Job Description P75825 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:21:03 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 430 % Identity 18% Template c3cf4A_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:acetyl-coa decarboxylase/synthase alpha subunit; PDBTitle: structure of the codh component of the m. barkeri acds complex Resolution 2.00 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	C	V	Q	C	E	Q	T	I	R	T	P	A	G	N	G	C	S	Y	A	Q	G	M	C	G	K	T	A	E	T	S	D	L	Q	D	L	L	I	A	A	L	Q	G	L	S	A	W	A	V	K	A	R	E	Y	G	I	I	N	H	D	V	D	S	F	A	P	R	A	F	F	S	T	L	T	N	V	N	F	D	S
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	C	C	Y	C	T	Y	G	P	C	D	L	S	G	N	.	.	.	.	K	R	G	A	C	G	I	D	M	K	G	H	N	G	R	E	F	F	L	R	V	I	T	G	T	A	C	H	A	A	H	G	R	H	L	L	D	H	L	I	E	K	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S	S	T	T						T	T	T	.	.	.	.		B		T	T	S		B																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.					90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	R	I	V	G	Y	A	R	E	A	I	A	L	R	E	A	L	K	A	Q	C	L	A	V	D	A	N	A	R	V	D	N	P	M	A	D	L	Q	L	V	S	D	D	L	G	E	L	Q	R	Q	A	A	E	F	T	P	N	K	D	K	A	A	I	G	E	N	I	L	G	L	R	L	L	C	L	Y	G	L	K	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	D	L	P	L	T	L	G	Q	S	N	V	L	T	P	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	T	I	S	T	G	L	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T		B				S	S		S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																										133	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																150	.	.	.	.	.	.	.
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190		.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.					.	.	.	230	.			.	.	.
Predicted Secondary structure																															.																																					.	.	.	.						.	.
Query SS confidence																															.																																					.	.	.	.						.	.
Query Sequence		A	A	A	Y	M	E	H	A	H	V	L	G	Q	Y	D	N	D	I	Y	A	Q	Y	H	K	I	M	A	W	L	.	G	T	W	P	A	D	M	N	A	L	L	E	C	S	M	E	I	G	Q	M	N	F	K	V	M	S	I	L	D	A	G	E	T	G	K	Y	.	.	.	.	G	H	P	T	P	.	.	T	Q	V
Query Conservation																															.																																					.	.	.	.						.	.
Alig confidence															.	.	.	.													.																																					.	.	.	.						.	.
Template Conservation															.	.	.	.
Template Sequence		P	K	T	L	G	E	V	K	P	A	M	E	Y	.	.	.	.	V	E	E	Q	L	T	Q	L	L	A	T	V	H	A	G	Q	E	S	A	E	I	D	Y	D	S	K	A	L	F	S	G	S	L	D	H	V	G	M	E	I	S	D	I	V	Q	V	A	A	Y	D	F	P	K	A	D	P	E	A	P	L	V	E	I
Template Known Secondary structure				B	S	G	G	G							.	.	.	.											T	T	S	T	T	S																																	T	T				S		T	T
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.
Template SS confidence
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170					.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
		235	.	.	.	.	240			.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.					.	.	.	.	.	.	.					.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.																						.	.	.	.								.	.	.	.
Query SS confidence								.	.																						.	.	.	.								.	.	.	.
Query Sequence		N	V	K	A	T	A	.	.	G	K	C	I	L	I	S	G	H	D	L	K	D	L	Y	N	L	L	E	Q	T	.	.	.	.	E	G	T	G	V	N	V	.	.	.	.	Y	T	H	G	E	M	L	P	A	H	G	Y	P	E	L	R	K	F	K	H	L	V	G	N	Y	G	S	G	W	Q	N	Q	Q	V	E	F
Query Conservation								.	.																						.	.	.	.								.	.	.	.
Alig confidence								.	.																						.	.	.	.								.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	M	G	T	I	D	K	S	K	P	F	L	C	V	I	G	H	N	V	A	G	V	T	Y	M	M	D	Y	M	E	D	N	N	L	T	D	K	M	E	I	A	G	L	C	C	T	A	I	D	L	T	R	Y	K	E	A	D	R	R	P	P	Y	A	K	V	I	G	S	M	.	.	.	.	.	.	S	K	E	L	K
Template Known Secondary structure		S	G	G	G	S		T	T	S							S	S															T	T		T	T	T	S						S							T	T	T	T		T	T						S					S	G	.	.	.	.	.	.	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.							.	.	.	.	.
