Job Description P06864 Confidence 99.51% Date Thu Jan 5 10:59:27 GMT 2012 Rank 58 Aligned Residues 247 % Identity 18% Template c3pzqA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:mannan endo-1,4-beta-mannosidase. glycosyl hydrolase family PDBTitle: structure of the hyperthermostable endo-1,4-beta-d-mannanase from2 thermotoga petrophila rku-1 with maltose and glycerol Resolution 1.92 Å

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		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	M	L	H	G	V	N	R	H	D	N	D	H	R	K	G	R	A	V	G	M	D	R	V	E	K	D	L	Q	L	M	K	Q	H	N	I	N	S	V	R	T	A	H	Y	P	N	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.
Template Sequence		F	R	F	I	G	S	N	.	.	.	.	.	N	Y	Y	M	H	Y	K	S	N	R	M	I	D	S	V	L	E	S	A	R	D	M	G	I	K	V	L	R	I	W	G	F	L	D	G	E	S	Y	C	R	D	K	N	T	Y	M	H	P	E	P	G	V	F	G	V	P	E	G	I	S	N	A	Q	N	G	F	E	R
Template Known Secondary structure									.	.	.	.	.		S		T	T	T	S																T											B	S								T			S	B	S	B	T	T	B		S	S		T	T			S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.
Template SS confidence
		37	.	.	40	.	.	.						.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.
			381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.										.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.									.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure		.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	P	R	F	Y	E	L	C	D	I	Y	G	L	F	V	M	A	E	T	D	V	E	S	H	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	A	N	V	G	D	I	S	R	I	T	D	D	P	Q	W	E	K	V	Y	V	E	R	I	V	R	H	I	H	A	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	K	N	H	P	S	I	I
Query Conservation		.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	Y	T	I	A	K	A	K	E	L	G	I	K	L	I	I	V	L	V	N	N	W	D	D	F	G	G	M	N	Q	Y	V	R	W	F	G	G	T	H	H	D	D	F	Y	R	D	E	R	I	K	E	E	Y	K	K	Y	V	S	F	L	I	N	H	V	N	V	Y	T	G	V	P	Y	R	E	E	P	T	I	M
Template Known Secondary structure													T									B	S	S	S	T	T	S									T	T		S	S	G	G	G	G	G	T																			B		T	T	T			B	G	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		112	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.										.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																480	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	W	S	L	G	N	E	S	G	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	N	I	R	A	M	Y	H	A	A	K	A	L	D	D	T	R	L	V	H	Y	E	E	D	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	V
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	W	E	L	A	N	E	L	R	C	E	T	D	K	S	G	N	T	L	V	E	W	V	K	E	M	S	S	Y	I	K	S	L	D	P	N	H	L	V	A	V	G	D	E	G	F	F	S	N	Y	E	G	F	K	P	Y	G	G	E	A	E	W	A	Y	N	G	W	S	G	V	D	W	K	K	L	L	S	I	E	T
Template Known Secondary structure					S		B	T				T	T		T	T	S																			S	S	S											B			T	T				G	G	G		S	G	G	G	T	B	T	T	T	S								T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
		483	.	.	.	.	.	.	490	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.			.	.	.	.	.	.	540	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.
Query Sequence		V	D	I	I	S	T	M	Y	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	L	M	N	E	F	G	E	Y	P	H	P	K	P	R	I	I	C	E	Y	A	H	A	M	G	N	G	P	G	G	L	T	E	Y	Q	N	V	F	Y	K	.	.	H	D	C	I	Q	G	H	Y	V	W
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.																														.	.
Template Conservation																																								.
Template Sequence		V	D	F	G	T	F	H	L	Y	P	S	H	W	G	V	S	P	E	N	Y	A	Q	W	G	A	K	W	I	E	D	H	I	K	I	A	K	E	I	.	G	K	P	V	V	L	E	E	Y	G	I	P	K	S	A	P	V	N	R	T	A	I	Y	R	L	W	N	D	L	V	Y	D	L	G	G	D	G	A	M	F	W
Template Known Secondary structure				S							T	T	T	T	T			G	G	G																				.	T												T	T	S	S	S																	T		S					S
Template Predicted Secondary structure																																								.
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	W	C	D	H	G	I	Q	A	Q	D	D	H	G	N	V	W	Y	K	F	G	G	D	Y	G	D	Y	P	N	N	Y	N	F	C	L	D	G	L	I	Y	S	D	Q	T	P	G	P	G	L	K	E	Y	K	Q	V	I
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	L	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	E	G	S	D	R	D	E	R	G	Y	Y	P	D	Y	D	G	F	R	I	V	N	D	D	S	P	E	A	E	L	I	R	E	Y	A	K	L	F
Template Known Secondary structure			B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B		B	T	T	B			T	T	S	B				S	S	S			B		S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		351	.	.	.														.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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