Job Description P31455 Confidence 99.92% Date Thu Jan 5 11:47:46 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 365 % Identity 14% Template c2oajA_ PDB info PDB header:endocytosis/exocytosis Chain: A: PDB Molecule:protein sni1; PDBTitle: crystal structure of sro7 from s. cerevisiae Resolution 2.40 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.			.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.
Query SS confidence															.	.
Query Sequence		R	A	M	K	Q	I	T	F	A	P	R	N	H	.	.	L	L	T	N	T	N	T	W	T	P	D	S	Q	W	L	V	F	D	V	R	P	S	G	A	S	F	T	G	E	T	I	E	R	V	N	I	H	T	G	E	V	E	V	I	Y	R	A	S	Q	G	A	H	V	G	V	V	T	V	H	P	K	S	E	K	Y
Query Conservation															.	.
Alig confidence															.	.																							.	.	.	.	.	.	.													.	.																				.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.													.	.																				.
Template Sequence		N	K	I	F	S	L	A	E	T	N	K	Y	G	M	S	S	K	P	I	A	A	A	F	D	F	T	Q	N	L	L	A	I	A	T	V	T	G	.	.	.	.	.	.	.	E	V	H	I	Y	G	Q	Q	Q	V	E	V	.	.	V	I	K	L	E	D	R	S	A	I	K	E	M	R	F	V	K	G	I	.	Y	L
Template Known Secondary structure			T	T												S	S									T	T	T	T							T	T	S	.	.	.	.	.	.	.							S	T	T				.	.					S	S											T	T	T	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.													.	.																				.
Template SS confidence
		63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.								100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.			.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130		.	.
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	F	I	H	G	P	E	N	P	D	E	T	W	H	Y	D	F	H	H	R	R	G	V	I	V	E	G	G	K	M	S	N	L	D	A	M	D	I	T	A	P	Y	T	P	G	V	L	R	G	G	S	H	V	H	V	F	S	P	N	G	E	R	V	S	F	T	Y	N	D	H	V	M	H	E	L	D	P	A	L	D
Query Conservation
Alig confidence			.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	.	V	I	N	A	K	D	T	V	Y	V	L	S	L	Y	S	Q	K	V	L	T	T	V	F	V	P	G	K	I	T	S	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	A	S	L	D	W	M	L	I	G	L	Q	N	G	S	M	I	V	Y	D	I	D	R	D
Template Known Secondary structure			.				T	T								T	T	T		S								S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T		S							T	T	S							T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure			.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		133		.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
		168	.	170	.	.	.												.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	R	N	V	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	P	F	G	P	V	N	V	Q	K	Q	H	P	R	E	Y	S	G	S	H	W	C	V	L	V	S	K	T	T	P	T	P	Q	P	G	S	D	E	I	N	R	A	Y	E	E	G	W	V	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	L	S	S	F	K	L	D	N	L	Q	K	S	S	F	F	P	A	A	R	L	S	P	I	V	S	I	Q	W	N	P	R	D	.	.	.	.	.	.	I	G	T	V	L	I	S	Y	E	Y	V	T	L	T	Y	S	L	V	E	N	E	I	K	Q	S	F	I	Y	E	L	P	P	F	A	P	G	G	D	F	S	E
Template Known Secondary structure																T		S	S	S												T	T		.	.	.	.	.	.									S	S							T	T	T	T										B		T	T				S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.							.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
							225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.				.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270																					.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																						.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																						.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	H	A	L	A	F	I	G	D	T	L	S	P	K	G	E	K	V	P	E	L	F	.	.	.	I	V	E	L	P	Q	D	E	A	G	W	K	A	A	G	D	A	P	L	S	G	T	E	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	A	P	P	R
Query Conservation		.	.	.	.	.																						.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																						.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	T	N	E	K	R	T	P	K	V	I	Q	S	L	Y	H	P	N	S	L	H	I	I	T	I	H	E	D	N	S	L	V	F	W	D	A	N	S	G	H	M	I	M	A	R	T	V	F	E	T	E	I	N	V	P	Q	P	D	Y	I	R	D	S	S	T	N	A	A	K	I	S	K	V	Y	W	M	C	E	N	N
Template Known Secondary structure			T	T	S		B											T	T	S	S							T	T								T	T	T									S	S		S		T	T	S			T	T						S	S														S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	V	Q	R	R	L	T	F	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	H	R	A	Y	P	G	L	V	N	V	P	R	H	W	V	R	C	N	P	Q	G	T	Q	I	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	E	Y	T	S	L	L	I	S	H	K	S	I	S	R	G	D	N	Q	S	L	T	M	I	D	L	G	Y	T	P	R	Y	S	I	T	S	Y	E	G	M	K	N	Y	Y	A	N	P	K	Q	M	K	I	F	P	L	P	T	N	V	P	I	V	N	I	L	P	I	P	R	Q	S	P	Y	F	A	G	C	H	N	P
Template Known Secondary structure		T	T											S	T	T	S	S															G	G	G												S		S								S	S	S	S										S	S		S					T	B	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
			312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure		.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	A	F	L	M	R	D	D	N	G	I	V	Q	L	W	L	I	S	P	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	E	P	R	Q	L	T	H	N	K	T	D	I	Q	S	A	F	N	W	H
Query Conservation		.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	I	L	L	I	L	G	N	G	E	I	E	T	M	L	Y	P	S	G	I	F	T	D	K	A	S	L	F	P	Q	N	L	S	W	L	R	P	L	A	T	T	S	M	A	A	S	V	P	N	K	L	W	L	G	A	L	S	A	A	Q	N	K	D	Y	L	L	K	G	G	V	R	T	K	R	Q	K	L	P	A
Template Known Secondary structure		S							T	T	S							T	T	T							G	G	G	S		G	G	G	T	T	B	T	T	B																				T	T	B					S				S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		425	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.		.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.										.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.		.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure												.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Query SS confidence												.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Query Sequence		P	S	G	E	W	L	G	F	V	L	.	D	N	R	I	A	C	A	H	A	Q	S	G	E	V	E	Y	L	T	E	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	A	N	S	P	S	A	D	A	V	V	F	S	P	D	G	Q	W	L	A	W	.	M	E	G	G	Q	L	W	I	T	E
Query Conservation												.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Alig confidence												.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Conservation
Template Sequence		E	Y	G	T	A	F	I	T	G	H	S	N	G	S	V	R	I	Y	D	A	S	H	G	D	I	Q	D	N	A	S	F	E	V	N	L	S	R	T	L	N	K	A	K	E	L	A	V	D	K	I	S	F	A	A	E	T	L	E	L	A	V	S	I	E	T	G	D	V	V	L	F	K
Template Known Secondary structure		S										T	T	S							S	S			T	T	T	T	T	B										T	T		S	S	S										T	T	T	T							T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.