		305	.	.	.	.	310	.				.	.	.	.	.	.	.	.	320				.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.				.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	350	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.										.	.	.																		.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.										.	.	.																		.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	R	F	P	G	P	I	.	.	.	V	M	T	S	N	C	I	I	D	.	.	.	P	T	V	G	A	Y	D	D	R	I	W	T	R	S	I	V	G	.	.	.	W	P	G	V	R	H	L	D	G	D	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	S	A	V	I	T
Query Conservation									.	.	.										.	.	.																		.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.										.	.	.																		.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	I	R	S	G	M	P	D	V	I	V	V	D	E	Q	C	V	R	G	D	I	V	P	E	A	Q	K	L	K	I	P	V	I	A	S	N	P	K	I	M	Y	G	L	P	N	R	T	D	A	D	V	D	E	T	M	E	E	L	K	S	G	K	I	P	G	C	V	M	L	D	Y	D	K	L	G	E	L	C	V	R
Template Known Secondary structure						T			S						S	S	S			T	T								T	T							S	T	T			T	T			B		T	T	S											T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	A	Q	Q	M	A	G	F	P	Y	S	E	I	P	H	L	I	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	G	F	G	R	Q	T	L	L	G	A	A	D	T	L	I	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	T	M	E	M	A	P	I	R	D	A	A	G	I	T	A	L	P	T	D	E	E	L	V	N	M	V	A	K	C	A	D	C	G	A	C	L	L	A	C	P	E	E	I	D	I	P	E	A	M	G	F	A	K	K	G	D	F	S	Y	F	E	E	I	H	D	T	C	I	G	C	R	R	C	E	Q	V	C	K	K
Template Known Secondary structure													T	T				S																								T	T													T	T		T																					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
																																											391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.		.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	R	E	K	L	R	H	I	F	L	L	G	G	C	D	G	.	A	R	G	E	R	H	Y	F	T	D	F	A	T	S	V	P	D	D	C	L	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation
Template Sequence		E	I	P	I	L	N	V	I	E	K	I	A	Q	K	Q	I	A	E	E	K	G	L	M	R	A	G	R	G	Q	V	S	D	A	E	I	R	A	E	G	L	N	L	V	M	G	T	T	P	G	I	I	A	I	I	G	C	P	N	Y	A	G	G	T	K	D	V	Y	Y	I	A	E	E	F	L	K	R	N	F	I	V
Template Known Secondary structure													T						T											S																S	S	S								S					S	S		S	S												T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.											.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.														.	480	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	L	A	C	G	K	Y	R	F	N	K	L	E	F	G	D	I	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	R	L	V	D	A	G	Q	C	N	D	A	Y	S	A	I	I	L	A	V	T	L	A	E	K	L	G	C	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	N	D	L	P	L	S
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	T	T	G	C	G	A	M	D	I	G	M	F	K	D	A	D	G	K	T	L	Y	E	R	F	P	G	G	F	Q	C	G	G	L	A	N	I	G	S	C	V	S	N	A	H	I	T	G	A	A	E	K	V	A	A	I	F	A	Q	R	T	L	E	G	N	L	A	E	I	G	D	Y	I	L	N	R	V	G	A	C
Template Known Secondary structure												T	S				T	T	S							S			S	S	S	T	T							S	G	G	G	G														T	S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		548	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.
		486		.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.
Query SS confidence			.
Query Sequence		L	.	V	L	S	W	F	E	Q	K	A	I	V	I	L	L	T	L	L	S	L	G	V	K	N	I	V	T	G	P	T	A	P	G	F
Query Conservation			.
Alig confidence			.																							.
Template Conservation																										.
Template Sequence		G	L	A	W	G	A	F	S	Q	K	A	S	S	I	G	T	G	C	N	I	F	G	I	P	.	A	V	L	G	P	H	S	S	K	Y
Template Known Secondary structure					T	T			S													T	T			.					G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																										.
Template SS confidence
		628	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.		.	.	.	.	.	.	.	.	660	.