Job Description P06864 Confidence 98.12% Date Thu Jan 5 10:59:27 GMT 2012 Rank 110 Aligned Residues 222 % Identity 21% Template d1e4ia_ SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Family 1 of glycosyl hydrolase Resolution 2.00

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		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.						.	.	.	380	.													.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	R	V	E	K	D	L	Q	L	M	K	Q	H	N	I	N	S	V	R	T	A	H	.	.	.	.	.	Y	P	N	D	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	F	Y	E	L	C	D	I	Y	G	L	F	V	M	A	E	T	D	V	E	S	H	G	F	A	N	V	G	D	I	S	R	I	T	D	D
Query Conservation																								.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.
Template Conservation																																																												.	.
Template Sequence		H	R	Y	E	E	D	I	R	L	M	K	E	L	G	I	R	T	Y	R	F	S	V	S	W	P	R	I	F	P	N	G	D	G	E	V	N	Q	K	G	L	D	Y	Y	H	R	V	V	D	L	L	N	D	N	G	I	E	P	F	.	.	C	T	L	Y	H	W	D	L	P	Q	A	L	Q	D	A	G	G	W	G	N
Template Known Secondary structure															T		S												S	T	T	S	S	S																				T	T					.	.					S	S			B						T	T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.
Template SS confidence
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.			.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450									.	.	.																					.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	Q	W	E	K	V	Y	V	E	R	I	V	R	H	I	H	A	Q	K	N	H	P	S	I	I	I	W	S	L	G	N	E	S	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	N	I	R	A	M	Y	H	A	A	K	A	L	D	D	T
Query Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.											.	.	.	.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.
Template Sequence		R	R	T	I	Q	A	F	V	Q	F	A	E	T	M	F	R	E	F	H	G	K	.	.	I	Q	H	W	L	T	F	N	E	P	W	C	I	A	F	L	S	N	M	L	G	V	H	A	P	G	L	T	N	L	Q	T	A	I	D	V	G	H	H	L	L	V	A	H	G	L	S	V	R	R	F	R	E	L	G	T	S
Template Known Secondary structure		T																	T	B	T	T	.	.	B																		T	S			S	T	T																														T		S
Template Predicted Secondary structure																							.	.
Template SS confidence
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.			.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	L	V	H	Y	E	E	D	R	D	A	E	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	I	I	S	T	M
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	Q	I	G	I	A	P	N	V	S	W	A	V	P	Y	S	T	S	E	E	D	K	A	A	C	A	R	T	I	S	L	H	S	D	W	F	L	Q	P	I	Y	Q	G	S	Y	P	Q	F	L	V	D	W	F	A	E	Q	G	A	T	V	P	I	Q	D	G	D	M	D	I	I	G	E	P	I	D	M	I	G	I	N
Template Known Secondary structure		S							B							S	S	S																T										S	S												T	T							T	T						T				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
		490	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	L	M	N	E	F	G	E	Y	P	H	P	K	P	R	I	I	C	E	Y	A	H	A	M	G	N	G	P	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	Y	S	M	S	V	N	R	F	N	P	E	A	G	F	L	Q	S	E	E	I	N	M	G	L	P	V	T	D	I	G	W	P	V	E	S	R	G	L	Y	E	V	L	H	Y	L	Q	K	Y	G	N	I	D	I	Y	I	T	E	N	G	A	C	I	N	D	E	V	V	N	G	K	V	Q	D	D	R	R	I	S	Y
Template Known Secondary structure												T	T	S	T	T	T	T										B		T	T	S		B			T										G	G	G	G		S																	B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.					.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.						.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	E	Y	Q	N	V	F	Y	K	H	.	.	.	.	D	C	I	Q	G	H	Y	V	W	E	W	C	D	H	G	I	Q	A	Q	D	D	H	G	N	V	W	Y	K	F	G	G	D	Y	G	D	Y	P	N	N	Y	N	F	C	L	D	G	L	I	.	.	.	.	.	Y	S	D	Q	T	P	G	P	G	L	K	E
Query Conservation													.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	Q	Q	H	L	V	Q	V	H	R	T	I	H	D	G	L	H	V	K	G	Y	M	A	W	S	L	L	D	N	F	E	W	A	E	G	Y	N	M	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	M	I	H	V	D	F	R	T	Q	V	R	T	P	K	Q	S	Y	Y	W
Template Known Secondary structure															T	T											S	B					G	G	G	G	G	G	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S					T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
		595	.	.	.	.	600
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	K	Q	V	I	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Y	R	N	V	V	S
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		435	.	.	.	.	440

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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