Job Description P31455 Confidence 99.96% Date Thu Jan 5 11:47:46 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 377 % Identity 16% Template c3iytG_ PDB info PDB header:apoptosis Chain: G: PDB Molecule:apoptotic protease-activating factor 1; PDBTitle: structure of an apoptosome-procaspase-9 card complex Resolution 9.50 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	I	T	F	A	P	R	N	H	L	L	T	N	T	N	T	W	T	P	D	S	Q	W	L	V	F	D	V	R	P	S	G	A	S	F	T	G	E	T	I	E	R	V	N	I	H	T	G	E	V	E	V	I	Y	R	A	S	Q	G	A	H	V	G	V	V	T	V	H	P	K	S	E	K	Y	V	F	I	H	G	P
Query Conservation
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.																		.																				.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.																		.																				.
Template Sequence		M	L	Y	L	E	W	I	N	K	K	A	V	Y	H	A	C	F	S	E	D	G	Q	R	I	A	S	C	G	A	D	K	.	.	.	.	.	.	.	T	L	Q	V	F	K	A	E	T	G	E	K	L	L	E	I	K	.	A	H	E	D	E	V	L	C	C	A	F	S	T	D	D	R	F	I	A	.	T	C	S	V
Template Known Secondary structure			B																	S	S	S	S							T	T	S	.	.	.	.	.	.	.							T	T	T									.			S	S									S	S	S	S				.				T
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.																		.																				.
Template SS confidence
		592	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.								.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.		640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.		.	660	.	.
		94	.	.	.	.	.	100	.																						.	.	.	.	.	.				.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.
Query Sequence		E	N	P	D	E	T	W	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	F	H	H	R	.	.	.	R	G	V	I	V	E	G	G	K	M	S	N	L	D	A	M	D	I	T	A	P	Y	T	P	G	V	L	R	G	G	S	H	V	H	V	F	S	P	N	G	E	R
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	K	K	V	K	I	W	N	S	M	T	G	E	L	V	H	T	Y	D	E	H	S	E	Q	V	N	C	C	H	F	T	N	S	S	H	H	L	L	L	A	T	G	S	S	D	C	F	L	K	L	W	D	L	N	Q	K	E	C	R	N	T	M	F	G	H	T	N	S	V	N	H	C	R	F	S	P	D	D	K	L
Template Known Secondary structure		T								T	T	S	S										S	S									S	S	S	S	S	S							T	T	S							T	T	T											S	S									S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		678	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.
		150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	S	F	T	Y	N	D	H	V	M	H	E	L	D	P	A	L	D	L	R	N	V	G	V	A	A	P	F	G	P	V	N	V	Q	K	Q	H	P	R	E	Y	S	G	S	H	W	C	V	L	V	S	K	T	T	P	T	P	Q	P	G	S	D	E	I	N	R	A	Y	E	E	G	W	V	G	N	H	A	L	A	F
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	S	C	S	A	D	G	T	L	K	L	W	D	A	T	S	A	N	E	R	K	S	I	N	V	K	Q	F	F	L	N	L	E	D	P	Q	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	I	M	V	A	A	K	N	K	I	F	L	F	D	I	H	T	S	G	L	L	G	E	I	H	T	G	H	H	S	T	I
Template Known Secondary structure							T	T	S							S	S	S											S	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	S							S	S	S	T	T										S	S
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		758	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.											.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.
		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.				.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	G	D	T	L	S	P	K	G	E	K	V	P	E	L	F	.	.	.	I	V	E	L	P	Q	D	E	A	G	W	K	A	A	G	D	A	P	L	S	G	T	E	T	T	L	P	A	P	P	R	G	V	V	Q	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																		.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	Y	C	D	F	S	P	Q	N	H	L	A	V	V	A	L	S	Q	Y	C	V	E	L	W	N	T	D	S	R	S	K	V	A	D	C	R	G	H	L	S	W	V	H	G	V	M	F	S	P	D	G	S	S	F	L	T	S	S	D	D	Q	T	I	R	L	W	E	T	K	K	V	C	K	N	S	A	V	M	V	F
Template Known Secondary structure								S	S	S	S							T	T	T							T	G	G	G										S	S									S	S	S	S							T	T			B		B		S	S		S	S					B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		844	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	E	N	E	V	M	V	L	A	V	D	H	I	R	R	L	Q	L	I	N	G	R	T	G	Q	I	D	Y	L	T	E	A	Q	V	S	C	C	C	L	S	P	H	L	Q	Y	I	A	F	G	D	E	N	G	A	I	E	I	L	E	L	V	N	N	R	I	F	Q	S	R	F	Q	H	K	K	T	V	W	H	I	Q
Template Known Secondary structure					S	S	S	S							T	T	T							S	S	S								S	S	S								S	S		S							S	S								S	T	T											S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		931	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010
																																																														282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	T	F	T	H	H	R	A	Y	P	G	L	V	N	V	P	R	H	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	T	A	D	E	K	T	L	I	S	S	S	D	D	A	E	I	Q	V	W	N	W	Q	L	D	K	C	I	F	L	R	G	H	Q	E	T	V	K	D	F	R	L	L	K	N	S	R	L	L	S	W	S	F	D	G	T	V	K	V	W	N	I	I	T	G	N	K	E	K	D	F	V	C	H	Q	G	T	V	L	S
Template Known Secondary structure						S	S	S	S							S	S								T	T	T		S		S													S		S	S	S	S							G	G	G							S	S		S	S		S							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1011	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.		.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure																																																														.
Query SS confidence																																																														.
Query Sequence		V	R	C	N	P	Q	G	T	Q	I	A	F	L	M	R	D	D	N	G	I	V	Q	L	W	L	I	S	P	Q	G	G	E	P	R	Q	L	T	H	N	K	T	D	I	Q	S	A	F	N	W	H	P	S	G	E	W	L	G	F	V	L	.	D	N	R	I	A	C	A	H	A	Q	S	G	E	V	E	Y	L	T	E
Query Conservation																																																														.
Alig confidence																				.	.	.	.																																							.
Template Conservation																				.	.	.	.
Template Sequence		C	D	I	S	H	D	A	T	K	F	S	S	T	S	A	D	K	T	.	.	.	.	A	K	I	W	S	F	D	L	L	L	P	L	H	E	L	R	G	H	N	G	C	V	R	C	S	A	F	S	V	D	S	T	L	L	A	T	G	D	D	N	G	E	I	R	I	W	N	V	S	N	G	E	L	L	H	L	C	A
Template Known Secondary structure								T	T	T	T							T	T	.	.	.	.	S							S	S	S	S			S							S	S									T	T	T	T							T	T		B						T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.
Template SS confidence
		1091	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.					.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.
		381	.	.							.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	H	A	.	.	.	.	.	.	N	S	P	S	A	D	A	V	V	F	S	P	D	G	Q	W	L	A	W	M	E	G	G	Q	L	W	I	T	E	T	D
Query Conservation					.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.																						.
Template Conservation																																.
Template Sequence		P	L	S	E	E	G	A	A	T	H	G	G	W	V	T	D	L	C	F	S	P	D	G	K	M	L	I	S	A	G	.	G	Y	I	K	W	W	N	V	V
Template Known Secondary structure			B		T	T		S	S	S	S	S	S											T	T	S	S					.		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																.
Template SS confidence
		1167	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.		.	.	.	1200	.	.	.	.	.