Job Description P31455 Confidence 99.94% Date Thu Jan 5 11:47:46 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 315 % Identity 11% Template c3c5mC_ PDB info PDB header:lyase Chain: C: PDB Molecule:oligogalacturonate lyase; PDBTitle: crystal structure of oligogalacturonate lyase (vpa0088)2 from vibrio parahaemolyticus. northeast structural3 genomics consortium target vpr199 Resolution 2.60 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.						.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.
Query Sequence		A	G	P	V	L	Y	Q	D	R	A	M	K	Q	I	T	F	A	P	R	N	H	L	L	T	N	T	.	.	.	.	.	N	T	W	T	P	D	S	Q	W	L	V	F	D	V	R	P	S	G	A	S	F	T	G	E	T	I	E	R	V	N	I	H	T	G	E	V	E	V	I	Y	R	A	S	Q	G	A	H	V	G
Query Conservation																												.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.																					.	.	.	.																				.
Template Conservation																																																					.	.	.	.																				.
Template Sequence		N	F	E	T	F	V	D	S	D	T	Q	V	K	V	T	R	L	T	P	T	D	I	I	C	H	R	N	Y	F	Y	Q	K	C	F	T	Q	D	G	K	K	L	L	F	A	G	D	F	D	G	N	R	.	.	.	.	N	Y	Y	L	L	N	L	E	T	Q	Q	A	V	Q	L	T	E	G	K	.	G	D	N	T	F
Template Known Secondary structure									T	T	T								S		T	T	S							T	T	S			B		T	T	S									T	T	S	S		.	.	.	.							T	T	T	T								S	S	.		B		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.																				.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60					.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.		80	.	.	.	.
		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		V	V	T	V	H	P	K	S	E	K	Y	V	F	I	H	G	P	E	N	P	D	E	T	W	H	Y	D	F	H	H	R	R	G	V	I	V	E	G	G	K	M	S	N	L	D	A	M	D	I	T	A	P	Y	T	P	G	V	L	R	G	G	S	H	V	H	V	F	S	P	N	G	E	R	V	S	F	T	Y	N	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	G	F	I	S	T	D	E	R	A	F	F	Y	V	K	N	E	L	N	L	X	K	V	D	L	E	T	L	E	E	Q	V	I	Y	T	V	D	E	E	W	K	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	T	W	V	A	N	S	D	C	T	K	L	V	G	I	E	I	L
Template Known Secondary structure		T					T	T	S	S							T	T	T							T	T	T											T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
																							156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	V	M	H	E	L	D	P	A	L	D	L	R	N	V	G	V	A	A	P	F	G	P	V	N	V	Q	K	Q	H	P	R	E	Y	S	G	S	H	W	C	V	L	V	S	K	T	T	P	T	P	Q	P	G	S	D	E	I	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	R	D	W	Q	P	L	T	S	W	E	K	F	A	E	F	Y	H	T	N	P	T	C	R	L	I	K	V	D	I	E	T	G	E	L	E	V	I	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	G						S										T											T	T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	Y	E	E	G	W	V	G	N	H	A	L	A	F	I	G	D	T	L	S	P	K	G	E	K	V	P	E	L	F	I	V	E	L	P	Q	D	E	A	G	W	K	A	A	G	D	A	P	L	S	G	T	E	T	T	L	P	A	P	P	R	G	V	V	Q	R	R	L	T	F	T	H	H	R	A	Y	P	G	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	T	A	W	L	G	H	P	I	Y	R	P	F	D	D	S	T	V	G	F	C	H	E	G	P	H	D	L	V	D	A	R	X	W	L	V	N	E	D	G	S	N	V	R	K	I	K	E	H	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S									T	T											S		S	S	S		S								T	T	S						S	S				T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.		.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.								.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.																																							.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.																																							.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	N	V	P	R	H	W	V	R	C	N	P	Q	G	T	Q	I	A	F	L	M	R	D	D	N	G	I	V	Q	.	L	W	L	I	S	P	Q	G	G	E	P	R	Q	L	T	H	N	K	T	D	I	Q	S	A	F	N	W	H	P	S	G	E	W	L	G	F	V	L	.	.	.	.	.	.	.	D	N	R	I	A
Query Conservation																															.																																							.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																													.																.	.																						.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																																													.	.
Template Sequence		.	G	E	S	C	T	H	E	F	W	I	P	D	G	S	A	X	A	Y	V	S	Y	F	K	G	Q	T	D	R	V	I	Y	K	A	N	P	E	T	L	E	N	E	E	V	X	.	.	V	X	P	P	C	S	H	L	X	S	N	F	D	G	S	L	X	V	G	D	G	C	D	A	N	I	E	N	D	P	F	L	Y
Template Known Secondary structure		.	T										T	T	S	S									T	T	T										T	T	T								.	.				S								S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.																																													.	.
Template SS confidence
			237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280			.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
		367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.									.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.					.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Query Sequence		C	A	H	A	Q	S	G	E	V	E	Y	L	T	E	H	H	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	S	P	S	A	D	A	V	V	F	S	P	D	G	Q	W	L	A	W	M	E	G	G	.	.	.	.	Q	L	W	I	T	E
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	L	N	T	K	A	K	S	A	Q	K	L	C	K	H	S	T	S	W	D	V	L	D	G	D	R	Q	I	T	H	P	H	P	S	F	T	P	N	D	D	G	V	L	F	T	S	D	F	E	G	V	P	A	I	Y	I	A	D
Template Known Secondary structure					T	T	T	T	B														B	T	T	B	S	S	T	T								T	T	S	S								T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.