Job Description P06864 Confidence 85.73% Date Thu Jan 5 10:59:27 GMT 2012 Rank 173 Aligned Residues 268 % Identity 12% Template c3gtnA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:glucuronoxylanase xync; PDBTitle: crystal structure of xync from bacillus subtilis 168 Resolution 2.68 Å

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		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.							.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.							.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	Q	H	N	I	N	S	V	R	T	.	.	.	.	.	.	A	H	Y	P	N	D	P	R	F	Y	E	L	C	D	I	Y	G	L	F	V	M	A	E	T	D	V	E	S	H	G	F	A	N	V	G	D	I	S	R	I	T	D	.	.	.	.	.	.	D	P	Q	W	E	K	V	Y	V	E	R	I	V	R	H	I
Query Conservation												.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.																						.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.
Template Sequence		N	Q	L	G	F	S	I	L	R	I	H	V	D	E	N	R	N	N	W	Y	K	E	V	E	T	A	K	S	A	V	K	H	G	A	I	V	F	.	.	A	S	P	W	N	P	P	S	D	M	V	E	T	F	N	R	N	G	D	T	S	A	K	R	L	K	Y	N	K	Y	A	A	Y	A	Q	H	L	N	D	F	V
Template Known Secondary structure		T													S	S	T	T	S	G	G	G	G										T	T					.	.				S	S			G	G	G						S	S	S		T	T						G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																							.	.
Template SS confidence
		45	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.			.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.			.	.	450						.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.				.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.															.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.				.	.	.	.	.																			.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.				.	.	.	.	.																			.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	A	Q	K	N	H	P	S	I	I	I	W	S	L	G	.	.	N	E	S	.	.	.	.	.	G	Y	G	C	N	I	R	A	M	Y	H	A	A	K	A	L	D	D	.	.	.	T	R	L	V	H	Y	E	E	D	R	D	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	D	I	I	S	T
Query Conservation																	.	.				.	.	.	.	.																			.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.									.	.				.	.	.	.	.																			.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.
Template Sequence		T	F	M	K	N	N	.	G	V	N	L	Y	A	I	S	V	Q	N	E	P	D	Y	A	H	E	W	T	W	W	T	P	Q	E	I	L	R	F	M	R	E	N	A	G	S	I	N	A	R	V	I	A	P	E	S	F	Q	Y	L	K	N	L	S	D	P	I	L	N	D	P	Q	A	L	A	N	M	D	I	L	G	T
Template Known Secondary structure							T	.	T				S				S		S	S	T	T	S		T	T	S		B													T	T	T	T		S	S								T	T			G	G	G	T					T									S
Template Predicted Secondary structure								.
Template SS confidence
		123	.	.	.	.	.		.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
		489	490	.	.	.	.	.					.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.
Query Sequence		M	Y	T	R	V	P	L	.	.	.	.	M	N	E	F	G	E	Y	P	H	P	K	P	R	I	I	C	E	Y	A	H	A	M	G	N	G	P	G	G	L	T	E	Y	Q	N	V	F	Y	K	H	D	C	I	Q	G	H	Y	V	W	E	W	C	D	H	G	I	Q	A	Q	D	D	H	G	N	V	W	Y	K	F	G
Query Conservation									.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	L	Y	G	T	Q	V	S	Q	F	P	Y	P	L	F	K	Q	K	G	A	G	K	D	L	W	M	T	E	V	Y	Y	P	N	S	D	T	N	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	W	P	E	A	L	D	V	S	Q	H	I	H	N	A	M	V	E	G	D	F	Q	A	Y	V	W	W	Y	I
Template Known Secondary structure				T	T			G	G	G	S										T	T											S				T	T		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		T	T	T	T													T	S			S							S
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240												.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
		565	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	D	Y	G	D	Y	P	N	N	Y	N	F	C	L	D	G	L	I	Y	S	D	Q	T	P	G	P	G	L	K	E	Y	K	Q	V	I	A	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	I	H	A	R	D	L	T	R	G	E	L	K	V	E	N	K	L	W	F	T	T	L	D
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.
Template Sequence		R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	G	P	M	K	E	D	G	T	I	S	K	R	G	Y	N	M	A	H	F	S	K	F	V	R	P	G	Y	V	R	I	D	A	T	K	N	P	N	A	N	V	Y	V	S	A	Y	K	G	D	N	K	V	V	I	V	A	I	N	K	.	.	.	.	S	N	T
Template Known Secondary structure		B	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S	B		T	T	S		B												T	T	S		T	T								S			S	T	T									T	T										.	.	.	.	S	S	S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.
Template SS confidence
		271	.												.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.					.	.	.
		627	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	Y	T	L	H	A	E	V	R	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	T	L	A	T	Q	Q	I	K	L	R	D	V	A	P	N	S	E	A	P	L	Q	I	T
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation																																												.
Template Sequence		G	V	N	Q	N	F	V	L	Q	N	G	S	A	S	N	V	S	R	W	I	T	S	S	S	S	N	L	Q	P	G	T	N	L	T	V	S	G	N	H	F	W	A	.	H	L	P	A	Q	S	V	T	T	F	V	V	N
Template Known Secondary structure											S	S												T	T													S	S					.				T	T
Template Predicted Secondary structure																																												.
Template SS confidence
		336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.		.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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