Job Description P36928 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:53:57 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 317 % Identity 22% Template c1jcgA_ PDB info PDB header:structural protein Chain: A: PDB Molecule:rod shape-determining protein mreb; PDBTitle: mreb from thermotoga maritima, amppnp Resolution 3.10 Å

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		1	.				.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.
Query SS confidence				.	.	.
Query Sequence		M	F	.	.	.	I	G	F	D	Y	G	T	A	N	C	S	V	A	V	M	R	D	G	K	P	H	L	L	K	M	E	N	D	S	T	L	L	P	S	M	L	C	A	P	T	R	E	A	V	S	E	W	L	Y	R	H	H	D	V	P	A	D	D	D	E	T	Q	A	L	L	R	R	A	I	R	Y	N	R	E	E
Query Conservation				.	.	.
Alig confidence				.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	L	R	K	D	I	G	I	D	L	G	T	A	N	T	L	V	F	L	R	G	K	G	I	V	V	N	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	V	I	A	I	D	S	T	T	G	E	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S									S	S							T	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.		S						T	T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.										.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	I	D	V	T	A	K	S	V	Q	F	G	L	S	S	L	A	Q	Y	I	D	D	P	E	E	V	W	F	V	K	S	P	K	S	F	L	G	A	S	G	L	K	P	Q	Q	V	A	L	F	E	D	L	V	C	A	M	M	L	H	I	R	Q	Q	A	Q	A	Q	L	P	E	A	I	T	Q	A	V	I	G	R	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	V	G	L	E	A	K	N	M	I	G	K	T	P	A	T	I	K	A	I	R	P	M	R	D	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	A	D	Y	T	V	A	L	V	M	L	R	Y	F	I	N	K	A	K	G	G	M	N	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.				S					T	T	T	T	S			T	T									T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S																	T	S			S	S	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										42	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.											70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.									.
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	N	F	Q	G	L	G	G	D	E	A	N	T	Q	A	Q	G	I	L	E	R	A	A	K	R	A	G	F	R	D	V	V	F	Q	Y	E	P	V	A	A	G	L	D	Y	E	A	T	L	Q	E	E	K	R	V	L	V	V	D	I	G	G	G	T	T	D	C	S	L	L	L	M	G	P	Q	W	R	S	R	L	D
Query Conservation
Alig confidence																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	R	V	V	I	G	V	P	I	G	I	T	D	V	E	R	R	A	I	L	D	A	G	L	E	A	G	A	S	K	V	F	L	I	E	E	P	M	A	A	A	I	G	S	N	L	N	V	E	E	P	S	G	N	M	V	V	D	I	G	G	G	T	T	E	V	A	V	I	S	L	G	S	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										S	S															T	T	T		S														T	T	T			S	S	S	S	S									S	S									T	T		.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	E	A	S	L	L	G	H	S	G	C	R	I	G	G	N	D	L	D	I	A	L	A	F	K	N	L	M	P	L	L	G	M	G	G	E	T	E	K	G	I	A	L	P	I	L	P	W	W	N	A	V	A	I	N	D	V	P	A	Q	S	D	F	Y	S	S	A	N	G	R	L	L	N	D	L	V	R	D	A	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	I	V	T	W	E	S	I	R	I	A	G	D	E	M	D	E	A	I	V	Q	Y	V	R	E	T	Y	R	V	A	I	G	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.								S		S																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	P	E	K	V	A	L	L	Q	K	V	W	R	Q	R	L	S	Y	R	L	V	R	S	A	E	E	C	K	I	A	L	S	S	V	A	E	T	R	A	S	L	P	F	I	S	N	E	L	A	T	L	I	S	Q	R	G	L	E	S	A	L	S	Q	P	L	T	R	I	L	E	Q	V	Q	L	A	L	D	N	A	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	E	R	V	K	I	E	I	G	N	V	F	P	S	K	E	N	D	E	L	E	T	T	V	S	G	I	D	L	S	T	G	L	P	R	K	L	T	L	K	G	G	E	V	R	E	A	L	R	S	V	V	V	A	I	V	E	S	V	R	T	T	L	E	K	T	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											B		S							T										T	T	T	T																																	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		398	.							400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	K	.	.	.	.	.	.	P	D	V	I	Y	L	T	G	G	S	A	R	S	P	L	I	K	K	A	L	A	E	Q	L	P	G	I	P	I	A	G	G	D	D	F	G	S	V	T	A	G	L	A	R	W	A	E	V	V
Query Conservation				.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	E	L	V	S	D	I	I	E	R	G	I	F	L	T	G	G	G	S	L	L	R	G	L	D	T	L	L	Q	K	E	T	G	I	S	V	I	R	S	E	E	P	L	T	A	V	A	K	G	A	G	M	V	L	D	K	V
Template Known Secondary structure																	S	G	G	G		S	B	T											S						S	S	S	T	T									T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.