Job Description P0A6M8 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:03:34 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 296 % Identity 24% Template c3izq1_ PDB info PDB header:ribosomal protein,hydrolase Chain: 1: PDB Molecule:elongation factor 1 alpha-like protein; PDBTitle: structure of the dom34-hbs1-gdpnp complex bound to a translating2 ribosome Resolution 9.50 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.								.	.	.	.	.							.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	A	R	T	T	P	I	A	R	Y	R	N	I	G	I	S	A	H	I	D	A	G	K	T	T	T	T	E	R	I	L	F	Y	T	G	V	N	H	K	I	G	.	.	.	.	.	.	.	E	V	H	D	G	.	.	.	.	.	.	A	A	T	M	D	W	M	E	Q	E	Q	E	R	G	I	T	I	T	S	A	A
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.
Template Sequence		V	K	S	A	L	P	H	.	.	.	L	S	F	V	V	L	G	H	V	D	A	G	K	S	T	L	M	G	R	L	L	Y	D	L	N	I	V	N	Q	S	Q	L	R	K	L	Q	R	E	S	E	T	M	G	K	S	S	F	K	F	A	W	I	M	D	Q	T	N	E	E	R	E	R	G	V	T	V	S	I	C	T
Template Known Secondary structure									.	.	.									S	S	S											S		S	S		S												S	S		S	S	S	S			S	S	S												T	T	T			S		S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.				.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.								.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.		.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.																			.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.																			.
Query Sequence		T	T	A	F	W	S	G	M	A	K	Q	Y	E	P	H	R	I	N	I	I	D	T	P	G	H	V	D	F	T	I	E	V	E	R	S	M	R	V	L	D	G	A	V	M	V	Y	C	A	V	G	G	.	.	.	.	.	.	.	V	Q	P	Q	S	E	T	V	W	R	Q	A	N	K	Y	K	V	P	.	R	I	A
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.																			.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	H	F	S	T	H	R	.	.	.	.	.	.	.	A	N	F	T	I	V	D	A	P	G	H	R	D	F	V	P	N	A	I	M	G	I	S	Q	A	D	M	A	I	L	C	V	D	C	S	T	N	A	F	E	S	G	F	D	L	D	G	Q	T	K	E	H	M	L	L	A	S	S	L	G	I	H	N	L	I	I
Template Known Secondary structure							S	S	.	.	.	.	.	.	.										S	S	S							T	T	T	S	S			S									S						T	T			T	T	S											T	T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		238	.	240	.	.	.	.								.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	V	N	K	M	D	R	M	G	A	N	F	L	K	V	V	N	Q	I	K	T	R	L	G	A	N	P	V	P	L	Q	L	A	I	G	A	E	E	H	F	T	G	V	V	D	L	V	K	M	K	A	I	N	W	N	D	A	D	Q	G	V	T	F	E	Y	E	D	I	P	A	D	M	V	E	L	A	N	E	W	H
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	M	N	K	M	D	N	V	D	W	S	.	.	.	.	.	Q	Q	R	F	E	E	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	T	T	T	T	T		.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.						.	.	.	.	.	.	.
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	280	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	N	L	I	E	S	A	A	E	A	S	E	E	L	M	E	K	Y	L	G	G	E	E	L	T	E	A	E	I	K	G	A	L	R	Q	R	V	L	N	N	E	I	I	L	V	T	C	G	S	A	F	K	N	K	G	V	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	M	L	D	A
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	K	L	L	P	Y	L	V	D	I	G	F	F	E	D	N	I	N	W	V	P	I	S	G	F	S	G	E	G	V	Y	K	I	E	Y	T	D	E	V	R	Q	W	Y	N	G	P	N	L	M	S	T	L	E	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T			G	G	G								T	T	T		T	T	T	S	S		T	T	S		T	T			S			S								T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																											329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.				.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.
Query Sequence		V	I	D	Y	L	P	S	P	V	D	V	P	A	I	N	G	I	L	D	D	G	K	D	T	P	A	E	R	H	A	S	D	D	E	P	F	S	A	L	A	F	K	I	A	T	.	.	.	D	P	F	V	G	N	L	T	F	F	R	V	Y	S	G	V	V	N	S	G	D	T	V	L	N	S	V	K	A	A	R	E
Query Conservation																																															.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	A	F	K	I	S	K	E	N	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	N	K	D	D	P	F	L	F	S	V	L	E	I	I	P	S	K	K	T	S	N	D	L	A	L	V	S	G	K	L	E	S	G	S	I	Q	P	G	E	S	L	T	I	Y	P	S	E	Q	S	C
Template Known Secondary structure		S							S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S			S													S	S	S		S	S	S	S									S				T	T						T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
		359	360	.	.	.	.	.					.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.					.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.																						.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.																						.	.	.	.
Query Sequence		R	F	G	R	I	V	Q	.	.	.	.	M	H	A	N	K	R	E	E	I	K	E	V	R	A	G	D	I	A	A	A	I	.	.	.	.	G	L	K	D	V	T	T	G	D	T	L	C	D	P	D	A	P	I	I	L	E	R	M	E	F
Query Conservation									.	.	.	.																						.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.																						.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	V	D	K	I	Q	V	G	S	Q	Q	G	Q	S	T	N	H	E	E	T	D	V	A	I	K	G	D	F	V	T	L	K	L	R	K	A	Y	P	E	D	I	Q	N	G	D	L	A	A	S	V	D	Y	S	S	I	H	S	A	Q	C	F
Template Known Secondary structure									S	S			S		S	S	S									T	T								S	S			T	T	S			T	T				B		S	T	T		S				B	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.