Job Description P39349 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:59:38 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 246 % Identity 16% Template c2zktB_ PDB info PDB header:isomerase Chain: B: PDB Molecule:2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate PDBTitle: structure of ph0037 protein from pyrococcus horikoshii Resolution 2.40 Å

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		91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.					.	.	.	.	.	.	120	.	.	.			.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.												.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.											.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.											.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Query Sequence		Y	D	T	I	V	I	V	T	G	E	S	V	R	R	D	Y	M	S	V	Y	D	Y	P	.	.	.	.	V	P	T	T	P	W	L	N	T	A	.	.	P	G	L	F	I	D	D	Y	T	S	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	T	V	S	S	L	S	R	T	L	I	Y	D	Y	E	.	.
Query Conservation																									.	.	.	.											.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.											.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	R	K	G	L	L	I	I	L	D	G	L	G	D	R	P	I	K	E	L	N	G	L	T	P	L	E	Y	A	N	T	P	N	M	D	K	L	A	E	I	G	I	L	G	Q	Q	D	P	I	K	P	G	Q	P	A	G	S	D	T	A	H	L	S	I	F	G	Y	D	P	Y	E	T	Y	R	G	R	G	F	F	E
Template Known Secondary structure											T	T	B	B				B	G	G	G	T	T	B						S												S							S	S	S	T	T													T	T										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
																												152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	N	P	D	S	G	N	N	V	V	A	L	A	A	K	A	G	Y	S	T	W	W	I	S	N	Q	G	K	L	G	E	H	D	T	R	I	S	V	I	A	S	D	A	E	H	A	T	F	L	K	K	G	S	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	L	G	V	G	L	D	L	S	K	D	D	L	A	F	R	V	N	F	A	T	L	E	N	A	R	A	I	Q	E	E	V	D	I	G	V	D	F	I	F	K	T	G	H	R	A	V	L	V	L	K	G	M	S	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	K	V	G	D	N	D	P	H	E	A	G
Template Known Secondary structure					T	T					T	T																																		S	S								S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T		G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.													140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
		206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.														.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	R	K	T	D	D	K	L	L	L	Q	E	T	E	R	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	T	S	S	P	K	I	I	F	L	H	M	M	G	S	H	P	N	P	C	D	S	L	N	S	X	P	N	N	Y	L	E	Q	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	P	P	S	K	K	V	A	E	I	L	E	E	F	V	K	K	A	Q	E	V	L	E	K	H	P	I	N	E	R	R	R	K	E	G	K	P	I	A	N	Y	L	L	I	R	G	A	G	T	Y	P	N	I	P	M	K	F	T	E	Q	W	K	V	K	A	A	G	V	I	A	V	A	L	V	K	G	V	A	R	A
Template Known Secondary structure																								T	T	S									T	T															S				S	S							T									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
																																																		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	R	K	I	A	C	Y	L	A	S	I	S	K	L	D	N	F	L	G	Q	L	D	G	I	L	R	R	Y	S	R	H	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template Conservation																																																																												.	.
Template Sequence		V	G	F	D	V	Y	T	P	E	G	A	T	G	E	Y	N	T	N	E	M	A	K	A	K	K	A	V	E	L	L	K	D	Y	D	F	V	F	L	H	F	K	P	T	D	A	A	G	H	D	N	K	P	K	L	K	A	E	L	I	E	R	A	D	R	M	I	G	Y	I	L	D	H	V	D	.	.	L	E	E	V
Template Known Secondary structure		T	T							T	T			S	S	T	T															T	T		S															T	T																					T	T			.	.	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.
Template SS confidence
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.			.	.	.	.
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.												.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	M	L	Y	F	S	G	L	G	L	S	V	S	D	S	A	N	P	V	H	H	Y	G	H	V	Q	G	G	Y	S	V	P	L	I	I	T	A	S	D	I	T	S	H	Q	P	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	K	I	S	A	R	H	F	A	G	I	F	Q	W	M	T	G	I	C	T	E	N
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	I	A	I	T	G	D	H	S	T	P	C	E	V	M	N	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	D	P	V	P	L	L	I	A	G	G	G	V	R	T	D	D	T	K	R	F	G	E	R	E	A	M	K	G	G	L	G	R	I	R	G	H	D	I	V	P	I	M	M	D	L	M	N	R	S	E	K	F
Template Known Secondary structure								S	S	B			T	T	T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	B										S	T	T					S			S		S					T	T		T	T					G	G	G									T	T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.										.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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