Job Description P06864 Confidence 69.87% Date Thu Jan 5 10:59:27 GMT 2012 Rank 187 Aligned Residues 286 % Identity 15% Template c2wnwB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:activated by transcription factor ssrb; PDBTitle: the crystal structure of srfj from salmonella typhimurium Resolution 2.00 Å

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		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.				.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.												.	.	.	380	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	G	M	D	R	V	E	K	D	L	Q	L	M	.	.	.	K	Q	H	N	I	N	S	V	R	T	A	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	N	D	P	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Y	E	L	C	D	I	Y	G	L	F	V	M	A	E	T	D
Query Conservation															.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	S	E	K	T	K	A	Q	F	L	S	L	Y	F	S	A	Q	E	H	N	Y	T	L	A	R	M	P	I	Q	S	C	D	F	S	L	G	N	Y	A	Y	V	D	S	S	A	D	L	Q	Q	G	R	L	S	F	S	R	D	E	A	H	L	I	P	L	I	S	G	A	L	R	L	N	P	H	M	K	L	M	A	S
Template Known Secondary structure		S															T	T	T	T										S			S	S	S	S	S				S			S						T	T											T												T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.				.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.		.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450								.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.																							.													.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Query SS confidence																			.	.	.																							.													.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Query Sequence		V	E	S	H	G	F	A	N	V	G	D	I	S	R	I	T	D	.	.	.	D	P	Q	W	E	K	V	Y	V	E	R	I	V	R	H	I	H	A	Q	K	N	H	.	P	S	I	I	I	W	S	L	G	N	E	S	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	G	C	N	I	R	A	M	Y	H	A	A	K	A	L	.	.
Query Conservation																			.	.	.																							.													.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Alig confidence																			.	.	.																							.													.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	W	S	P	P	A	F	M	K	T	N	N	D	M	N	G	G	G	K	L	R	R	E	C	Y	A	D	W	A	D	I	I	I	N	Y	L	L	E	Y	R	R	H	G	I	N	V	Q	A	L	S	V	Q	N	E	P	V	A	V	K	T	W	D	S	C	L	Y	S	V	E	E	E	T	A	F	A	V	Q	Y	L	R
Template Known Secondary structure			S				G	G	G	B	T	T	S		S	B	S			B	B		G	G	G																	T	T	T								S		S	S	T	T				S	S	B			B													T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
										467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.																.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.				.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	T	R	L	V	H	Y	E	E	D	R	D	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	D	I	I	S	T	M	Y	T	R	.	.	.	V	P	L	M	N	E	F	G	E	Y	P	H	P	K	P	R	I	I	C	E	Y	A	H	A	M	G	N	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	R	L	A	R	Q	G	M	D	E	M	E	I	Y	I	W	D	H	D	K	D	G	L	V	D	W	A	E	L	A	F	A	D	E	A	N	Y	K	G	I	N	G	L	A	F	H	W	Y	T	G	D	H	F	S	Q	I	Q	Y	L	A	Q	C	L	P	D	K	K	L	L	F	S	E	G	C	V	P	M	E	S	D
Template Known Secondary structure							T	T		T	T										G	G	G									T	T	S															T	T															T	T	S										B				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.
		521	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.						.	.	.	.	590	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.	.	.
Query Sequence		P	G	G	L	T	E	Y	Q	N	V	F	Y	K	H	D	C	I	Q	G	H	Y	V	W	E	W	C	D	H	G	I	Q	A	Q	D	D	H	G	N	V	W	Y	K	F	G	G	D	Y	G	D	Y	P	N	N	Y	N	F	C	L	D	G	L	I	Y	S	D	.	.	.	.	.	Q	T	P	G	P	G	L	K	E	Y
Query Conservation																																																																			.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	S	Q	I	R	H	W	H	T	Y	L	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	M	I	G	N	F	K	S	G	C	S	G	F	I	D	W	N	L	L	L	N	S	E	G	G	P	N	H	Q	G	N	L	C	E	A	P	I	Q	Y	D	A	Q	N	D	V	L	R	R	N	H	S	W	Y	G	I
Template Known Secondary structure		T	T												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T									S				T	T	S				T	T				B			S					T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		303	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.													.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
		596	.	.	.	600	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	Q	V	I	A	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	I	H	A	R	D	L	T	R	G	E	L	K	V	E	N	K	L	W	F	T	T	L	D	D	Y	T	L	H	A	E	V	R	A	E	G	E	T	L	A	T	Q	Q	I	K	L	R	D	V	A	P	N	S	E	A	P	L
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	H	F	C	R	Y	V	R	P	G	A	R	V	M	L	S	S	S	Y	D	N	L	L	E	E	V	G	F	V	N	P	D	G	E	R	V	L	V	V	Y	.	.	.	.	N	R	D	V	Q	E	R	R	C	R	V	L	D	G	D	K	E	I	A	.	.	.	.	.	.	L	T	L	P	P	S	G	A	S	T	L
Template Known Secondary structure						T	T			T	T									S	S	T	T									T	T	S								.	.	.	.			S	S	S									T	T					.	.	.	.	.	.					T	T
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410					.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.							430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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