Job Description P0A6M8 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:03:34 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 451 % Identity 33% Template c2ywfA_ PDB info PDB header:translation Chain: A: PDB Molecule:gtp-binding protein lepa; PDBTitle: crystal structure of gmppnp-bound lepa from aquifex aeolicus Resolution 2.24 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	Y	R	N	I	G	I	S	A	H	I	D	A	G	K	T	T	T	T	E	R	I	L	F	Y	T	G	V	N	H	K	I	G	E	V	H	D	G	A	A	T	M	D	W	M	E	Q	E	Q	E	R	G	I	T	I	T	S	A	A	T	T	A	F	W	S	G	M	A	K	Q	Y	E	P	H	R	I	N	I	I
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Template Sequence		K	N	V	R	N	F	C	I	I	A	H	V	D	H	G	K	S	T	L	A	D	R	L	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	T	G	A	I	G	I	T	V	K	M	Q	A	V	R	M	F	Y	K	A	K	D	G	N	T	.	.	Y	K	L	H	L	I
Template Known Secondary structure		G	G										T	T	S	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T								S		S								T	T	S			.	.
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.			.	.	.	.	.	.
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	T	P	G	H	V	D	F	T	I	E	V	E	R	S	M	R	V	L	D	G	A	V	M	V	Y	C	A	V	G	G	V	Q	P	Q	S	E	T	V	W	R	Q	A	N	K	Y	K	V	P	R	I	A	F	V	N	K	M	D	R	M	G	A	N	F	L	K	V	V	N	Q	I	K	T	R	L	G	A	N	P	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	T	P	G	H	V	D	F	S	Y	E	V	S	R	A	L	A	A	C	E	G	A	L	L	L	I	D	A	S	Q	G	I	E	A	Q	T	V	A	N	F	W	K	A	V	E	Q	D	L	V	I	I	P	V	I	N	K	I	D	L	P	S	A	D	V	D	R	V	K	K	Q	I	E	E	V	L	G	L	D	P	E
Template Known Secondary structure						S	G	G	G										T		S								T	T	T		S														T	T										T	T	S	T	T														T				G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	L	Q	L	A	I	G	A	E	E	H	F	T	G	V	V	D	L	V	K	M	K	A	I	N	W	N	D	A	D	Q	G	V	T	F	E	Y	E	D	I	P	A	D	M	V	E	L	A	N	E	W	H	Q	N	L	I	E	S	A	A	E	A	S	E	E	L	M	E	K	Y	L	G	G	E	E	L	T	E	A	E
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	K	G	A	L	R	Q	R	V	L	N	N	E	I	I	L	V	T	C	G	S	A	F	K	N	K	G	V	Q	A	M	L	D	A	V	I	D	Y	L	P	S	P	V	D	V	P	A	I	N	G	I	L	D	D	G	K	D	T	P	A	E	R	H	A	S	D	D	E	P	F	S	A	L	A	F	K	I	A	T	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	I	L	A	S	A	K	E	G	I	G	I	E	E	I	L	E	A	I	V	N	R	I	P	P	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	D	P	Q	K	P	L	K	A	L	I	F	D	S	Y	Y	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G					B	T	T	T	T	B	S												S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.					.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.
Query Sequence		P	F	V	G	N	L	T	F	F	R	V	Y	S	G	V	V	N	S	G	D	T	V	L	N	S	V	K	A	A	R	E	R	F	G	R	I	V	Q	M	H	A	N	K	R	E	E	I	K	E	V	R	A	G	D	I	A	A	A	I	.	.	.	.	G	L	K	D	V	T	T	G	D	T	L	C	D	P	D	A	P
Query Conservation																																																													.	.	.	.
Alig confidence																																								.																					.	.	.	.
Template Conservation																																								.
Template Sequence		P	Y	R	G	A	V	A	F	V	R	I	F	D	G	E	V	K	P	G	D	K	I	M	L	M	S	T	G	K	E	Y	E	V	T	E	V	G	A	.	Q	T	P	K	M	T	K	F	D	K	L	S	A	G	D	V	G	Y	I	A	A	S	I	K	D	V	R	D	I	R	I	G	D	T	I	T	H	A	K	N	P
Template Known Secondary structure		T	T	T											S				T	T						T	T	T	T											.		S	S	S					S				T	T							S					G	G	G	S		T	T						S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																								.
Template SS confidence
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.		.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
		404	.			.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.				.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.																																																			.	.	.
Query SS confidence				.	.																																																			.	.	.
Query Sequence		I	I	.	.	L	E	R	M	E	F	P	E	P	V	I	S	I	A	V	E	P	K	T	K	A	D	Q	E	K	M	G	L	A	L	G	R	L	A	K	E	D	P	S	F	R	V	W	T	D	E	E	S	N	Q	.	.	.	T	I	I	A	G	M	G	E	L	H	L	D	I	I	V	D	R	M	K	R	E	F	N
Query Conservation				.	.																																																			.	.	.
Alig confidence				.	.																																																			.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	K	E	P	V	P	G	F	Q	P	A	K	P	M	V	Y	A	G	I	Y	P	A	E	D	T	T	Y	E	E	L	R	D	A	L	E	K	Y	A	I	N	D	A	A	I	V	Y	E	P	E	S	S	P	A	L	G	M	G	F	R	V	G	F	L	G	L	L	H	M	E	I	V	Q	E	R	L	E	R	E	Y	G
Template Known Secondary structure			S	S			S																	T	T															T	T		S	S									T	T	T									S	S															S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
		479	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	E	A	N	V	G	K	P	Q	V	A	Y	R	E	T	I	R	Q	K	V	T	D	V	E	G	K	H	A	K	Q	S	G	G	R	G	Q	Y	G	H	V	V	I	D	M	Y	P	L	E	P	G	S	N	P	K	G	Y	E	F	I	N	D	I	K	G	G	V	I	P	G	E	Y	I	P	A	V	D	K	G	I	Q
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	K	I	I	T	T	A	P	N	V	I	Y	R	V	K	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		559	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	Q	L	K	A	G	P	L	A	G	Y	P	V	V	D	M	G	I	R	L	H	F	G	S	Y	H	D	V	D	S	S	E	L	A	F	K	L	A	A	S	I	A	F	K	E	G	F	K	K	A	K	P	V	L	L	E	P	I	M	K	V	E	V	E	T	P	E	E	N	T	G	D	V	I	G	D	L	S	R	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	T	D	E	V	I	E	V	R	N	P	M	D	F	P	D	N	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	I	E	Y	V	E	E	P	F	V	L	V	T	I	I	T	P	K	E	Y	V	G	P	I	I	Q	L	C	Q	E	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		S	S					S	S	G	G	G	S		S		G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G																	G	G	G											T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																							380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.										.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		639	640	.	.	.	.	.	.	.		.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.		.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.
Predicted Secondary structure											.																		.
Query SS confidence											.																		.
Query Sequence		R	G	M	L	K	G	Q	E	S	.	E	V	T	G	V	K	I	H	A	E	V	P	L	S	E	M	F	.	G	Y	A	T	Q	L	R	S	L	T	K	G	R	A	S	Y	T	M	E	F	L	K	Y	D	E	A	P
Query Conservation											.																		.
Alig confidence											.																		.
Template Conservation
Template Sequence		R	G	I	Q	K	N	M	T	Y	L	D	P	N	T	V	Y	L	E	Y	E	M	P	L	S	E	I	I	V	D	F	H	D	K	I	K	S	I	S	R	G	F	A	S	Y	D	Y	E	F	I	G	Y	R	P	S	D
Template Known Secondary structure		T											T	T																									T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.