Job Description Q47146 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:36:21 GMT 2012 Rank 23 Aligned Residues 520 % Identity 15% Template c2fonA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:peroxisomal acyl-coa oxidase 1a; PDBTitle: x-ray crystal structure of leacx1, an acyl-coa oxidase from2 lycopersicon esculentum (tomato) Resolution 2.74 Å

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		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	T	T	W	W	E	G	D	L	F	Q	G	K	P	D	W	K	K	L	H	N	Y	P	Q	P	R	L	T	A	E	E	Q	A	F	L	D	G	P	V	E	E	A	C	R	M	A	N	D	F	Q	I	T	H	E	L	A	D	L	P	P	E	L	W	A	Y	L	K	E	H	R	F	F	A	M	I	I	K	K	E	Y
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.
Template Conservation																											.	.	.
Template Sequence		G	V	D	Y	L	A	D	E	R	K	K	A	G	F	D	V	D	E	M	K	I	V	W	A	G	.	.	.	S	R	H	D	F	E	L	T	D	R	I	S	K	L	V	A	S	D	P	G	F	S	K	E	G	R	T	M	L	P	R	K	E	L	F	K	N	T	L	R	K	A	A	Y	A	W	K	R	I	I	E	L
Template Known Secondary structure					T	T					T	T			S											T	.	.	.	S																T		G	G	G			T	T	G	G	G	S																							T
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.				.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	G	L	E	F	S	A	Y	A	Q	S	R	V	L	Q	K	L	S	G	V	S	G	I	L	A	I	T	V	G	V	P	N	S	L	G	P	G	E	L	L	Q	H	Y	G	T	D	E	Q	K	D	H	Y	L	P	R	L	A	R	G	Q	E	I	P	C	F	A	L	T	S	P	E	A	G	S	D	A	G	A	I	P
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Sequence		R	L	S	Q	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	M	L	R	R	Y	V	D	E	P	A	F	T	D	L	H	W	G	M	F	.	I	P	A	I	K	G	Q	G	T	D	K	Q	Q	E	K	W	L	P	L	A	Y	K	M	Q	I	I	G	C	Y	A	Q	T	E	L	G	H	G	S	N	V	Q	G	L	E
Template Known Secondary structure		T						.	.	.	.	.	.	.	.													T							T		.								S														T	T	S	S								B	S	S		S	S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template SS confidence
		80	.	.	.	.	.									.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.		.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.						.	.	.	.	.	280	.	.		.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.								.	.	.	320
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.									.																																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.									.																																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	T	G	I	V	C	M	G	E	W	Q	G	Q	Q	V	L	G	M	R	L	T	.	.	.	.	.	W	N	K	R	Y	I	T	L	.	A	P	I	A	T	V	L	G	L	A	F	K	L	S	D	P	E	K	L	L	G	G	A	E	D	L	G	I	T	C	A	L	I	P	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	P
Query Conservation																							.	.	.	.	.									.																																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.									.																.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	T	A	T	F	D	P	Q	T	D	.	.	.	.	.	.	E	F	V	I	H	S	P	T	L	T	S	S	K	W	W	P	G	G	L	G	K	V	S	T	H	A	V	V	Y	A	R	L	I	T	.	.	.	.	.	.	D	G	K	D	Y	G	V	N	G	F	I	V	Q	L	R	S	L	E	D	H	K	P	L	P
Template Known Secondary structure								T	T	T	T	.	.	.	.	.	.								S	G	G	G	S						T	T	T	T	T		S											.	.	.	.	.	.	T	T													B		T	T	T			B		T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160							.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.							.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.					.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.										360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	E	I	G	R	R	H	F	P	L	N	V	P	.	.	.	.	F	Q	N	G	P	T	R	G	K	D	V	F	V	P	I	D	Y	I	I	G	G	P	K	M	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	G	W	R	M	L	V	E	C	L	S	V	G	R	G	I	T	L	P	S	N	S	T	G	G	V	K
Query Conservation																.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation																																																																					.
