacteroides distasonis atcc 8503 at 1.85 a resolution Resolution 1.85 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.									.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	T	W	R	W	Y	G	P	N	D	P	V	S	L	A	D	V	R	Q	A	G	A	T	G	V	V	T	A	L	H	H	I	P	N	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	V	W	S	V	E	E	I	L	K	R	K	A	I	I	E	D	A	G	L	V	W	S	V	V	E	S	V	P	I	H	E	D	I	K	T	H
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	S	Y	S	F	H	L	F	P	L	T	E	A	L	D	K	T	Q	E	L	G	L	K	Y	I	E	I	Y	P	G	H	K	L	G	G	K	W	G	D	K	V	F	D	F	N	L	D	A	Q	T	Q	K	E	I	K	E	L	A	A	S	K	G	I	K	I	V	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	T	T	S												T	T								T	T					G	G	G	T	T				S	T	T																T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		37	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	N	Y	E	Q	W	I	A	N	Y	Q	Q	T	L	R	N	L	A	Q	C	G	I	R	T	V	C	Y	N	F	M	P	V	L	D	W	T	R	T	D	L	E	Y	V	L	P	D	G	S	K	A	L	R	F	D	Q	I	E	F	A	A	F	E	M	H	I	L	K	R	P	G	A	E	A	D	Y	T	E	E	E
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	V	Y	V	A	E	K	S	S	D	W	E	K	X	F	K	F	A	K	A	X	D	L	E	F	I	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							S	S	T	T												T	T		S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	Q	A	A	E	R	F	A	T	M	S	D	E	D	K	A	R	L	T	R	N	I	I	A	G	L	P	G	A	E	E	G	Y	T	L	D	Q	F	R	K	H	L	E	L	Y	K	D	I	D	K	A	K	L	R	E	N	F	A	V	F	L	K	A	I	I	P	V	A	E	E	V	G	V	R	M	A	V	H	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	E	P	A	L	S	D	W	D	L	V	E	K	L	S	K	Q	Y	N	I	K	I	S	V	H	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					G	G	G												T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																								132	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.		.	.	.	.	.	310	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																								.
Query SS confidence																																																																								.
Query Sequence		D	D	P	P	R	P	I	L	G	L	P	R	I	V	S	T	I	E	D	M	Q	W	M	V	D	T	V	N	S	M	A	N	G	F	T	M	C	T	G	S	Y	G	V	R	A	D	N	D	L	V	D	M	I	K	Q	F	G	P	R	I	Y	F	T	H	L	R	S	T	M	R	.	E	D	N	P	K	T	F	H	E
Query Conservation																																																																								.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.														.																			.																										.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.														.																			.
Template Sequence		H	P	Q	P	S	.	.	.	.	.	.	.	D	Y	W	K	P	E	N	L	L	K	A	I	S	.	G	R	S	Q	S	L	G	S	C	S	D	V	G	H	W	R	R	E	.	G	L	N	Q	I	D	C	L	K	Q	L	K	G	R	I	I	S	L	H	F	K	D	I	A	P	K	K	A	G	E	N	E	Q	H	D
Template Known Secondary structure			S	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S									T	.	T	S		T	T													T	.	T										T	T	T															T	T		S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.														.																			.
Template SS confidence
		158	.	160	.	.								.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.		.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.		.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	H	L	N	G	D	V	D	M	Y	E	V	V	K	A	I	V	E	E	E	H	R	R	K	A	E	G	K	E	D	L	I	P	M	R	P	D	H	G	H	Q	M	L	D	D	L	K	K	K	T	N	P	G	Y	S	A	I	G	R	L	K	G	L	A	E	V	R	G	V	E	L	A	I
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	I	W	G	T	G	I	L	D	V	K	G	X	L	K	E	L	K	S	Q	N	F	K	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	F	S	I	E	Y	E	Y	N	W	E	N	S	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	K	E	C	I	Q	Y	F	N	K	T	A	N	E	I
Template Known Secondary structure				T	T	S	S	S	S												T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	T	T	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.										.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.											.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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