Job Description P50456 Confidence 99.13% Date Thu Jan 5 12:04:43 GMT 2012 Rank 53 Aligned Residues 277 % Identity 18% Template c2dpnB_ PDB info PDB header:transferase Chain: B: PDB Molecule:glycerol kinase; PDBTitle: crystal structure of the glycerol kinase from thermus2 thermophilus hb8 Resolution 2.80 Å

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		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.										120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	Y	L	S	L	R	I	S	R	G	E	I	F	L	A	L	R	D	L	S	S	K	L	V	V	E	E	S	Q	E	L	A	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	L	P	L	L	D	R	I	I	S	H	I	D	Q	F	F	I	R	H	Q	K	K	L	E	R	L	T	S	I	A	I	T	L	P	G	I
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	L	L	A	L	D	Q	G	T	T	S	S	R	A	I	L	F	T	L	E	G	R	P	V	A	V	A	K	R	E	F	R	Q	L	Y	P	K	P	G	W	V	E	H	D	P	L	E	I	W	E	T	T	L	W	A	A	R	E	V	L	R	R	A	G	A	E	A	G	E	V	L	A	L	G	I	T	N	Q	R	E
Template Known Secondary structure										S	S									S	S	S													B		S	S	T	T																									T			T	T	T										S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
						157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	I	D	T	E	N	G	I	V	H	R	M	P	F	Y	E	D	V	K	E	M	P	L	G	E	A	L	E	Q	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.															.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.
Template Sequence		T	T	L	L	W	D	R	K	T	G	K	P	L	H	N	A	I	V	.	.	W	Q	D	R	R	T	T	P	L	C	E	A	L	R	A	K	G	L	E	P	L	F	R	E	R	T	G	L	L	F	D	P	Y	F	S	G	T	K	L	V	W	L	L	E	N	V	P	G	L	K	A	R	A	E	G	G	G	V	A	F
Template Known Secondary structure								T	T	T	T			S	S					.	.	T	T														T	T							T	T	T	S			S		S	S	S												S	T	T					T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																				.	.
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100			.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
																																																																									186	.	.	.	190	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	V	P	V	Y	I	Q	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Conservation
Template Sequence		G	T	V	D	T	W	L	I	W	N	L	T	G	G	K	V	H	A	T	D	P	T	N	A	S	R	T	L	L	F	N	L	H	T	L	A	W	D	P	E	L	L	E	A	L	G	I	P	A	A	L	L	P	E	V	R	P	S	D	G	D	F	G	E	T	L	P	E	L	L	G	A	P	V	P	I	R	G	V	L
Template Known Secondary structure													T	T	T	S				B							T	S	T	T	B		S	S	S	S	S	B								T				T	T	S				B			T	T	S				B							S	S			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.		.	.	.	.	.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																															.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	D	I	S	A	W	T	M	A	E	A	L	F	G	A	S	R	G	A	R	D	V	I	Q	V	V	I	D	H	N	V	G	A	G	V	I	T	D	G	H	L	L	H	A	G	S	S	S	L	V	E	I	G	H	T	Q	V	D	P	Y	G	.	K	R	C	Y	C	G	N	H	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																															.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.																																																.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	Q	Q	A	A	L	F	G	.	.	.	.	.	Q	A	A	L	G	G	G	E	G	K	C	T	Y	G	T	G	A	F	L	L	L	N	T	G	K	R	P	V	L	S	E	K	G	L	L	A	T	V	A	W	S	L	G	G	R	A	T	Y	A	L	E	G	S	L	F	V	A	G	A	A	V	G	W	L	K	E
Template Known Secondary structure											.	.	.	.	.	T	T			S	T	T							S	S	S									S	S					S	S	S										T	T											S		S	T								T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.						250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
				264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	C	L	E	T	I	A	S	V	D	S	I	L	E	L	A	Q	L	R	L	N	Q	S	M	S	S	M	L	H	G	Q	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	T	V	D	S	L	C	Q	A	A	L	R	G	D	L	L	A	K	D	I	I	T	G	V	G	A	H	V	G
Query Conservation		.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	G	L	I	R	E	S	A	E	V	E	A	L	A	A	S	V	E	D	T	G	D	V	Y	F	V	P	A	F	T	G	L	G	A	P	Y	W	D	P	Y	A	R	G	T	L	L	G	L	T	R	G	T	S	R	A	H	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	R	A	A	L	E	G	V	A	F	Q	V	R
Template Known Secondary structure		T	T	S	S	S	S	T	T	T					G	G	G		S	S		S	S							T	T				T	T	T			T	T										T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.											.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
		324	.	.	.	.	.	330	.	.			.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
Predicted Secondary structure											.	.
Query SS confidence											.	.
Query Sequence		R	I	L	A	I	M	V	N	L	.	.	F	N	P	Q	K	I	L	I	G	S	P	L	S	K	A	A	D	I	L	F	P	V	I	S	D	S	I	R	Q	Q	A	L	P	A	Y	S	Q	H	I	S	V	E	S	T	Q	F	S	N	Q	G	T	M	A	G	A	A	L	V	K
Query Conservation											.	.
Alig confidence											.	.															.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Conservation																											.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Sequence		D	V	V	L	A	M	E	E	E	A	G	V	R	L	K	V	L	K	A	D	G	G	M	A	Q	.	N	R	L	F	L	K	I	Q	A	D	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	P	V	A	V	P	E	V	.	T	E	T	T	A	L	G	A	A	L	M	A
Template Known Secondary structure										S	S	S										S	G	G	G	G	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S						S		.
Template Predicted Secondary structure																											.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template SS confidence
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410		.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.											.	.	.	.	.	.	.	430	.		.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.