Template Sequence		G	V	T	V	G	D	I	G	M	K	F	G	N	G	A	Y	N	S	M	D	N	G	V	L	S	F	D	H	V	R	I	P	R	D	Q	M	L	M	R	V	S	Q	V	T	K	E	G	K	Y	V	Q	S	D	I	P	R	Q	L	L	Y	G	T	M	V	Y	V	R	.	Q	S	I	V	A	D	A	S	L	A	M	S
Template Known Secondary structure		T										S	S	S	S	G	G	G	G	S								S	S					G	G	G	B			S	S					T	T	S						S	S		G	G	G	T	T	T	T	T					.
Template Predicted Secondary structure																																																																					.
Template SS confidence
		219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.		.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.								.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.													.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	V	A	L	A	T	G	A	Y	A	H	I	R	R	Q	F	K	I	.	.	.	.	.	.	.	S	I	G	K	M	E	G	I	E	E	P	L	A	R	I	A	G	N	A	Y	V	M	D	A	A	A	S	L	I	T	Y	G	I	M	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	P	A	V	L	S
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	A	V	C	I	A	T	R	Y	S	A	V	R	R	Q	F	G	S	Q	N	G	G	Q	E	T	Q	V	I	D	Y	K	T	Q	Q	N	R	L	F	P	L	L	A	S	A	Y	A	F	R	F	V	G	E	W	L	K	W	L	Y	T	D	V	T	Q	R	L	A	A	N	D	F	S	T	L	P	E	A	H	A	C	T
Template Known Secondary structure															B		S			S	T	T					B	G	G	G	S																																					T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	I	V	K	Y	H	C	T	H	R	G	Q	Q	S	I	I	D	A	M	D	I	T	G	G	K	G	I	M	L	G	Q	S	N	F	L	A	R	A	Y	Q	G	A	P	I	A	I	T	V	E	G	A	N	I	L	T	R	S	M	M	I	F	G	Q	G	A	I	R	C	H	P	Y	V	L	E	E	M	E	A	A	K
Query Conservation
Alig confidence																															.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	L	K	S	L	T	T	S	A	T	A	D	G	I	E	E	C	R	K	L	C	G	G	H	G	Y	L	C	.	.	S	S	G	L	P	E	L	F	A	V	Y	V	P	A	C	T	Y	E	G	D	N	V	V	L	Q	L	Q	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	R	F	L	M	K	T	I	S	Q	L	G
Template Known Secondary structure																							T	G	G	G	G	G	S	G	.	.	G	G	S									G	G	G	G	T	S	S	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.			.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.										.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
		529	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		N	N	D	V	N	A	F	D	K	L	L	F	K	H	I	G	H	V	G	S	N	K	V	R	S	F	W	L	G	L	T	R	G	L	T	S	S	T	P	T	G	D	A	T	K	R	Y	Y	Q	H	L	N	R	L	S	A	N	L	A	L	L	S	D	V	S	M	A	V	L	G	G	S	L	K	R	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	G	K	K	P	V	G	T	V	S	Y	M	G	R	I	E	H	L	M	Q	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	D	V	K	Q	A	E	D	W	L	K	P	S	A	V	L	E	A	F	E	A	R	S	A	R	M	S	V	A	C	A	K	N	L	S	K	F	E	N	Q	E	E	G	F	A
Template Known Secondary structure		S	S					G	G	G	G	G	G	T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						S	G	G	G	G	G	S																								T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.														.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
			604	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.		.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.
Predicted Secondary structure		.																													.
Query SS confidence		.																													.
Query Sequence		.	R	E	R	I	S	A	R	L	G	D	I	L	S	Q	L	Y	L	A	S	A	V	L	K	R	Y	D	D	E	.	G	R	N	E	A	D	L	P	L	V	H	W	G	V	Q	D	A	L	Y	Q	A	E	Q	A	M	D	D	L	L	Q	N
Query Conservation		.																													.
Alig confidence		.																													.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	A	A	D	L	V	E	A	A	V	A	H	C	Q	L	I	V	V	S	K	Y	I	E	K	L	Q	Q	N	I	P	G	K	G	V	K	Q	Q	L	E	V	L	C	G	I	Y	S	L	F	I	L	H	K	H	Q	G	D	F	L	G	T
Template Known Secondary structure			T																								T	T	S				S	T	T																				T							T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		514	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.