Job Description P06864 Confidence 97.97% Date Thu Jan 5 10:59:27 GMT 2012 Rank 114 Aligned Residues 223 % Identity 17% Template d1vffa1 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Family 1 of glycosyl hydrolase Resolution 2.50

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		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.											.	.	.	.	.	380	.							.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	R	V	E	K	D	L	Q	L	M	K	Q	H	N	I	N	S	V	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	H	Y	P	N	D	P	.	.	.	.	.	.	R	F	Y	E	L	C	D	I	Y	G	L	F	V	M	A	E	T	D	V	E	S	H	G	F	A	N	V	G	D	I	S	R	I	T	D	D	P
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.															.	.
Template Conservation																																																											.	.
Template Sequence		E	L	Y	R	D	D	I	Q	L	M	T	S	L	G	Y	N	A	Y	R	F	S	I	E	W	S	R	L	F	P	E	E	N	K	F	N	E	D	A	F	M	K	Y	R	E	I	I	D	L	L	L	T	R	G	I	T	P	L	.	.	V	T	L	H	H	F	T	S	P	L	W	F	M	K	K	G	G	F	L	R	E
Template Known Secondary structure															T															S	B	T	T	B																			T	T					.	.					S	S			B						T	T	G	G	G	S	G
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.
Template SS confidence
		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.			.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	W	E	K	V	Y	V	E	R	I	V	R	H	I	H	A	Q	K	N	H	P	S	I	I	I	W	S	L	G	N	E	S	G	Y	G	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	I	R	A	M	Y	H	A	A	K	A	L	D	D	T	R	L	V	H
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.			.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.			.	.
Template Sequence		E	N	L	K	H	W	E	K	Y	I	E	K	V	A	E	L	L	.	E	K	.	.	V	K	L	V	A	T	F	N	E	P	M	V	Y	V	M	M	G	Y	L	T	A	Y	W	P	P	F	I	R	S	P	F	K	A	F	K	V	A	A	N	L	L	K	A	H	A	I	A	Y	E	L	L	H	G	K	F	K	V	G
Template Known Secondary structure		G	G															T	.	T	T	.	.																			T	S		S	S	T	T																											T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																			.			.	.
Template SS confidence
		128	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.		.	.			.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
		474	.	.	.	.	.																																														480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	E	E	D	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	V	V	D	I	I	S	T	M	Y	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	V	K	N	I	P	I	I	L	P	A	S	D	K	E	R	D	R	K	A	A	E	K	A	D	N	L	F	N	W	H	F	L	D	A	I	W	S	G	K	Y	R	G	V	F	K	T	Y	R	I	P	Q	S	D	A	D	F	I	G	V	N	Y	Y	T	A	S	E	V	R	H	T	W	N	P	L	K	F	F	F	E
Template Known Secondary structure												S	S	S	S															T															S	S											S																S		G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
																							493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	L	M	N	E	F	G	E	Y	P	H	P	K	P	R	I	I	C	E	Y	A	H	A	M	G	N	G	P	G	G	L	T	E	Y	Q	N	V	F	Y	K	H	D	C	I	Q	G	H	Y	V	W	E	W	C	D	H	G	I	Q
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	K	L	A	D	I	S	E	R	K	T	Q	M	G	W	S	V	Y	P	K	G	I	Y	M	A	L	K	K	A	.	S	R	Y	G	R	P	L	Y	I	T	E	N	G	I	A	T	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	W	R	V	E	F	I	I	Q	H	L	Q	Y	V	H	K
Template Known Secondary structure								S	S	S			T	T						T											.	G	G	G		S												S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																															.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.		.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.																.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.
		552	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.					.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.						.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600
Predicted Secondary structure														.	.	.	.																				.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.																				.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Q	D	D	H	G	N	V	W	Y	K	F	.	.	.	.	G	G	D	Y	G	D	Y	P	N	N	Y	N	F	C	L	D	G	L	I	.	.	.	.	.	Y	S	D	Q	T	P	G	P	G	L	K	E	Y	K	Q	V	I	A
Query Conservation														.	.	.	.																				.	.	.	.	.
Alig confidence					.									.	.	.	.													.							.	.	.	.	.
Template Conservation					.																									.
Template Sequence		A	I	E	.	D	G	L	D	V	R	G	Y	F	Y	W	S	F	M	D	N	Y	E	W	K	E	G	F	G	.	P	R	F	G	L	V	E	V	D	Y	Q	T	F	E	R	R	P	R	K	S	A	Y	V	Y	G	E	I	A	R
Template Known Secondary structure					.	T	T											S	B					G	G	G	T	T		.					S					T	T	T
Template Predicted Secondary structure					.																									.
Template SS confidence
		349	350	.		.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.		.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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