Job Description P06864 Confidence 97.91% Date Thu Jan 5 10:59:27 GMT 2012 Rank 115 Aligned Residues 222 % Identity 25% Template c3fiyA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:beta-glucosidase; PDBTitle: crystal structure of bglb Resolution 1.40 Å

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		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.						.	.	.	380	.													.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	R	V	E	K	D	L	Q	L	M	K	Q	H	N	I	N	S	V	R	T	A	H	.	.	.	.	.	Y	P	N	D	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	F	Y	E	L	C	D	I	Y	G	L	F	V	M	A	E	T	D	V	E	S	H	G	F	A	N	V	G	D	I	S	R	I	T	D	D
Query Conservation																								.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Template Conservation																																																																															.	.
Template Sequence		H	R	Y	E	Q	D	L	D	L	M	R	Q	L	G	L	K	T	Y	R	F	S	I	A	W	A	R	I	Q	P	D	S	S	R	Q	I	N	Q	R	G	L	D	F	Y	R	R	L	V	E	G	L	H	K	R	D	I	L	P	M	A	T	L	Y	H	W	D	L	P	Q	W	V	E	D	E	G	G	W	L	.	.	S
Template Known Secondary structure															T		S														S	T	T																					T	T									S	S			B						T	T	G	G	G	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.
Template SS confidence
		96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.			.
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Query Sequence		P	Q	W	E	K	V	Y	V	E	R	I	V	R	H	I	H	A	Q	K	N	H	P	S	I	I	I	W	S	L	G	N	E	S	G	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	N	I	R	A	M	Y	H	A	A	K	A	L	D	D	.
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Alig confidence																							.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation																							.	.
Template Sequence		R	E	S	A	S	R	F	A	E	Y	T	H	A	L	V	A	A	L	G	D	Q	.	.	I	P	L	W	V	T	H	N	E	P	M	V	T	V	W	A	G	Y	H	M	G	L	F	A	P	G	L	K	D	P	T	L	G	G	R	V	A	H	H	L	L	L	S	H	G	Q	A	L	Q	A	F	R	A	L	S	P	A
Template Known Secondary structure		T																		G	G	G	.	.		S																	T	S		S	S	T	T					G	G	G																									T
Template Predicted Secondary structure																							.	.
Template SS confidence
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.			.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		469	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	490
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	R	L	V	H	Y	E	E	D	R	D	A	E	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	I	I	S	T	M	Y
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	S	Q	M	G	I	T	L	N	F	N	T	I	Y	P	V	S	A	E	P	A	D	V	E	A	A	R	R	M	H	S	F	Q	N	E	L	F	L	E	P	L	I	R	G	Q	Y	N	Q	A	T	L	M	A	Y	P	N	L	P	E	F	I	A	P	E	D	M	Q	T	I	S	A	P	I	D	F	L	G	V	N	Y
Template Known Secondary structure		T															S	S	S																		T	T							S	S									S	T	T	G	G	G	G			T	T						T	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
		491	.																																			.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	L	M	N	E	F	G	E	Y	P	H	P	K	P	R	I	I	C	E	Y	A	H	A	M	G	N	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	N	P	M	R	V	K	S	S	P	Q	P	P	G	I	E	V	V	Q	V	E	S	P	V	T	A	M	G	W	E	I	A	P	E	G	L	Y	D	L	L	M	G	I	T	R	T	Y	G	K	L	P	I	Y	I	T	E	N	G	A	A	F	D	D	Q	P	D	Q	S	G	Q	V	N	D	P	Q	R	V	G	Y	F
Template Known Secondary structure											S	S	T	T	S								S	S	B		T	T			B			T																S																		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
			522	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.						.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																																														.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																																																														.	.	.	.	.
Query Sequence		.	G	G	L	T	E	Y	Q	N	V	F	Y	K	H	D	C	I	Q	G	H	Y	V	W	E	W	C	D	H	G	I	Q	A	Q	D	D	H	G	N	V	W	Y	K	F	G	G	D	Y	G	D	Y	P	N	N	Y	N	F	C	L	D	G	L	I	.	.	.	.	.	Y	S	D	Q	T	P	G	P	G	L	K	E	Y
Query Conservation		.																																																														.	.	.	.	.
Alig confidence		.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.							.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Sequence		Q	G	H	I	G	A	A	R	R	A	L	A	D	G	V	D	L	R	G	Y	Y	A	W	S	L	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	F	E	W	A	E	G	Y	S	.	K	R	F	G	I	I	Y	V	D	F	E	T	Q	Q	R	T	L	K	Q	S	A	Q	W	Y
Template Known Secondary structure														T	T											S	B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				G	G	G	G	G	G	.					S					T	T	T						B
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template SS confidence
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	440	.	.	.	.	.	.	.		.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
		596	.	.	.	600
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	Q	V	I	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	D	V	I	A
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		472	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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