Job Description P31455 Confidence 99.68% Date Thu Jan 5 11:47:46 GMT 2012 Rank 95 Aligned Residues 318 % Identity 13% Template c3greA_ PDB info PDB header:signaling protein,protein binding Chain: A: PDB Molecule:serine/threonine-protein kinase vps15; PDBTitle: crystal structure of saccharomyces cerevisiae vps15 wd2 repeat domain Resolution 1.80 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.		.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.		.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70					.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure																.														.																																				.	.	.	.
Query SS confidence																.														.																																				.	.	.	.
Query Sequence		D	R	A	M	K	Q	I	T	F	A	P	R	N	H	.	L	L	T	N	T	N	T	W	T	P	D	S	Q	.	W	L	V	F	D	V	R	P	S	G	A	S	F	T	G	E	T	I	E	R	V	N	I	H	T	G	E	V	E	V	I	Y	R	A	S	.	.	.	.	Q	G	A	H	V	G	V	V	T	V	H	P
Query Conservation																.														.																																				.	.	.	.
Alig confidence																.														.										.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	R	G	K	L	I	A	T	L	M	E	N	E	P	N	S	I	T	S	S	A	V	S	P	G	E	T	P	Y	L	I	T	G	S	D	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	V	I	K	I	W	N	L	K	E	I	I	V	G	E	V	Y	S	S	S	L	T	Y	D	C	S	S	T	V	T	Q	I	T	M	I	P
Template Known Secondary structure		G											T	T	T	T	S										S	S	S								T	T	S	.	.	.	.	.	.	.												T	T				S		S						S	S									T
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1066	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.								.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	S	E	K	Y	V	F	I	H	G	P	E	N	P	D	E	T	W	H	Y	D	F	H	H	R	R	G	V	I	V	E	G	G	K	M	S	N	L	D	A	M	D	I	T	A	P	Y	T	P	G	V	L	R	G	G	S	H	V	H	V	F	S	P	N	G	E	R	V	S	F	T	Y	N	D	H	V	M	H	E	L
Query Conservation
Alig confidence								.																														.	.	.
Template Conservation								.																														.	.	.
Template Sequence		N	F	D	A	F	A	.	V	S	S	K	D	G	Q	I	I	V	L	K	V	N	H	Y	Q	Q	E	S	E	V	K	F	L	N	C	E	C	.	.	.	I	R	K	I	N	L	K	N	F	G	K	N	E	Y	A	V	R	M	R	A	F	V	N	E	E	K	S	L	L	V	A	L	T	N	L	S	R	V	I	I	F
Template Known Secondary structure		T	S	S				.				T	T	S													T	T										.	.	.						G	G	G	G	S	S													S	S									T	T	S
Template Predicted Secondary structure								.																														.	.	.
Template SS confidence
		1139	1140	.	.	.	.		.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.				.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	P	A	L	D	L	R	N	V	G	V	A	A	P	F	G	P	V	N	V	Q	K	Q	H	P	R	E	Y	S	G	S	H	W	C	V	L	V	S	K	T	T	P	T	P	Q	P	G	S	D	E	I	N	R	A	Y	E	E	G	W	V	G	N	H	A	L	A	F	I	G	D	T	L	S	P	K	G	E	K	V	P
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	I	R	T	L	E	R	L	Q	I	I	E	N	S	P	R	H	G	A	V	S	S	I	C	I	D	E	E	C	.	.	.	.	C	V	L	I	L	G	T	T	R	G	I	I	D	I	W	D	I	R	F	N	V	L	I	R	S	W	S	F	G	D	H	A	P	I	T	H	V	E	V	C	Q	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	T											G	G	G										T	T	S	.	.	.	.								T	T	S							T	T	T	T							B		T	T											T	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1215	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.					.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	L	F	I	V	E	L	P	Q	D	E	A	G	W	K	A	A	G	D	A	P	L	S	G	T	E	T	T	L	P	A	P	P	R	G	V	V	Q	R	R	L	T	F	T	H	H	R	A	Y	P	G	L	V	N	V	P	R	H	W	V	R	C	N	P	Q	G	T	Q	I	A	F	L	M	R	D	D	N	G	I	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Y	G	K	N	S	V	I	V	V	G	G	S	S	K	T	F	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T		T	T								S	T	T			.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.
Template SS confidence
																																																														1285	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	360	.		.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Query Sequence		Q	L	W	L	I	S	P	Q	G	G	E	P	R	Q	L	T	H	N	K	T	D	I	Q	S	A	F	N	W	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	G	E	W	L	G	F	V	L	.	D	N	R	I	A	C	A	H	A	Q	S	G	E	V	E
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Alig confidence		.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	L	T	I	W	N	F	V	K	G	H	C	Q	Y	A	F	I	N	S	D	E	Q	P	S	M	E	H	F	L	P	I	E	K	G	L	E	E	L	N	F	C	G	I	R	S	L	N	A	L	S	T	I	S	V	S	N	D	K	I	L	L	T	D	E	A	T	S	S	I	V	M	F	S	L	N	E	L	S	S	S
Template Known Secondary structure		.						T	T	T	T								S	S	S	S				G	G	G	G	S		B		S	S	G	G	G								S	G	G	G	G							T	T							G	G	G	T							T	T		G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			1302	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380
		377	.																					.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.			.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.		.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.												.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.												.
Query Sequence		Y	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	E	H	H	A	N	S	P	S	A	D	A	V	V	F	.	.	S	P	D	G	Q	W	L	A	W	M	E	.	G	G	Q	L	W	I	T
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.												.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.												.
Template Conservation
Template Sequence		K	A	V	I	S	P	F	S	D	V	F	I	P	T	Q	V	T	A	N	L	T	M	L	L	R	K	M	K	H	D	I	I	N	S	I	S	T	C	E	V	D	E	T	P	L	L	V	A	C	D	N	S	G	L	I	G	I	F
Template Known Secondary structure																			T	T																					S	S	S	S								T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1381	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.